何云松
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：成都生物制品研究所有限责任公司更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 水痘-带状疱疹病毒Oka株和84-7株基因特征的分析被引量：1
- 2017年
- 目的对水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)Oka株和84-7株的部分基因特征进行分析,为建立Oka株和84-7株的鉴别方法提供依据。方法利用PCR技术扩增相关基因,并运用生物信息学软件对水痘-带状疱疹病毒OKa株和84-7株的Pst I酶切位点、抗原蛋白基因序列(ORF14,ORF68)、高突变区域(ORF62)及84-7株复制起点进行序列比较和分析。结果 Oka株酶切位点特征为Pst I-Sma I^+Bss HII^+Nae I^+,84-7株的酶切位点特征为Pst I^+Sma I^-Bss HII^-Nae I^-;Oka株和84-7株ORF14编码的蛋白质同源性为99.8%,3个碱基的差异导致了3个氨基酸的变化,且这两株病毒株的R2可变区的串联重复单位拷贝数均为7;Oka株和84-7株ORF68编码的蛋白质同源性为100%,且存在2个低复杂性区域(LCR);ORF62编码区蛋白质的同源性为99.2%,具有14个低复杂性区域;84-7株复制起点区域包含一个13TA+19GA结构。结论 Oka株和84-7株的同源性很高,但在酶切位点方面存在差异,可用于Oka株和84-7株的鉴别,为今后确立水痘-带状疱疹病毒毒株的鉴别方法提供依据。
- 邹蔚然刘亚宇廖海棠麻广何云松刘晔
- 关键词：水痘-带状疱疹病毒酶切位点基因特征同源性
- 水痘-带状疱疹病毒Oka株gC基因的克隆及序列分析
- 2017年
- 目的对水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)Oka株gC基因进行克隆及序列分析。方法取第40代Oka VZV疫苗株,反复冻融3次后,收集上清,提取病毒DNA,根据NCBI登录的Dumas株VZV序列,设计引物,扩增gC基因,与pMD19-T Vector连接后,热转化至E.coli Competent Cells JM109中,挑选阳性菌落进行测序;将得到的序列与Gen Bank中登录的其他12株VZV毒株的gC基因序列,进行核苷酸序列和氨基酸水平分析。结果 13株VZV-gC基因开放阅读框(ORF)的核苷酸长度为1 557~1 776 bp,编码的蛋白由519~592个氨基酸组成。核苷酸序列同源性在94.8%~100%之间,氨基酸序列同源性在93.9%~100%之间。R2重复拷贝数为7,Dumas、SVETA和Ellen重复拷贝数为6,LAX1为4。结论 VZV Oka株gC蛋白具有高度的保守性,与其功能的发挥密切相关。
- 何云松文崇艳麻广邹蔚然刘亚宇李立刘晔
- 关键词：水痘-带状疱疹病毒GC基因
- 水痘-带状疱疹病毒84-7株基因特征分析被引量：2
- 2016年
- 目的分析水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)84-7株的基因特征。方法利用PCR法分别扩增VZV84-7株ORF38(PstⅠ)、ORF54(BglⅠ)、ORF62(SmaⅠ、Bss HⅡ、NaeⅠ)共5个酶切位点片段,运用生物信息学软件对5个酶切位点进行分析;PCR扩增病毒复制起点,分析VZV84-7株复制起点特征;PCR扩增VZV84-7株g E基因,对该基因进行序列分析。结果 VZV84-7株的酶切位点特征为:PstⅠ^+BglⅠ^+SmaⅠ^-Bss HⅡ^-NaeⅠ^-;复制起点区域包含1个13TA+19GA结构;g E基因序列与Oka株相比,在第1 170位存在1个碱基差异,为C→A,属于无义突变,但编码区氨基酸序列同源性为100%。结论 VZV84-7株的酶切位点和复制起点均有特异性,同时VZV84-7株与Oka株的g E基因仅有1个碱基突变,氨基酸序列同源性为100%。
- 邹蔚然刘亚宇何云松刘晔麻广廖海棠李永忠
- 关键词：水痘带状疱疹病毒基因聚合酶链式反应酶切位点
