董骝焕
- 作品数：8 被引量：11H指数：3
- 供职机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生更多>>
- 多重序列突变网络系统分析与应用
- 2006年
- 为分析多重生物序列的突变结构,首先是要作它们的多重比对,在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树,在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示,那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统(以下简称突变网络),突变网络分析的主要问题是如何确定各种不同类型突变的相互关系问题,一种最简单关系是二个突变的突变区域互不重叠,我们称之为正交化。因此突变网络分析的一个重要目的是对突变网络作正交化的简化,本文给出了突变网络正交化的基本定理,并以SARS病毒基因组为例,说明它们的突变网络系统模型与正交化运算,并由此得到SARS病毒从早期传播到爆发的基因突变过程的确定。
- 沈世镒胡刚王奎董骝焕
- 多重序列比对和基因芯片数据分析
- 随着人类基因组(测序)计划(Humangenomeproject)的实现以及分子生物学相关学科的迅猛发展，越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定，基因序列数据正在以前所未有的速度迅速增长.与此同时综合了分子生物学，半...
- 董骝焕
- 关键词：基因芯片基因序列系统聚类法数据分析基因网络生物信息学分析
- 文献传递
- 基因芯片表达在乳腺癌转移过程中的聚类分析被引量：1
- 2007年
- 利用基因芯片可以得到不同基因在不同生命过程中的表达,因此在医学诊断与病变分析中受到重视,并开始大量应用.经测定发现,不同基因在病变过程的不同阶段中的表达是不相同的,由此可以得到在病变过程的不同基因的表达特征.在本文中,我们给出了乳腺癌在转移过程中的基因表达特征的聚类分析法分析,并改进了k-means聚类算法,使之具有自动搜索聚类数的功能,并且有助于改善k-means算法的聚类结果陷入局部最小值的状况.通过对平均聚类误差指标的比较,kr-means要优于k-means算法.本文所得到的结果可供乳腺癌诊断与病变分析参考,同时可以应用于小型基因检测芯片的制备,也可以用于构建基因网络调控图.
- 董骝焕袁媛沈世镒孙保存冯玉梅尼春生李晓青
- 关键词：聚类分析
- 基于置换距离度量的蛋白质多序列比对算法性能评估被引量：1
- 2011年
- 蛋白质多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。各种比对算法在这个领域都取得了很大的成功,但是每种算法都有其固有的缺陷。提出置换距离法,对当前流行的几种蛋白质多序列比对算法进行对比评价。由于置换距离法仅关注于不同蛋白质间进化距离的相对次序,而不考虑这些进化距离之间的细微差异,因而得到的评价结论更具有鲁棒性。另外,采用最长公共子序法度量置换距离可以比较准确的反映不同置换之间的差异性。基于该算法,对Dialign,Tcoffee,ClustalW和Muscle多序列比对算法进行了性能评估。
- 高峰李防震王珺董骝焕
- 关键词：多序列比对进化距离
- 基于线性微分方程模型和k-means聚类研究乳腺癌转移相关基因调控通路被引量：3
- 2006年
- 目的通过线性微分方程模型和k-means聚类方法初步探索性研究乳腺癌转移相关基因表达调控通路和预测其生物学意义。方法选择30例伴有淋巴结转移的乳腺癌组织及其相应淋巴结转移癌组织的基因表达谱芯片的比较结果,通过线性微分方程模型和k-means聚类分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路。结果比较伴有淋巴结转移的乳腺癌组织和其相应淋巴结转移癌组织,分析筛选了27个表达差异基因,提出GRP基因、BPAG1基因、SFRP2基因间的乳腺癌转移相关调控通路存在的假设。结论初步表明乳腺癌转移的形成是与多基因异常引起基因调控通路异常致使细胞恶性转化相关,利用多种生物信息学手段分析乳腺癌转移相关基因表达调控通路及其生物学意义具有一定的应用价值。
- 孙保存倪春生冯玉梅李晓青沈世镒董骝焕袁媛张亮郝希山
- 关键词：基因表达调控K-MEANS聚类
- 一类蛋白质相互作用网络比对的线性规划算法被引量：1
- 2010年
- 随着越来越多的蛋白质相互作用数据被公布,网络比对在预测蛋白质的新功能和推测蛋白质网络进化历史上发挥着越来越重要的作用。但是,目前主要的网络比对方法要么忽略蛋白质的同源信息或蛋白质网络的结构信息,要么采用启发式算法。文章作者通过将网络比对转化为线性规划问题给出了一个精确的网络比对算法,并且针对水痘病毒和卡波济(氏)肉瘤病毒的蛋白质相互作用数据进行了比对分析。
- 李军杨家亮李防震胡匡祜董骝焕Stefan Grünewald
- 关键词：蛋白质相互作用网络线性规划
- 使用线性微分方程构建初步的乳腺癌转移相关基因网络模型被引量：4
- 2007年
- 随着基因芯片的技术的推广,越来越多的表达数据需要被处理和分析．利用这些表达数据提取基因调控矩阵从而构建基因网络是一个重要的问题．通过线性微分方程模型可以初步构建基因网络,了解网络结构,提取最显著的信息．然而由于分子生物学的条件限制或者数据来源的限制,导致实验数据不充分,使方程组无解．本文使用三次样条方法,对26例临床、病理资料完备的具有淋巴结转移的乳腺癌基因表达数据进行插值处理,使表达数据满秩,从而使用最小二乘法解出加权矩阵,构建初步的表达基因调控网络．通过对构建的基因网络的初步分析表明:乳腺癌转移的形成是由多基因异常引起多条传导通路异常,致使细胞恶性转化的结果,这与生物学上公认的看法是相一致的．因此,利用此线性模型方法对基因表达谱进行分析兵有一定可行性,在认识乳腺癌转移机制,乳腺癌诊断和治疗方面具有一定的理论和应用价值．
- 董骝焕袁媛沈世镒孙保存倪春生
- 关键词：基因网络三次样条插值
- 乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型的初步研究被引量：3
- 2005年
- 初步构建乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型,并分析模型的可靠性和生物学意义.采用基因芯片技术,分别对30例伴有淋巴结转移的乳腺癌组织及其相应淋巴结转移癌组织进行基因表达谱的比较,选择差异基因通过线性微分数学方法构建表达调控网络模型.差异表达基因共27个,其中Ratio>3的明显上调基因14个,而Ratio<0.33的明显下调基因13个.比较伴有淋巴结转移的乳腺癌组织和其相应淋巴结转移癌组织,分析筛选了27个表达差异基因,应用数学线性微分方程方法初步构建乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型,通过分析模型中重要节点、通路的生物学意义,判定网络的数学特性,初步表明,调控网络的可靠性和乳腺癌转移的形成是与多基因、多通路异常引起的细胞恶性转化相关.
- 倪春生孙保存冯玉梅张丹芳李晓青董骝焕张亮
- 关键词：乳腺癌基因芯片调控网络
