李华
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 供职机构：上海交通大学生物医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 果蝇不同细胞组分转录本多样性被引量：1
- 2019年
- 真核生物基因通过可变转录起始位点、可变剪切和可变多聚腺苷酸化产生多个转录本异构体(transcript isoform)。由于不同转录本异构体的翻译情况有时会有较大的不同,这就导致转录本的多样性和蛋白产物之间的对应关系比较复杂。本文中,笔者收集了果蝇早期胚胎细胞转录组数据和翻译组数据,并通过系统的分析展示了不同细胞组分转录本组成异同。通过对转录组数据和翻译组数据进行比较分析,一共发现766个基因的转录本相对表达水平在果蝇不同细胞组分中发生了改变,这表明在果蝇中大量基因的不同转录本的翻译效率差异可能很大。
- 刘秋芳李华
- 关键词：转录组果蝇
- 裂殖酵母核心启动子结构的初步研究被引量：2
- 2013年
- 位于转录起始位点附近的核心启动子是调控真核生物基因转录的关键区域。近年来发现的高等真核生物核心启动子具有多样的形状、结构和调控机制,使得对核心启动子多样化结构的研究成为了该领域新的研究热点。为研究简单真核生物启动子的结构及其参与调控的机制,我们利用CAGE技术在全基因组范围内捕获裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的转录起始位点,从而鉴定其核心启动子序列,并对其形状和序列进行分析。我们的研究揭示了低等真核生物酵母的核心启动子结构具有类似于高等真核生物的多样性,预示着其转录调控可能具有前所未知的复杂性。
- 侯婧逸李华康亚妮孙洁林
- 关键词：转录起始位点核心启动子裂殖酵母
- eSNPdb，人类增强子区域单核酸多态性数据库被引量：1
- 2016年
- 增强子控制着多能性相关基因的转录,在细胞分化中起重要作用。数以千计的GWAS研究结果表明,一定数量疾病相关的SNP位于增强子区域,且近来的研究发现SNP通过影响增强子的功能引起对疾病的易感性,因此有必要对增强子区域的SNP进行整合和分析。我们建立了e SNPdb数据库,收集了增强子注释、SNP以及相关GWAS数据,将疾病与增强子建立联系。数据库收集了67 268个增强子,在这些区域上有826 350个SNP,其中8 521个与疾病相关。数据库还收集了位于增强子区域的转录因子结合位点信息,以便预测SNP对增强子区域转录因子的结合亲和性的影响。作为目前唯一收集增强子区域SNP信息的数据库,e SNPdb将会是研究增强子在人类疾病中的作用与机制重要的数据资源。
- 张宁波程酩白玲康亚妮李华
- 关键词：增强子GWAS转录因子结合位点疾病
- 基于噬菌体展示和高通量测序的血清抗体整体质量评估体系研究
- 2020年
- 目的·建立针对血清中抗体的整体质量评估体系,为血清自身抗体标志物相关研究提供量化的质控标准。方法·以50名健康者的血清为研究对象,分别经-80 ℃、-20 ℃、4 ℃、37 ℃、95 ℃处理后,与噬菌体随机肽展示库Ph.D.-12进行孵育,采用免疫沉淀方式获得噬菌体-IgG复合物。经高通量测序、生物信息学分析,统计每一种处理条件下血清结合肽的序列及频率,计算香农熵,评估血清中自身抗体的整体质量。结果·随着处理温度的升高,血清的香农熵逐渐降低;在同一温度条件下,血清的香农熵随着时间增长而逐渐降低,其中-20 ℃与-80 ℃处理的样品相比,香农熵波动不大;95 ℃处理10 min后的样品香农熵达到最低值。结论·联合噬菌体随机肽展示技术和高通量测序技术,可以用于解析血清中抗体的肽结合谱,并以香农熵为指征建立血清抗体整体质量评估体系。
- 赖丹昀胡传圣祁环马明亮李华陶生策
- 关键词：血清抗体噬菌体展示高通量测序
