邓平川 作品数:9 被引量:14 H指数:2 供职机构: 西北农林科技大学农学院 更多>> 发文基金: 高等学校科技创新工程重大项目 国家自然科学基金 植物病虫害生物学国家重点实验室开放基金 更多>> 相关领域: 农业科学 电气工程 更多>>
整合转录组、蛋白质组和microRNA数据解析小麦穗发育过程 整合基因组、转录组、蛋白质组、microRNA等多层次组学数据,对于从系统层次揭示作物生长发育的调控规律具有重要意义。本研究以小麦品种中国春为材料,对小麦开花后穗发育三个时期,采用高通量测序检测转录组与microRNA,... 童维 邓平川 崔立操 冯克伟 聂小军 宋卫宁关键词:小麦 转录组 蛋白质组 MICRORNA 紫茎泽兰叶绿体基因RNA编辑位点的鉴定及分析 被引量:7 2015年 RNA编辑是陆生植物叶绿体转录后基因表达调控的一种重要方式。本试验以紫茎泽兰为材料,利用生物信息学预测结合分子克隆及测序方法对其叶绿体的RNA编辑位点进行预测和分析。结果共预测到分布于19个基因的42个编辑位点,所有位点均为C到U的转换。编辑位点的发生位置分析发现,8个位于密码子第1位,34个位于密码子第2位,而密码子第3位未发现RNA编辑事件。同时,利用RT-PCR方法对其中4个基因的编辑位点进行验证,鉴定发现10个真实发生的编辑位点。进一步分析这10个位点发生编辑后对其编码蛋白质跨膜结构域和二级结构的影响,结果表明,ndhB-467的编辑会引起蛋白质跨膜结构的增加,ndhB-149的编辑会引起蛋白质二级结构的改变。 吕萌荔 王梦醒 贾晓鸥 邓平川 聂小军 宋卫宁关键词:紫茎泽兰 叶绿体 RNA编辑 二穗短柄草叶绿体RNA编辑位点的预测及其鉴定 被引量:8 2012年 RNA编辑是陆生植物叶绿体转录后基因表达调控的一种重要方式。为进一步探讨单子叶植物RNA编辑功能及其发生机制,本研究通过生物信息学方法,对二穗短柄草叶绿体的81个蛋白编码基因的RNA编辑位点进行了预测和鉴定分析,结果发现78个基因存在编辑位点,共检测到176个编辑位点,都是C到U的转换。其中ndhB最多,为14个编辑位点。为验证预测结果,利用blast工具比对了NCBI的二穗短柄草EST数据库,最终确定存在于17个基因中的34个编辑位点是真实存在的,其中19个为沉默编辑,15个为有效编辑。与5个不同单子叶禾本科物种18个蛋白编码基因的RNA编辑位点的比较发现,在rpoB-206位点,只有二穗短柄草发生了编辑,且只有ndhD-295(293)为部分编辑位点。 石文清 邓平川 李变丽 牛善策 聂小军 王乐 Abdul.Wahid.Baloch 宋卫宁关键词:二穗短柄草 叶绿体 稻曲病菌有性生殖中光诱导基因的转录组分析 被引量:1 2022年 稻曲病菌(Villosiclava virens)能够以菌核的形式安全越冬并在来年萌发产生子囊孢子,成为稻曲病菌的重要初侵染源;而菌核产生子实体的过程需要光的诱导。为了探索光诱导的分子机制,本文对不同光照处理条件下稻曲病菌菌核萌发过程的转录组学进行了比较分析。结果发现,与黑暗条件下菌核的萌发相比,光照处理后542个基因显著差异表达,其中上调359个,下调183个。GO富集分析发现,DEGs显著富集于糖基水解酶活性、细胞壁生物合成、氧化还原酶活性等。KEGG分析发现,DEGs显著富集于脂质代谢、氨基酸代谢、次生代谢产物合成等代谢通路。DEGs中子实体独有基因组氨酸激酶为光感受器,其响应光信号引起下游基因的表达,同时,与有性生殖过程相关的水通道蛋白和甲基转移酶蛋白编码基因表达活跃,共同调控了菌核萌发产生子实体过程。 