张金璧
- 作品数：9 被引量：33H指数：4
- 供职机构：南京农业大学动物科技学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于直向同源序列的比较基因组学研究被引量：12
- 2009年
- 直向同源序列在不同的物种中具有相近甚至相同的功能、相似的调控途径,扮演相似甚至相同的角色,而且,绝大多数核心生物功能就是由相当数量的直向同源基因所承担,它是基因组序列的功能注释与分析中最可靠的选择,其特殊的生物学特性决定:利用直向同源序列开展比较基因组学研究,必将为探测不同生物在进化过程中重要功能基因的出现、表达和丢失提供线索。文章从直向同源基因的基本特性、直向同源序列与比较基因组学的关系、应用直向同源序列开展比较基因组学相关研究方法、现状等展开综述。
- 潘增祥许丹张金璧林飞吴宝江刘红林
- 关键词：比较基因组学生物学特性数据库
- 猪卵巢颗粒细胞中circINHBA的鉴定及与细胞凋亡的相关性分析
- 2024年
- 实验室前期通过RNA测序发现1个新的环状RNA分子circINHBA,并确定其在猪健康和早期闭锁卵泡中呈现显著差异表达。本研究旨在鉴定并分析circINHBA的表达模式,探索其在猪卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡中的作用,为揭示调控猪卵泡闭锁的机制、筛选调控猪卵泡闭锁和GCs凋亡的靶标调节物提供依据。根据circINHBA,设计跨反向剪切位点的发散引物,通过PCR、琼脂糖凝胶电泳、Sanger测序鉴定circINHBA的环状结构,并通过使用或不使用Rnase R消化的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进行稳定性检验;利用核质分离技术和荧光原位杂交技术(FISH)分析猪卵泡GCs中circINHBA的亚细胞定位;RT-qPCR检测circINHBA在猪健康和早期闭锁卵泡中的表达情况,通过circINHBA干扰试验分析其对凋亡标志基因BCL2和BAX表达的影响;利用流式细胞术分析circINHBA对猪卵泡GCs凋亡的影响。结果:成功验证circINHBA为一种新的环状RNA分子,具有稳定的环状结构;定量分析发现,circINHBA在健康卵泡中的表达量显著高于早期闭锁卵泡,且亚细胞定位结果表明其主要分布于细胞质;特异性si-RNA干扰试验及凋亡标志基因检测发现circINHBA具有抑制猪卵泡GCs凋亡的作用。综上,本研究证实了1个全新circINHBA分子对猪卵泡GCs凋亡的影响,揭示了其在猪卵泡闭锁过程中的潜在作用,为进一步探究环状RNA分子在猪卵泡闭锁过程中的调控作用及分子机制奠定了基础。
- 王彩霞秦鑫鑫李文洁程晓龙张瑀格张金璧潘增祥
- 关键词：颗粒细胞凋亡
- 核酸-蛋白质互作的生物化学研究方法被引量：6
- 2009年
- 研究核酸-蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸-蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern杂交等经典分析方法的原理、发展和运用。还着重介绍了最近在表观遗传学领域中广泛运用的nChIP、xChIP等基本染色质免疫沉淀(ChIP)技术及其衍生出的ChIP-on-chip等方法。
- 张金璧潘增祥林飞马雪山刘红林
- 关键词：核酸蛋白质足迹染色质免疫沉淀
- 猪VEGFA 3′UTR生物信息学分析及其与miR-361-5p的靶向验证被引量：1
- 2019年
