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Bacillus sp.PKU-TA00001中发现的色胺类天然产物（英文）: 2019年; 色胺类天然产物已经在动物、植物和微生物中得到分离并且具有多种生物活性。然而,相对于大量化学合成的色胺类化合物,只有有限数量的色胺类天然产物被发现。我们从菌株Bacillus sp. PKU-TA00001中发现了五个色胺类天然产物(1-5),其中化合物1和2是新化合物,化合物4是新天然产物,化合物3和4的核磁共振波谱数据首次被提供。生物活性筛选结果显示,所有化合物对几株革兰氏阳性菌和阴性菌的最低抑制浓度(MIC)均在50μM以上,对人肿瘤细胞株A549, HCT-8和MCF-7在100μM下未显示细胞毒活性。化合物1-4的发现扩展了色胺类天然产物的结构多样性,并为将来的生物合成和更多生物活性研究打下了基础。; 耿彤彤王贵阳马学洋张中义刘谈葛元洁金晶孙晓旭张英涛杨东辉马明; 关键词：BACILLUS

深海链霉菌Streptomyces sp.PKU-MA01297中发现的两个葡萄糖苷化角环素（英文）被引量：2: 2019年; 角环素类天然产物是由放线菌中发现的由Ⅱ型聚酮合酶(PKS)产生的芳香聚酮化合物。它们的结构中不同位置的糖基团取代扩展了它们的结构多样性。本文报道了从一株深海链霉菌Streptonlyces sp.PKU01297中发现的两个新的角环素类化合物(化合物1和2)。链霉菌Streptomyces sp.PKU01297分离自印度洋3202米深的海底沉积物。化合物1和2的结构通过综合分析NMR,MS和CD等实验数据得到解析,它们结构中的1-O-β-D-吡喃葡萄糖基团为首次在角环素类化合物中发现,丰富了深海天然产物的结构类型。针对化合物1和2开展了抗菌、抗肿瘤细胞毒和抗炎活性筛选,未发现两个化合物具有相关生物活性。本文的工作为将来开展化合物1和2的生物合成研究和更多的生物活性测试打下了基础。; 马学洋王贵阳张中义耿彤彤孙晓旭杨东辉汤熙祥马明

海洋放线菌Kocuria sp.次级代谢产物的研究被引量：11: 2017年; 目的研究海洋放线菌Kocuria sp.的次级代谢产物。方法菌株摇瓶发酵,采用现代色谱学方法(硅胶柱色谱、Sephadex LH-20凝胶柱色谱、半制备HPLC),对发酵产物进行分离,利用现代波谱学技术对化合物进行结构鉴定。结果从海洋放线菌Kocuria sp.发酵液的乙酸乙酯萃取部分分离得到16个单体化合物。结论海洋放线菌Kocuriasp.可产生结构丰富多样的环肽类化合物,所有化合物均首次从Kocuria属放线菌中分离得到。; 姚蓉马明付晖单伟光林文翰; 关键词：海洋放线菌次级代谢产物环肽

马明团队解析复杂二萜cattleyene生物合成机制并通过酶工程改造获得新骨架产物: 2022年; 2022年7月12日,北京大学药学院天然药物及仿生药物国家重点实验室马明研究团队在国际著名期刊Angew.Chem.Int.Ed.上发表了题为“Crystal structure based mutagenesis of cattleyene synthase leads to the generation of rearranged polycyclic diterpenes”的研究论文。该研究通过解析二萜环化酶晶体结构揭示复杂四环二萜cattleyene生物合成机制,并基于晶体结构开展定点突变改变酶的产物结构,获得新骨架二萜化合物。; 无邢佰颖马明杨东辉; 关键词：二萜酶工程环化酶

环肽WS9326A生物合成中硫酯酶两个底物类似物的合成（英文）被引量：1: 2019年; WS9326A是一个从链霉菌中发现的速激肽受体拮抗剂和细菌群体感应抑制剂。WS9326A的结构为一个戊烯肉桂酰取代的环肽。其生物合成由非核糖体肽合成酶(NRPS)完成。其NRPS最后一个模块中的硫酯酶(TE)功能域被推测催化了WS9326A生物合成中的最后一步反应-位置选择性的环化反应。目前还未见对此TE的催化功能的研究报道。本文报道了运用固相多肽合成(SPPS)法合成了WS9326A生物合成中TE(WS9326A-TE)的两个底物类似物1和2。化合物1和2均为新化合物,它们的结构经NMR和HRESIMS分析得到了确证。化合物2中N末端的肉桂酰片段和C末端甲基化的丝氨酸残基的合成均在SPPS温和的条件下完成。由于WS9326A-TE的底物或底物类似物很难从产WS9326A的野生链霉菌中分离得到,本研究对1和2的合成为将来开展WS9326A-TE的体外催化表征打下了基础。; 张中义王翰轩王贵阳马学洋刘谈耿彤彤孙晓旭杨东辉董甦伟马明

