李琴
- 作品数：4 被引量：7H指数：2
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- 应用基于粒子群优化的支持向量机算法识别真核生物基因的RNA聚合酶II启动子序列被引量：1
- 2015年
- 启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义。作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-support vector machine,PSO-SVM)新方法,用以识别真核生物基因RNA聚合酶Ⅱ启动子。结合5-折交叉检验方法,得到启动子-外显子、启动子-内含子和启动子-基因间序列的分类准确率分别为97.1%、96.7%和98.8%,其马修斯相关系数分别为0.962、0.934和0.976。结果说明,对比其它启动子识别方法,PSO-SVM方法更能有效地识别真核生物基因启动子。
- 张文骈聪陈园园张瑾李琴张良云
- 关键词：粒子群优化支持向量机启动子识别
- 基于位置关联权重矩阵及序列组分的多样性增量识别剪接位点被引量：4
- 2014年
- 前体mRNA的剪接是真核基因表达的关键阶段,识别剪接位点对基因表达也起着至关重要的作用。作者用紧邻与非紧邻的位置关联权重矩阵及组成分的多样性增量得到的五维特征向量来表示序列,应用支持向量机对供体位点和受体位点进行识别。采用5-fold交叉检验,得到供体和受体位点的马修斯相关系数分别为0.924和0.947,ROC曲线下面积分别为99.08%和99.54%。与一些传统方法相比,这一方法考虑了位点之间的相关性和序列的生物信息,表现出特征少、精度高等优点。
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- 关键词：支持向量机剪接位点
- Poisson冲击下修理工可多重休假的串联可修系统的可靠性分析被引量：2
- 2012年
- 利用向量马尔可夫过程方法和拉普拉斯变换工具研究了冲击环境下由2个相同部件、1个修理工组成的串联可修系统,通过引入补充变量获得了系统稳态故障频度、修理工休假概率、稳态可用度等可靠性指标.此外,还通过算例比较了有关参数对稳态可用度的影响,并对系统进行了效益分析.
- 吴清太李琴
- 关键词：多重休假可靠性指标
- 基于粒子群优化的支持向量机算法识别人类基因启动子
- 2015年
- 人类基因启动子识别是医学研究的基本需要。提取DNA序列碱基的PZ曲线特征、二核苷酸空间结构特征、保守信号似然得分,以及K联体似然得分,结合GC含量变化和非均匀指数,构建基于粒子群优化的支持向量机算法来识别人类基因启动子。利用粒子群优化支持向量机参数进行优化避免了人为选择的随机性,并且在分类问题中表现出较好的稳健性。对测试集的10-折交叉检验结果为:敏感性为92%,特异性为91%,马修斯关联系数为0.83。该结果表明,基于粒子群优化的支持向量机算法能有效识别启动子序列。
- 张文陈园园张瑾骈聪李琴张良云
- 关键词：粒子群优化支持向量机启动子预测