- 为了扩增并分析猪卵泡颗粒细胞中血管内皮生长因子A(VEGFA)基因3编码区(3′UTR)序列、构建VEGFA 3′UTR荧光素酶报告质粒以及利用双荧光素酶报告基因验证miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系,试验通过RT-PCR扩增VEGFA 3′UTR,并用生物信息学方法分析预测其保守性及潜在的互作miRNA,最后将扩增的VEGFA 3′UTR序列克隆至荧光素酶报告载体中,与miR-361-5p mimics(试验组)或NC mimics(对照组)共同转染293细胞,通过双荧光素酶报告系统检测两组细胞的荧光素酶活性,从而鉴定miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系。结果表明:在猪卵泡颗粒细胞中成功扩增了VEGFA基因3′UTR序列,其在哺乳动物中保守性较高,有多个潜在miRNA结合位点;成功构建了VEGFA基因3′UTR荧光素酶报告质粒,证明了miR-361-5p可以直接作用于VEGFA基因3′UTR,抑制其荧光素酶活性。
- 高晓梦张金璧李齐发
- 关键词：VEGFAMICRORNAS
- 表达在猪卵巢组织的新直向同源基因SLC25A3的模拟分析及其试验研究
- 2010年
- 目的借助比较基因组学、模拟分析和具体试验,快速获取直向同源序列结构和功能信息。方法通过"基于模式生物基因导向的EST功能注释法"鉴别出猪直向同源ESTs,以一个直向同源的线粒体磷酸载体编码基因SLC25A3为基础,结合组织表达信息,筛选卵巢组织中表达的ESTs序列进行该基因的虚拟克隆,并通过引物步移法进行具体的试验序列研究。结果鉴别、获取了直向同源基因SLC25A3的基因结构及功能信息,进行了试验具体研究,获得了该基因的cDNA全序列,实现了功能信息的物种间传递。结论结合基于模式生物基因导向的EST功能注释法和大量生物信息学工具,可以快速获得直向同源基因及其序列和功能信息,实现有价值信息在物种间的快捷转移和传递,为比较基因组学研究中序列功能注释与分析提供可靠的选择。
- 潘增祥张金璧林飞李齐发谢庄刘红林
- 关键词：比较基因组学生物信息学
- 类固醇激素合成酶及相关受体表达与猪卵泡闭锁过程的关系研究
- 卵泡发育过程中伴随着大量卵泡的退化，卵泡在到达排卵之前所发生的退化过程即卵泡闭锁（atresia）。卵泡闭锁是卵泡形成以后生殖细胞退化的主要方式，在所有的脊椎动物中都发现了卵泡闭锁现象，而且绝大多数卵泡都以闭锁的方式消失...
- 张金璧
- 关键词：激素受体基因表达
- 猪不同程度闭锁卵泡判定方法的比较研究被引量：4
- 2013年
- 以猪卵泡为试验材料,在总结各种分类方法的同时,通过具体的试验分析了几种可持续跟踪研究的分类方法(外观形态、颗粒细胞密度、孕酮(P4)和雌二醇(E2)的比值)间的关系。经过对239个卵泡的分离和检测,以及对在不同闭锁阶段各20个共60个在各个判定指标上都达到一致的卵泡进行分析和比较,检验各判定指标与猪卵泡闭锁的关系,形成了合理的综合判定标准:在外观判定基础上将颗粒细胞数小于2 500μL-1、2 500～10 000μL-1、大于10 000μL-1分别定义为健康、早期闭锁及晚期闭锁卵泡,而相应的P4/E2值分别为小于5、5～20及大于20。
- 张金璧林飞潘增祥马雪山李齐发刘红林
- 关键词：卵巢卵泡闭锁
- FSH处理对猪颗粒细胞中类固醇合成酶基因的表达及其调控区组蛋白H3修饰的影响被引量：6
- 2018年
- 【目的】研究FSH处理对猪卵巢颗粒细胞类固醇合成酶、垂体激素受体、凋亡相关等基因表达的影响及此过程中组蛋白H3修饰的变化情况。【方法】首先,采集猪卵巢组织并用注射器抽取方法收集卵泡颗粒细胞,用含血清体系体外培养颗粒细胞至贴壁,血清饥饿16h后用终浓度5IU·mL^(-1)的FSH处理24h,并收集细胞。