刘彬彬
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中南大学信息科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金国家自然科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于团渗透和距离限制的蛋白质复合物识别算法被引量：1
- 2012年
- 算法CPM(clique percolation method)作为一种有效的识别复杂网络中交叠模块结构的算法在社会网络和生物网络中得到了广泛应用.但,CPM算法应用于蛋白质相互作用网络时蛋白质复合物识别准确率不高,且不利于识别规模适中的蛋白质复合物.为克服CPM算法的不足,本文通过引入距离限制约束识别的蛋白质复合物的规模,进而提出了一种基于团渗透和距离限制的蛋白质复合物识别算法CPM-DR.基于酵母蛋白质相互作用网络平台的实验结果表明,算法CPM-DR比CPM能够更准确、更有效、更全面的识别出具有特定生物意义的蛋白质复合物.
- 刘彬彬李敏王建新段桂华
- 关键词：蛋白质相互作用网络蛋白质复合物
- 基于极大团扩展的蛋白质复合物识别算法被引量：4
- 2010年
- 针对蛋白质复合物识别工具CFinder容易识别出超大复合物的缺陷,提出一种基于极大团扩展的蛋白质复合物识别算法(IPC-MCE)。将极大团看作蛋白质复合物的核,通过考查核的邻居顶点与核内顶点的作用概率决定邻居顶点是否属于该复合物。基于酵母蛋白质相互作用网络平台的实验结果表明:与CFinder相比,提出的IPC-MCE算法在相同条件下能够更精确地标识已知蛋白质复合物;在最优参数设置下,IPC-MCE算法标识的已知蛋白质复合物数量是CFinder标识数量的2倍多,说明IPC-MCE算法具有更强的蛋白质复合物识别能力。
- 李敏王建新刘彬彬陈建二
- 关键词：蛋白质相互作用网络蛋白质复合物
