陈莎
- 作品数：3 被引量：15H指数：2
- 供职机构：湖南省农业科学院更多>>
- 发文基金：质检公益性行业科研专项项目国家大宗蔬菜产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 利用深度测序技术鉴定疑似桑花叶卷叶病感病桑树叶片中的相关病毒
- 2016年
- 植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRa V),并分别得到占MMLRa V 2个组分全基因组14.19%和21.86%的核酸序列。进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRa V基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRa V。通过生物信息学方法分析表明,MMLRa V来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点。研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段。
- 苏秀陈莎朱诚棋周湘马良进
- 关键词：小干扰RNA生物信息学分析
- 利用小RNA深度测序和组装技术鉴定紫藤花叶病病原被引量：12
- 2015年
- RNA沉默（RNA silencing）是一种在真核生物体内普遍保守的基于核酸序列特异性抑制基因表达的调控机制。2009年Kreuze等发现病毒特异的小RNA（small RNA，sRNA）在序列上是重叠的，因此推测通过深度测序技术获得的大量sRNA序列能用来组装病毒的基因组并用来鉴定和发现新病毒。利用sRNA深度测序技术已在作物和昆虫上鉴定发现多种病毒。但在木本植物上还未见报道。
- 苏秀徐毅陈莎傅帅钱亚娟张立钦周雪平
- 关键词：测序技术小RNA花叶病序列特异性病原
- 豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征被引量：3
- 2019年
- 从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193 bp,与其他CpMMV分离物的同源性为63.00%～83.22%。系统发育分析结果表明,CpMMV海南分离物单独聚为一个亚簇;重组分析结果表明,CpMMV基因组有一个重组事件,断点为3 212～3 592 bp。
- 杨晓张宇陈莎李桑桑龚一诺张卓鲁清华胡荣刘勇刘勇
- 关键词：豇豆基因组序列