其次,提取细胞m RNA,采用qRT-PCR方法检测类固醇合成酶(STAR、CYP11A1、HSD3B和CYP19A1)、垂体激素受体(FSHR和LHR)、凋亡相关基因(XIAP和Fas L)m RNA的表达变化,最后,相同处理后固定细胞,采用染色质免疫沉淀结合q PCR(Ch IP-q PCR)方法检测类固醇合成酶基因STAR、CYP19A1和HSD3B上游转录调控区组蛋白H3修饰(H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac和H3K14ac)状况。【结果】5IU·mL^(-1)的FSH处理引起类固醇合成酶基因STAR、CYP19A1和HSD3B分别为2倍(P<0.01)、2.8倍(P<0.01)和3.6倍(P<0.05)的显著上调,而CYP11A1表达水平没有显著变化;FSH处理对垂体激素受体FSHR、LHR和凋亡相关基因XIAP、Fas L影响不显著。在上调的三个类固醇合成酶基因中,HSD3B调控区组蛋白H3修饰变化最为显著,H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac和H3K14ac结合分别有14.7倍(P<0.01)、13.6倍(P<0.01)、19.7(P<0.01)倍和2.5倍(P<0.05)的显著上调;STAR基因调控区的H3K9ac在处理后有11.1倍的显著下降(P<0.05);CYP19A基因调控区的H3K4me3和H3K9ac分别有0.5倍的上调(P<0.01)和10.4倍(P<0.01)的下降,其余组蛋白修饰在处理前后没有显著变化。【结论】FSH处理24h对颗粒细胞类固醇合成酶基因转录有显著上调作用,对其转录过程有H3组蛋白修饰参与,组蛋白修饰模式具有基因特异性。垂体激素受体和凋亡相关基因的应答可能需要FSH和其他因素的联合作用。
- 张金璧姚望潘增祥刘红林
- 关键词：FSH颗粒细胞组蛋白修饰
- 猪卵泡闭锁过程中circINHBB的鉴定及其对颗粒细胞凋亡的影响被引量：3
- 2021年
- 【背景】卵泡的发育状况和成熟排卵数量是哺乳动物的繁殖力和生产性能的重要决定因素。卵泡闭锁是卵泡停止发育并发生退化的过程,可能发生在卵泡发育的各个阶段,而闭锁的发生与卵泡颗粒细胞的增殖和凋亡情况密切相关,而颗粒细胞的凋亡过程十分复杂并且受到各种细胞因子的调控作用。环状RNA(circRNA)是近年来在生物体内发现的一种环状结构非编码RNAs(ncRNAs)。研究证明circRNA普遍存在于各个组织且参与到各种生理过程的调节中,但其在家畜繁殖学领域,尤其是猪卵巢和卵泡中的表达变化、位置分布和生物学功能研究较少。抑制素(INH)是一种性腺糖蛋白激素,主要由雌性动物卵巢卵泡的颗粒细胞产生,是控制哺乳动物排卵的重要因子。前期实验发现,猪卵泡中INHβ亚基INHBB编码基因的mRNA的前体可能形成一个circRNA,即circINHBB。【目的】在猪中等有腔卵泡组织中验证circINHBB的序列结构及其在颗粒细胞中的分布情况;分析其在健康、闭锁卵泡中的表达差异;在体外培养的猪卵泡颗粒细胞中探索了circINHBB对细胞凋亡的调控作用,并对circINHBB可能介导的功能性miRNA做出预测,为家畜繁殖领域的circRNAs研究扩宽思路,为提高家畜繁殖力研究提供参考。【方法】采集中等大小猪卵泡,进行RNA提取及反转录获得猪卵泡的cDNA,利用反向引物进行PCR扩增,PCR扩增产物经Sanger测序证明circINHBB的序列和环状结构;设计circINHBB的特异性荧光探针,运用FISH实验验证circINHBB在猪卵泡颗粒细胞核、质中的分布情况;然后,通过外观、激素和颗粒细胞密度指标选取健康和闭锁两组,用qRT-PCR检测circINHBB在猪健康和闭锁卵泡中的表达差异;最后,设计circINHBB的特异性siRNA(si-circINHBB),在体外培养的猪卵泡颗粒细胞中,转染si-circINHBB及其对照,利用流式细胞术检测circINHBB对猪卵泡颗粒细胞凋亡的调控作用
- 马梦楠王慧明王苗苗姚望张金璧潘增祥
- 关键词：凋亡
