姜雪峰
- 作品数：3 被引量：10H指数：2
- 供职机构：甘肃农业大学农学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金甘肃省科技重大专项计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 苹果AQPs生物信息学分析及2个砧木AQPs对干旱胁迫的响应
- 2017年
- 为了解苹果水通道蛋白基因家族(AQPs)的生物信息学特征及苹果砧木对干旱胁迫的响应特点,对苹果AQPs进行系统进化、基因结构等生物信息学分析,并利用荧光定量PCR测定干旱胁迫下M26和山定子AQPs的表达水平。研究表明,苹果AQPs 30家族成员个可分为3个亚族,含2~7个外显子,分别定位于苹果的15条染色体上,2号、4号染色体无AQPs存在;1号、9号染色体上分别定位5个、4个基因,其余定位1~3个不等。AQPs氨基酸序列含NPA特征序列及TGINPARSI/FGAAI/VI、SGXHXNPAVT及GGGANXXXXGY保守基序;跨膜区域数量为4~7不等。轻度干旱胁迫下,M26叶片中MdPIP2;4的表达量最高,为11.029 8;根中Mdδ-TIP表达量最高,为17.148 0。山定子叶片中MdNIP4;2表达量最高(18.464 3),根中MdTIP1;3表达量最高(5.217 2)。中度干旱胁迫下,M26叶片中MdPIP2;4、MdNIP1;2和MdNIP4;1表达量分别上调34.63%、35.23%和89.42%;根中MdTIP5;1、Mdδ-TIP和Mdβ-TIP表达量分别下调46.04%、50.12%和52.48%。山定子叶片中MdNIP5;1、MdNIP6;1表达量分别上调16.8%和27.47%,MdNIP1;2下调37.73%;根中MdTIP1;3、MdTIP2;2、MdTIP5;1表达量分别上调29.92%、37.15%和70.29%。苹果AQPs基因结构和氨基酸序列具有较高的保守性。干旱胁迫下各AQPs基因在山定子和M26中的表达量存在显著差异,部分AQPs只在叶片或根部表达,存在组织差异性现象。
- 冉应龙毛娟左存武马宗桓李文芳姜雪峰马啸锁瑞妮苏瑞陈佰鸿
- 关键词：苹果AQPS生物信息学分析QRT-PCR砧木
- 苹果LysM类受体激酶基因家族鉴定与表达分析被引量：9
- 2017年
- 以LysM(PF01476)和Pkinase(PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,在全基因组范围比对分析了苹果(Malus×domestica Borkh.)LysM-RLK家族的成员,对其家族成员的理化性质、进化关系、染色体分布、基因结构等进行了分析;基于已公布的转录组学数据,分析了LysM-RLK基因在苹果组织、发育过程和生物胁迫中的表达情况。通过分析,共获得12个苹果LysM-RLK基因,其氨基酸序列大小介于553~1 053,分子量介于62.65~119.04 kD,等电点介于5.11~7.45,主要位于质膜;根据进化分析将其分为3个亚组,亚组内各成员的外显子—内含子结构呈现较为相似的特征。基因表达数据显示,苹果的4个LysM-RLK基因表达存在较大的组织特异性,7个基因在苹果腐烂病和再植病发病过程中为差异表达。
- 左存武张卫娜毛娟姜雪峰马宗桓苏静陈佰鸿
- 关键词：苹果生物信息学分析
- 苹果CR4基因家族鉴定与表达分析被引量：3
- 2018年
- 以RCC1(PF00415)、TNFR_c6(PF00020)和Pkinase(PF00069)保守域全蛋白序列为种子序列,在苹果全基因组范围比对分析了CRINKLY4(CR4)家族成员,对其理化性质、进化关系、染色体分布等进行了分析;基于qPCR分析了CR4基因在苹果腐烂病发生和低温胁迫过程中的表达情况。通过分析,共获得8个苹果CR4基因,其氨基酸序列大小介于668～1 690,分子量介于71.73～187.61 kD,等电点介于5.69～8.66,主要位于质膜;根据进化分析将其分为两个亚组。PCR表达分析结果表明,CR4基因在苹果不同组织和品种间存在不同的表达模式。分别有8个和6个CR4基因在苹果花芽感受低温和接种腐烂病菌后至少在1个时间点发生差异表达。其中,MD03G1068800在花芽感受低温后上调达25倍以上,而MD00G1166500和MD01G1153100在腐烂病发生后上调达150倍以上,以上3个CR4基因可作为后续功能研究的候选基因。
- 吕前前刘钰玺李静轩马宗桓姜雪峰王宝林毛娟褚明宇陈佰鸿左存武
- 关键词：苹果生物信息学分析腐烂病
