吴道明
- 作品数：4 被引量：27H指数：3
- 供职机构：西南大学农学与生物科技学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 甘蓝型油菜polCMS育性恢复位点的全基因组关联分析被引量：8
- 2017年
- 【目的】甘蓝型油菜波里马细胞质雄性不育(pol CMS)在中国已被广泛应用于杂交种育种,其育性恢复程度表现出受1对主效基因的控制,并受微效修饰基因的影响。通过全基因组关联分析方法挖掘育性恢复位点,并对候选基因进行比较分析。【方法】通过芸薹属60K SNP芯片对308份甘蓝型油菜自然群体进行基因型分型,并用pol CMS系301A作母本,与上述材料分别进行杂交得到308份F1,每份F-_1分别于2013年和2014年进行种植,每年2次重复,于始花期根据花粉育性和花蕊发育情况调查F1植株的育性等级,同时对测交父本自然群体进行群体结构分析和亲缘关系评估,并结合测交父本的基因型分型结果和F_1的育性等级进行全基因组关联分析(GWAS)。从GWAS分析中显著的SNP左右100 kb区间或与显著SNP处于同一单体型块(R^2>0.5)的区间内预测候选基因,并对候选基因进行QTL比较分析和单体型或等位基因的效应分析。【结果】方差分析结果显示,两年F_1的育性等级存在显著差异(P<0.01),但相关分析发现,两年的育性等级存在显著的正相关(r=0.52,P<0.001)。群体结构分析显示,所有测交父本被分为3个亚群(冬性、春性和半冬性),亲缘关系分析发现,任何2个材料之间平均亲缘关系值为0.072,73%的任意材料间亲缘关系值小于0.1,其中,约53%的材料亲缘关系值为0。GWAS分析共检测到13个与育性恢复程度显著关联的SNP,构成了6个候选区间,分别位于A01、A09、C03、C06和C08 5条染色体上,单个SNP解释的表型变异介于2.53%—9.96%。从中共预测到6个与育性恢复位点相关的候选基因,其中4个编码的蛋白含有恢复基因特有的PPR保守基序。共线性分析发现,4个候选基因中的2个(Bna A09g46700D和Bna C08g40710D)位于A09和C08染色体部分同源区间,且与已克隆的pol CMS育性恢复位点ORF2同源。另外2个新鉴定到的候选基因(Bna C03g45840D和Bna C06g13000D)连�
- 魏大勇谭传东崔艺馨吴道明李加纳梅家琴钱伟
- 关键词：甘蓝型油菜育性恢复基因全基因组关联分析SNP
- 利用DH和IF_2群体检测甘蓝型油菜株高相关性状QTL被引量：6
- 2018年
- 株高是油菜重要的农艺性状之一。以油菜品种Express、SWU07构建的包含261个株系的DH群体和由其构建的包含234个株系的IF_2群体为材料,分析2年环境下株高及其相关性状QTL表明,在2个群体的各年份环境中总共检测到41个株高及其相关性状QTL,分布于甘蓝型油菜的13条染色体上,其中9个与株高相关的QTL,分布于A02、A09、C01、C02和C06连锁群,分别揭示了3.85%～13.34%的表型变异,15个与主花序长度相关的QTL,分布于A01、A02、A05、A08、A09、C01、C03和C05连锁群,分别揭示了3.82%～9.52%的表型变异;11个与第1分枝高度相关的QTL,分布于A01、A03、A09、C01和C03连锁群,分别揭示了4.01%～16.54%的表型变异;4个与分枝区段长相关的QTL,分布于甘蓝型油菜的A07、A09、C03和C04连锁群,揭示了4.79%～8.10%的表型变异;2个与平均节间长相关的QTL,分布于A07和C05连锁群,分别揭示了4.29%～6.04%的表型变异。其中5个QTL在不同年份环境或不同群体中被重复检测到。这些QTL为油菜株高的遗传改良提供了有用的信息。