孙钰超 邓平川 邓启得 胡东维关键词:稻曲病菌 菌核 转录组 光照 有性生殖 差异表达基因 小麦TaNAC基因基于可变剪切和microRNA的转录后调控分析 被引量:1 2021年 【目的】以条锈菌和白粉菌胁迫的普通小麦(Triticum aestivum L.)为研究对象,分析由可变剪切(alternative splicing,AS)形成的TaNAC结构变异转录本,同时分析TaNAC基因的microRNA调控位点,为进一步解析TaNAC基因通过转录后调控参与小麦响应真菌胁迫奠定基础。【方法】普通小麦兼抗种质N9134在被白粉菌和条锈菌分别侵染后,各8个时间点取样并混合,然后从混合样本中克隆得到大量TaNAC转录本。参考中国春小麦基因组注释信息(IWGSC RefSeq v1.1)进行比对,选择由可变剪切形成的TaNAC序列结构变异转录本,分析它们的序列结构特征。利用生物信息学软件和在线工具,对这些TaNAC结构变异转录本编码产物的功能结构域、高级结构、理化性质、亚细胞定位等特征和变异情况进行比对分析。同时,利用洋葱表皮细胞瞬时表达系统验证其中1对TaNAC结构变异转录本的亚细胞定位预测结果,并选取5组TaNAC基因的可变剪切序列结构变异转录本进行酵母转录自激活试验,研究序列结构变异对TaNAC基因转录调控活性的影响。此外,利用miRBase数据库收录的小麦中已报道的miRNAs和TaNAC基因,进行靶基因预测分析,建立小麦TaNAC家族成员与miRNAs的靶向关系。【结果】以条锈菌和白粉菌侵染的普通小麦兼抗种质N9134为材料,克隆得到的TaNAC转录本中的35条序列结构变异转录本由13个TaNAC基因可变剪切形成。通过分析发现,同一TaNAC基因由可变剪切形成的不同结构变异转录本的核酸序列结构存在差异,而且其对应编码产物的功能结构域、高级结构、理化性质和亚细胞定位等方面均会存在差异,同时也会表现出不同的转录调控活性;不同TaNAC基因的可变剪切方式存在差异,而且它们的结构变异转录本及其编码产物在结构特征、理化性质和转录调控活性等方面也均呈现出多样性的特征。通过分析TaNAC基因与其在编码序� 吕士凯 马小龙 张敏 邓平川 陈春环 张宏 刘新伦 吉万全关键词:小麦 MICRORNA 转录后调控 胁迫响应 中东大麦群体农艺性状多样性与生态地理因素的关联分析 被引量:1 2012年 将216份大麦材料(引自中东5个不同生态地区的5个野生大麦自然群体和其相应地区的5个农家种大麦群体)分2a种植在陕西关中地区,对其9个主要农艺性状进行分析。结果表明,大麦群体间分别在株高、穗长、芒长、穗下节长、旗叶宽、旗叶长、穗粒数、分蘖数等农艺性状上存在显著差异,大麦群体间总体表现出丰富的遗传多样性,野生大麦群体间多样性高于农家种。3个地区的大麦农艺性状差异更加显著;野生大麦群体间多样性高于其群体内,而农家种大麦群体间多样性低于其群体内。试验材料的农艺性状和来源地生态地理环境关联分析表明,部分性状可以和生态地理环境相关联,主要是和作物产量相关的农艺性状与温度、降水量及海拔等因素相关联;与农家种大麦相比,野生大麦与生态地理环境的关联更为密切。 牛善策 石文清 刘培勋 邓平川 张月荣 李变丽 吕树作 聂小军 王乐 宋卫宁关键词:野生大麦 农艺性状 高产稳产小麦新品种——西农733 2021年 西农733由西北农林科技大学以西农509为母本、漯麦7239为父本选育而成,2021年6月通过国审,审定编号为国审麦20210046。2018年获得植物新品种保护权,品种权号为CNA20161796.4。生物学特性,半冬性,全生育期226.9 d。株高76.1 cm,株型较松散,抗倒性一般。穗层整齐,熟相较好。白粒,籽粒半角质,饱满度较好。每公顷607万穗,每穗33.4粒,千粒重43 g。 