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谢兵兵

作品数:3 被引量:27H指数:2
供职机构:中国科学院北京基因组研究所更多>>
发文基金:国家自然科学基金更多>>
相关领域:医药卫生更多>>

文献类型

  • 3篇中文期刊文章

领域

  • 3篇医药卫生

主题

  • 1篇短串联重复
  • 1篇短串联重复序...
  • 1篇多态
  • 1篇遗传多态
  • 1篇遗传多态性
  • 1篇数据筛选
  • 1篇转录
  • 1篇转录组
  • 1篇精准
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇基因座
  • 1篇基因座多态性
  • 1篇疾病
  • 1篇红系
  • 1篇红系分化
  • 1篇法医
  • 1篇分化
  • 1篇靶点
  • 1篇CTCF

机构

  • 3篇中国科学院
  • 3篇中国科学院大...
  • 1篇北京市公安局...
  • 1篇深圳市公安局

作者

  • 3篇谢兵兵
  • 2篇方向东
  • 1篇张昭军
  • 1篇杨雅冉
  • 1篇阮修艳
  • 1篇刘雅诚
  • 1篇严江伟
  • 1篇熊倩
  • 1篇王伟妮
  • 1篇陈婧
  • 1篇杨亚东
  • 1篇李艳明
  • 1篇亓合媛
  • 1篇丁楠

传媒

  • 2篇遗传
  • 1篇发育医学电子...

年份

  • 1篇2017
  • 2篇2015
3 条 记 录,以下是 1-3
排序方式:
整合分析多组学数据筛选疾病靶点的精准医学策略被引量:17
2015年
随着高通量测序技术的不断发展与完善,对于不同层次和类型的生物组学数据的获取及分析方法也日趋成熟与完善。基于单组学数据的疾病研究已经发现了诸多新的疾病相关因子,而整合多组学数据研究疾病靶点的工作方兴未艾。生命体是一个复杂的调控系统,疾病的发生与发展涉及基因变异、表观遗传改变、基因表达异常以及信号通路紊乱等诸多层次的复杂调控机制,利用单一组学数据分析致病因子的局限性愈发显著。通过对多种层次和来源的高通量组学数据的整合分析,系统地研究临床发病机理、确定最佳疾病靶点已经成为精准医学研究的重要发展方向,将为疾病研究提供新的思路,并对疾病的早期诊断、个体化治疗和指导用药等提供新的理论依据。本文详细介绍了基因组、转录组和表观组等系统组学研究在疾病靶点筛选方面出现的新技术手段和研究进展,并对它们之间的整合分析新策略和优势进行了讨论。
谢兵兵杨亚东丁楠方向东
关键词:基因组转录组
北京汉族群体39个短串联重复序列基因座多态性及其遗传关系被引量:8
2015年
本文首次对北京地区汉族人群的13个CODIS(Combined DNA index system)和26个非CODIS系统STR基因座的遗传多态性进行了研究,建立了北京地区汉族人群39个STR基因座的群体遗传多态性数据库并对其法医学应用价值进行了评价。39个STR基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡且各基因座之间均不存在连锁现象,个体鉴别力(Power of discrimination,DP)在0.7740-0.9818之间,期望杂合度(Expected heterozygosity,He)在0.6000-0.9350之间,多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC)在0.5317-0.9047之间,非父排除率(Power of exclusion,PE)在0.2909-0.8673之间,累积个体鉴别力(Cumulative probability of discrimination,CDP)为0.999999999999999999999999999999999999999964971,累积非父排除率(Cumulative probability of exclusion,CPE)为0.999999999973878。另外,结合已公开报道的国内其他11个群体相应基因座的遗传资料,根据等位基因频率计算遗传距离,构建了系统发生树。本研究可为中国法医DNA数据库和群体遗传学数据库提供重要的基础数据,对北京地区汉族人群开展法医学个体识别、亲权鉴定和遗传学研究具有重要的意义。
阮修艳王伟妮杨雅冉谢兵兵陈婧刘雅诚严江伟
关键词:STRS遗传多态性
CTCF通过ALAS2调控K562细胞红系分化被引量:2
2017年
目的研究CTCF对红系分化的影响及相应调控机制。方法敲低K562细胞中的CTCF,通过Hemin诱导和荧光实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术,分析Hemin诱导0到4天的对照和CTCF敲低细胞的珠蛋白基因表达水平,研究CTCF敲低对红系分化的影响。利用基因表达芯片全基因组范围分析CTCF敲低造成的影响。根据公共数据分析推测CTCF调控红系分化的潜在机制,通过染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)验证。结果随着诱导的进行,对照和敲低细胞中的珠蛋白基因HBE和HBG表达均逐渐升高,但CTCF敲低细胞中HBE和HBG基因水平均低于对照细胞,提示CTCF敲低能够抑制K562细胞分化过程中珠蛋白基因的表达。通过检测全基因组范围的基因表达水平,共筛选到1 128个差异表达基因,其中616个基因在CTCF敲低样本中表达上调,512个基因表达下调。利用IPA软件进行功能富集分析,显示主要相关的生理系统发育与功能包括血液系统的发育与功能。公共数据显示存在CTCF-GATA1-ALAS2作用关系,ALAS2基因上存在GATA1结合;对照和CTCF敲低细胞的ChIP-qPCR结果表明,敲低CTCF能够降低GATA1在ALAS2基因区的结合。结论 CTCF可能通过影响GATA1在ALAS2基因区的结合来调控K562细胞红系分化。
亓合媛李艳明熊倩谢兵兵张昭军方向东
关键词:CTCF红系分化
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