- 贺亚军吴道明傅鹰钱伟
- 关键词：数量性状位点
- 甘蓝型油菜耐盐相关性状的主成分分析及综合评价被引量：3
- 2018年
- 目的:通过对种子萌芽期盐胁迫下甘蓝型油菜耐盐相关指标的研究,筛选和鉴定甘蓝型油菜耐盐种质资源。方法:通过浓度梯度实验对中双11号油菜种子萌芽期进行盐胁迫培养,测定种子的发芽率,确定最佳盐胁迫浓度为1.2% NaC1。在此浓度下,对88份不同遗传背景的甘蓝型油菜在盐胁迫处理下进行发芽试验,同时以去离子水为对照,播种后7天测定种子的发芽率、根长、整株鲜重和发芽势,以盐胁迫下各性状相对指数作为衡量耐盐性指标,利用主成分分析、隶属函数分析及聚类分析对其进行耐盐性综合评价。结果:在1.2% NaC1胁迫下,根长受盐胁迫影响程度最大,而发芽率受盐胁迫影响最小。各耐盐指标间的相关性分析表明,除了根长与发芽率之间无显著相关外,其他指标两两之间均存在显著正相关。通过对各耐盐指标进行主成分分析,最终确定各主成分贡献率及各指标对耐盐综合指标的贡献率。进一步应用隶属函数分析法对88个材料各主成分进行了综合评估并进行聚类分析,将88个基因型划分为高度耐盐、中度耐盐、不耐盐和盐敏感型4类,其中高度耐盐基因型有8个,中度耐盐21个,低度耐盐33个,盐敏感型26。根据综合评价结果,筛选出最耐盐品种为SW190。结论:可利用主成分分析、隶属函数分析和聚类分析对甘蓝型油菜种子萌芽期耐盐性进行分类和综合评价,筛选甘蓝型油菜耐盐种质。
- 胡丁雪吴道明游婧璨贺亚军钱伟
- 关键词：甘蓝型油菜耐盐性主成分分析综合评价
- 油菜耐盐相关性状的全基因组关联分析及其候选基因预测被引量：11
- 2017年
- 【目的】通过对甘蓝型油菜耐盐相关性状进行全基因组关联分析,寻找可能与油菜耐盐性相关的SNP位点,发掘与油菜耐盐性有关的候选基因。【方法】以1.2%NaCl溶液作为培养液,去离子水为对照,对307个不同品系的甘蓝型油菜进行发芽试验。播种后7 d测定幼苗根长、鲜重及发芽率,计算盐胁迫下各性状相对值,并作为评价耐盐的指标。结合油菜60K SNP芯片,利用SPAGeDi v1.4软件对该群体307份甘蓝型油菜进行亲缘关系分析,并计算亲缘关系值的矩阵。利用软件STRUCTURE v2.3.4对关联群体进行了群体结构分析。为有效排除假关联的影响,将群体结构和材料间的亲缘关系考虑进关联分析中,同时进行了PCA+K模型、Q+K模型以及K模型3种混合线性模型分析和比较,根据所有SNP的–lg(P)观察值和期望值,确定每个性状GWAS分析的最优模型。采用TASSEL 5.0软件,在最优模型下对307份材料耐盐各性状的相对值分别与SNP标记进行全基因组关联分析。利用油菜基因组数据库,在显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内提取基因。根据拟南芥中已经明确功能的耐盐相关基因,筛选出目标基因组区段内与耐盐相关的油菜同源基因。【结果】全基因组关联分析共检测到164个与根长显著关联的SNP位点,23个与鲜重显著关联的SNP位点,38个与发芽率显著关联的SNP位点。其中与根长、鲜重、发芽率最显著关联的SNP位点分别位于染色体A08、A02和A06,贡献率分别为23.84%、18.59%和31.81%。在这些显著SNP位点侧翼序列200 kb范围内发掘出可能与油菜耐盐性有关的50个候选基因。这些候选基因主要包括转录因子MYB、WRKY、ABI1、b ZIP、ERF1、CZF1、XERICO等以及一些下游受转录因子调控的不同功能基因NHX1、PTR3、CAT1、HKT、CAX1、ACER、STH、STO等。在根长和发芽率2个不同耐盐性状的分析结果中均筛选出位于A03染色体上的耐盐基因BnaA03g14410D�
- 贺亚军吴道明游婧璨钱伟
- 关键词：甘蓝型油菜耐盐性状全基因组关联分析
