李美珍
- 作品数：4 被引量：13H指数：1
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- 饥饿胁迫下黑腹果蝇长链非编码RNA的差异表达和调控网络分析
- 2022年
- 【目的】饥饿是生命体普遍经历的一种胁迫,本文旨在探究饥饿胁迫下黑腹果蝇Drosophila melanogaster长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化及其参与的调控网络,揭示lncRNA在饥饿应激反应中的潜在功能。【方法】下载NCBI SRA数据库中黑腹果蝇非生物胁迫相关的RNA-seq文库,进行转录组组装,预测lncRNA基因。利用DEseq2软件分析不同时间饥饿胁迫下lncRNA的差异表达,利用WGCNA共表达分析发现与饥饿胁迫相关的基因模块,构建差异表达lncRNA与蛋白编码基因的调控网路,用clusterProfiler进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。【结果】从34个果蝇非生物胁迫转录组中共鉴定得到3612个lncRNA。与正常喂食组相比,在4、12、16和24 h饥饿胁迫下,分别有260、28、200和26个lncRNA表达上调,133、28、148和25个lncRNA表达下调(以下简称为饥饿相关lncRNA)。这些lncRNA分别与790、2950、725、2961个蛋白编码基因表达相关。GO和KEGG富集分析显示,这些蛋白编码基因分别富集于吞噬体和溶酶体通路、糖代谢通路、长寿调节途径、化学刺激和味觉感受及细胞增殖和凋亡等通路中。在饥饿胁迫4、12、16和24 h下,分别有66、1、23和3个lncRNA基因处于调控网络中的核心(hub gene)节点位置(|基因显著性(GS)|>0.4,|模块成员(MM)|>0.8)。这些核心RNA可能具有更为关键的调控作用。【结论】LncRNA参与了果蝇的饥饿应激反应,并与饥饿处理的时间有关。在较短时间饥饿处理下,饥饿相关lncRNA主要参与调控自噬及能量代谢等过程,以保证能量供应;在较长时间饥饿处理下,饥饿相关lncRNA则主要参与觅食、细胞增殖及凋亡以及长寿调节途径等。
- 高丽斌李美珍贺康李飞
- 关键词：黑腹果蝇饥饿胁迫
- 昆虫长链非编码RNA的研究进展被引量：1
- 2017年
- 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200 nt的非编码RNA基因,在生物体内具有重要的生物学功能,近年来逐渐引起人们的重视。利用生物信息学预测流程,可以从RNA-seq测序数据中发现大量的lncRNA基因。迄今为止,已在果蝇、家蚕、褐飞虱等11种昆虫中发现了47 049个lncRNA基因。目前lncRNA的分类标准尚未统一,有的根据其在基因组上的位置进行分类,有的根据其长度大小进行分类,也有的根据其功能进行分类。研究发现,大量的lncRNA在果蝇形态转变的关键时期、小菜蛾抗药性品系、褐飞虱高繁殖力种群及埃及伊蚊感病毒细胞中高水平表达,显示其在昆虫变态发育、抗药性形成、繁殖力和抗病毒中具有重要的功能。lncRNA还参与调控昆虫剂量补偿效应、睡眠行为、性别决定等重要生命活动过程。本文简要综述了lncRNA的分类、预测、昆虫lncRNA的发现、昆虫lncRNA功能研究的最新进展。
- 肖花美李美珍李飞
- 关键词：昆虫长链非编码RNA
- 共生菌Tremblaya phenacola与扶桑绵粉蚧营养互作的基因组分析
- 扶桑绵粉蚧(Phenacoccus solenopsis Tinsley)是一种重要的入侵生物,可危害65个科的大约300种植物,给全球农业生产造成极大危害。研究发现,扶桑绵粉蚧含菌体中的初级共生菌Tremblaya p...
- 李美珍
- 关键词：扶桑绵粉蚧共生菌基因组非编码RNA调控网络
- 昆虫基因组及数据库研究进展被引量：11
- 2017年
- 基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基因组拼接的有215种,具有基因注释的有65种,公开发表的昆虫基因组有43篇。本文综述了测序技术发展的历史及其对昆虫基因组研究的推动作用、昆虫基因组的组装和注释及其存在的问题、昆虫基因组测序进展、昆虫基因组数据库的发展及基因数据挖掘利用的基本思路和对策,以及昆虫基因大数据在害虫防治和资源昆虫利用中的应用前景。
- 尹传林李美珍贺康丁思敏郭殿豪席羽李飞
- 关键词：昆虫基因组基因组数据库害虫防治
