张国庆
- 作品数：9 被引量：12H指数：3
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家科技基础条件平台建设计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生机械工程更多>>
- DICE:电压门控离子通道电生理实验数据库
- 2009年
- 针对现有相关文献中离子通道电生理数据繁多且分散的特点,开发了一套电压门控离子通道电生理实验数据库。数据库中目前主要包括钠离子通道序列数据、调制剂分子结构和序列数据,并收集整理了文献中调制剂和通道相互作用时的电生理学数据和药理学数据。系统实现了数据的收集、录入、存储和查询,为后期进行数据挖掘奠定了基础。用户可以通过网址http://biodb.sgst.cn/DICE对数据库进行访问。
- 郭景康梁茜王超李泽张国庆李亦学孙晓明王健
- 关键词：神经毒素电生理
- 基于Java的基因本体工具包
- 2006年
- 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.
- 张国庆骆清铭鲁强李亦学
- 关键词：基因本体解析器图模型语义相似性
- 利用共焦显微成像系统实现磷光寿命时域测量
- 2002年
- 在光路中加入斩波器 ,将共焦显微成像系统中 Ar+ 激光器产生的连续光转换为脉冲光 ,实现对样品的脉冲激发。共焦成像系统以灰度值同时记录了激发光和样品发射磷光的强度变化信息 ,通过对磷光强度衰减的时间分辨分析 ,实现对磷光寿命的测量。利用此系统成功地实现了对置于不同环境中的磷光探针氧卟啉 (Oxy- Phor R2 )
- 李成军曾绍群骆清铭周炜张国庆
- 关键词：磷光寿命时域测量
- Java AWT和JAI技术在生物数据库图像显示上的应用
- 2010年
- 利用Java AWT和JAI技术绘制生物图像的方法可以使在实验室中得到的生物实验数据自动转化为需要的图谱,并且图像的精确度高。绘制成的图像既可以保存在本地硬盘中,也可以在浏览器中以网页的形式展示出来供研究人员分析使用。该方法目前已在上海生物信息技术研究中心开发的可视化工具MapViewer和主题数据库H2H,SRA中得到应用。
- 李泽赵晓飞沈翔张国庆郭景康王健
- 关键词：AWT基因组图谱
- 面向对象的硒蛋白生物信息二级数据库被引量：3
- 2004年
- 目的构建硒蛋白生物信息二级数据库。方法使用面向对象的方法 ,利用Java及其相关技术 ,分析并设计二级数据库的基本表和前台应用程序。结果构建了含有两个数据库nucleotide和 protein的数据库系统 ,以及C/S模式的数据录入程序和B/S模式的数据访问程序。结论使用面向对象方法来设计这个系统 。
- 张国庆龚辉鲁强曾绍群骆清铭
- 关键词：基因库生物信息学硒蛋白面向对象
- 基因本体及其注释数据语义网模型被引量：1
- 2007年
- 目前基因本体在语义网研究领域还很滞后,无法提供复杂的语义查询和推理服务.本研究通过将异构的原始数据以统一的RDF(resource description framework)格式进行编写,建立跨基因子本体的语义映射,并在此基础上引入一系列的推理规则集,提出了一个RDF语义网模型——GORouter.进一步,通过选择OracleNDM(network datamodel)作为RDF容器,使得RDF语义推理结果能够与传统的关系型查询无缝结合在一起,最终为用户提供了一个基于GORouter的混合解决方案(http://www.scbit.org/gorouter/).
- 黄钰许庆炜刘谦张国庆李亦学鲁强
- 关键词：基因本体语义网本体映射ORACLE
- BioEngine:大型综合生物数据库的搜索引擎
- 2010年
- 针对开发大型综合生物数据库网站中,对数据检索性能方面的需求,开发了搜索引擎BioEngine。BioEngine目前被应用在上海生物信息技术研究中心开发的综合生物数据库库网站(http://lifecenter.sgst.cn)上,可以有效支持该综合生物数据库下十余个子数据库的跨库检索。该搜索引擎使用XML进行配置管理,具有良好的可扩展性,适合不断增加子库的综合生物数据库使用。BioEngine的研发成功不但为国内建设大型综合生物数据库提供了数据检索方面的技术支持,也为进一步深入研究生物数据库检索技术奠定了基础。
- 王健李泽赵晓飞张国庆郭景康
- 关键词：生物数据库搜索引擎数据检索XML
- 上海生命科学数据中心的设计与实现被引量：4
- 2008年
- 上海生命科学数据中心通过整合实验数据、分析工具、相关文献,为研究人员提供一个具有中国特色、地方特点,以知识为导向、技术前瞻的生命科学数据共享、服务支撑平台。平台针对生命科学数据自身的特点,运用最新技术手段,在海量数据的管理、异构数据的整合、分布式数据访问,以及数据安全性管理方面进行了积极、有益的探索。目前,平台一期工作已经完成,并开始对外提供服务(http://lifecenter.sgst.cn/)。
- 许庆炜曹顺良李荣张国庆骆清铭李亦学
- 关键词：生命科学数据整合ORACLE数据库分布式管理
- 基于构件的生命科学主题数据库构建方法被引量：4
- 2007年
- 提出了一种生命科学主题数据库的快速构建方法。使用管理表和数据表共同管理生命科学数据,通过查询模板灵活控制对数据库的访问,采用构件化方法设计和构造数据库应用程序,从而快速构建主题数据库。基于该方法构建的主题数据库能够快速增删主题数据的类型,具有高度的灵活性。
- 张国庆曹顺良方焯许庆炜骆清铭
- 关键词：生命科学主题数据库