非核糖体肽Skyllamycin B生物合成中Ⅰ型硫酯酶底物杂泛性的初步研究被引量：1: 2021年; 【背景】Skyllamycins是一类从链霉菌中发现的具有血小板生长因子抑制和生物膜抑制作用的非核糖体肽类,其环肽环合反应是由非核糖体肽合成酶中的硫酯酶功能域催化完成。【目的】克隆和表达Skyllamycin非核糖体肽合成酶最后一个模块中的硫酯酶(Skyxy-TE)基因,合成Skyxy-TE底物类似物,通过体外催化实验表征Skyxy-TE的底物杂泛性。【方法】采用Ligation Independent Cloning(LIC)方法,从一株含有Skyllamycin B生物合成基因簇的链霉菌Streptomycessp.PKU-MA01239中克隆和表达skyxy-TE,通过镍离子柱亲和层析纯化Skyxy-TE。运用固相多肽合成法合成2个底物类似物1和2,进行Skyxy-TE的体外催化实验。【结果】通过对Skyxy-TE的表达纯化,获得了纯度较好的可溶性蛋白;通过固相多肽合成,得到了能够模拟Skyllamycin B底物类似物的化合物1和2,硫酯酶蛋白体外催化化合物1和2得到了化合物3和4,化合物3和4通过核磁共振和高分辨质谱确认为环肽。【结论】Skyllamycin B生物合成中Skyxy-TE表现出一定的底物杂泛性,可以识别底物类似物催化环化反应,该研究为将来利用化学-酶联法制备更多环肽类似物提供了依据。; 宋娟于佳慧李安南关梦铁耿彤彤张中义杨东辉马明

利用靶向Ⅱ型聚酮合酶的PCR技术从海洋放线菌中发现angucyclinone聚酮类天然产物（英文）被引量：2: 2017年; Angucyclinones是一类主要由陆地放线菌产生的芳香聚酮类化合物,其生物合成主要是由Ⅱ型聚酮合酶(PKS)催化完成。为了在海洋放线菌中探索此类芳香聚酮类化合物,我们以167株海洋放线菌基因组DNA为模板,对含有Ⅱ型聚酮合酶的菌株进行了PCR筛选,通过对PCR产物测序验证,确定了12株阳性菌株。通过大规模发酵培养和色谱分离、波谱鉴定,从阳性菌株Streptomyces sp.PKU-MA00218中发现了四个angucyclinone芳香聚酮类化合物,6-deoxy-8-O-methylrabelomycin(1),8-O-methylrabelomycin(2),8-O-methyltetrangulol(3),和angucyclinone C的C环裂解产物(4)。化合物4为首次从海洋放线菌中分离得到。Angucyclinone芳香聚酮1–4的发现展示了基于生物合成的基因组挖掘技术在天然产物探索发现中的重要作用。; 杨小燕金晶周梦洁许青霞刘发旺张英涛马明杨东辉; 关键词：海洋放线菌

利用靶向非核糖体肽合成酶的PCR技术从链霉菌HMU0027中发现thiazostatin类嗜铁素（英文）被引量：2: 2017年; 非核糖体肽(NRP)是具有化学结构和生物活性多样性的一类重要的天然产物,其肽骨架的生物合成是由非核糖体肽合成酶(NRPS)催化完成。所有的NRPS含有三个最基本的催化功能域:腺苷化功能域(A domain),肽载体蛋白功能域(PCP)和缩合功能域(C domain)。在菌株优选和天然产物的探索发现中,基于天然产物生物合成中重要蛋白质的保守氨基酸序列设计简并引物而进行的PCR筛选已经成为一种十分有效的方法。在本研究中,基于NRPS中腺苷化功能域的保守序列设计简并引物,用PCR的方法从100株土壤放线菌中筛选得到了21株"阳性"菌株。在对21株"阳性"菌株的小规模发酵粗提物的HPLC分析基础上,选择了其中一株链霉菌HMU0027进行大规模发酵培养,通过色谱分离和谱学技术鉴定得到了七个NRPS产生的thiazostatin类嗜铁素(siderophore)类似物(1–7)。其中化合物1是一个新化合物,其含有罕见的苯酚类嗜铁素与糖基团连接的结构特色。本研究为进一步对这些thiazostatin类似物的生物合成研究打下了坚实基础,并展示了基于生物合成知识的基因组挖掘技术在非核糖体肽类天然产物探索发现中的巨大潜力。; 刘发旺周梦洁金晶杨小燕张英涛马明杨东辉; 关键词：嗜铁素

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马明

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