余鲲涛
- 作品数：1 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA被引量：3
- 2013年
- 真核生物的mRNA包括2种形式的转录本,根据它们3′端是否存在poly(A)尾巴,可以分为带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)+mRNA)和不带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)mRNA).Poly(A)+mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码,但是对poly(A)mRNA的功能却知之甚少.而已有的研究表明,poly(A)mRNA和双态(bimorphic)的mRNA(即包含poly(A)+mRNA又包含poly(A)mRNA)也是基因转录的一个重要部分.本研究通过建立一个综合性的数据分析流程,首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA,然后比较这些poly(A)+及poly(A)mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异,从而确定这些RNA转录物的潜在功能.通过生物信息学的分析表明,在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly(A)+和poly(A)mRNA.对差异表达的基因进行功能富集,结果表明,这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能,而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的.此外,还有一类差异表达的poly(A)mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能.因此,本研究表明,poly(A)mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.
- 赵国光焦飞廖奇罗海涛李慧孙亮卜德超余鲲涛赵屹陈润生
- 关键词：功能注释高通量测序
