庄海滨
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：清华大学生命科学与医学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部科学技术研究重大项目上海市自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 一种寻找调控一组相关基因的转录因子的计算方法
- 本发明属于计算生物学领域，具体涉及一种寻找调控一组相关基因的转录因子的计算方法。通过计算转录因子在一组相关基因中结合位点的实际个数与期望个数的比值，来判定转录因子与这组基因的关系。如果比值高于预先计算的共调控显著性阈值，...
- 庄海滨张凌慧刘湘军刘德培梁植权
- 文献传递
- 人类全基因组范围的CpG岛的预测与分析被引量：2
- 2006年
- CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法,提出了改进的CpG岛预测方法——CpGISeeker。应用该预测方法,结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数,在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测,并统计分析了CpG岛的重复序列组成以及相对于基因转录起始位点的位置分布情况。分析结果表明CpGISeeker具有更精确判定CpG岛的特性;同时还提示,随着判定标准严格性的增加,CpG岛的重复序列含量降低,与基因转录起始位点的相关性提高。将CpG岛最小尺寸为500bp、GC含量为60%、CpG出现率达到0.65的组合参数作为标准,是目前预测CpG岛的最佳方式。
- 庄海滨朱景德刘湘军
- 关键词：CPG岛甲基化表观遗传学
- 大规模单核苷酸多态性位点验证的集群解决方案
- 2007年
- 随着高通量的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)检测技术的发展,世界各地的实验研究积累了大量的SNP数据,但是目前尚无一个全面综合的SNP数据库。SNP在致病基因发现、司法鉴定、个体化医疗等方面的应用得到了极大的关注和发展,因此有必要建立一个整合的人类SNP数据库。在整合中需要进行大规模的单核苷酸多态性位点的验证,该工作通过一个自主开发的、健壮的、用户友好的生物信息学集群计算工具包EasyC luster在集群系统上得以高效完成。
- 刘青焱庄海滨夏永静刘湘军
- 关键词：单核苷酸多态性集群计算OSCARPBS
- 全基因组范围的基因转录调控预测与分析
- 庄海滨
- 关键词：转录调控转录因子结合位点位置权重矩阵CPG岛