吉万全 张荣琦 陈春环 王长有 田增荣 张宏 朱建峰 王亚娟 刘新伦 赵继新 邓平川 李停栋关键词:植物新品种保护 高产稳产 半冬性 小麦-十倍体长穗偃麦草双重异代换系的分子细胞遗传学及抗条锈病鉴定 2023年 十倍体长穗偃麦草[Thinopyrum ponticum(Popd.)Barkworth and Dewey]具有抗寒、抗旱、耐盐碱、茎秆粗壮、穗长花多等优异性状,是小麦遗传改良的重要基因资源。本课题组从小麦与十倍体长穗偃麦草的杂交后代中筛选出一份抗条锈病的衍生系CH18067,本研究对其进行形态学、细胞学、原位杂交、分子标记、抗条锈病性等综合鉴定。细胞学观察结果显示,CH18067的体细胞染色体数目为42条,在减数分裂中期Ⅰ的染色体构型为2n=21Ⅱ,在减数分裂后期Ⅰ同源染色体可均等分离,表明其细胞学遗传稳定。利用寡核苷酸探针Oligo-pTa535(红色)和Oligo-pSc119.2(绿色)对CH18067进行FISH鉴定,结果显示,CH18067缺失小麦2D和4D染色体,同时含有2对具有特殊带型的染色体;通过对CH18067进行FISH-GISH、mc-GISH、液相芯片以及染色体核型分析,发现2对具有特殊带型的染色体中,在长臂和短臂末端均呈现Oligo-pTa535探针红色带型的染色体为十倍体长穗偃麦草的2J染色体,在着丝粒位置和长臂末端均呈现Oligo-pTa535探针红色带型的染色体为十倍体长穗偃麦草的4J^(S)染色体,说明CH18067为小麦-十倍体长穗偃麦草2J(2D)+4J^(S)(4D)双重异代换系。在第二部分同源群和第四部分同源群分别筛选出3个特异性标记,可用于追踪小麦遗传背景中长穗偃麦草的2J和4J^(S)染色体。形态学和条锈病抗性鉴定结果显示,CH18067具有矮秆、长粒等特性,且在成株期高抗小麦条锈病。以上结果表明,CH18067可作为小麦条锈病抗性育种和遗传研究的候选种质。 刘文豪 尚立辉 王斯文 杨晓莹 程小方 赵继新 邓平川 邓平川 吉万全 陈春环关键词:小麦 条锈病抗性 小麦-滨麦衍生系18DM134的分子细胞遗传学及赤霉病抗性鉴定 2023年 滨麦[Leymus mollis(Trin.) Pilger]作为小麦的野生亲缘种之一,具有抗寒、抗旱、耐盐碱等优良特性,同时对多种小麦病害具有良好抗性,是小麦遗传改良的重要基因资源。本研究前期从八倍体小滨麦M842和硬粒小麦D4286的杂交后代中筛选出一个抗赤霉病的衍生系18DM134,为给该材料的利用提供依据,本研究利用细胞遗传学、原位杂交、液相芯片、分子标记等技术对其染色体组成进行鉴定,并对其农艺性状和赤霉病抗性进行调查。细胞学观察结果显示,18DM134的染色体构型为2n=42=21Ⅱ。原位杂交结果显示,18DM134含有38条小麦染色体、2条完整的Ns染色体以及2条易位染色体,其中整条6A染色体和5DS染色体缺失,2条Ns染色体片段易位到3DS染色体,2条3DL染色体易位到5DL染色体。液相芯片和分子标记分析结果显示,18DM134中来自滨麦的6Ns染色体替换了小麦6A染色体,部分5Ns染色体片段与3DS染色体发生了易位,5DS染色体缺失。因此,18DM134为小麦-滨麦代换易位系,其染色体组成为12A+14B+10D+2(6Ns)+2(T3DS-5Ns片段)+2(T3DL-5DL)。农艺性状和赤霉病抗性鉴定结果显示,18DM134具有矮秆、大穗和高千粒重等特性,且对小麦赤霉病具有良好的抗性。因此,18DM134可应用于小麦赤霉病抗性的遗传改良和育种研究。 尚立辉 刘文豪 王斯文 杨晓莹 程小方 邓平川 陈春环 陈春环 王长有 赵继新关键词:小麦 细胞遗传学 赤霉病抗性