刘阳 作品数:45 被引量:24 H指数:3 供职机构: 解放军第302医院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 环境科学与工程 理学 更多>>
基于高通量测序数据的微生物检测算法 被引量:2 2013年 目的设计一种基于高通量测序数据的功能强大、处理速度快且不依赖于运行环境的本地化的微生物检测算法。方法对微生物基因组进行分组,每次使用一组微生物基因组提取映射到其上的测序数据并滤除数据中的人类基因组数据,然后对序列进行拼接和拼接片段比对。如果根据比对结果检测出微生物种属则流程结束,否则使用下一组微生物基因组进行分析。若使用所有微生物基因组分析结束后仍未确定微生物种属,则滤除剩余的测序序列中的人类测序数据并进行拼接,拼接片段通过序列比对无法匹配到微生物基因组,则将这些拼接片段归为未知病原微生物的基因组片段。结果利用新的检测算法对模拟数据和实际测序数据进行分析,以RINS作为对比。对于已知病原微生物,新算法的平均处理时间为75 min,RINS的平均处理时间为767 min,两个算法检测结果一致,新算法得到的拼接序列更长。对于未知病原微生物样本,新算法检测的平均处理时间为64min,RINS的为584min,新算法得到了较完整的原始序列。对于实测数据,新算法的平均处理时间为23 min,RINS的为68 min,检测结果一致。结论本文实现的微生物检测算法能够对微生物进行准确、快速的检测,同时,新的检测算法可以发现未知的微生物并获取未知微生物的基因组片段。 李江域 王小磊 刘阳 毛逸清 赵东升 王玉民关键词:高通量测序 微生物检测 探讨M型超声心动图对节段性室壁运动异常结合冠脉CT血管造影诊断冠状动脉性心脏病的价值 目的:探讨M型超声心动图对节段性室壁运动异常(RWMA)结合冠脉CT血管造影(CTA)诊断冠状动脉性心脏病的(CHD)价值,为临床提供更好更准确的无创诊断依据.方法:1.一般资料收集我院几年来冠心病患者50例,均有发作性... 汤雨 李志艳 李猛 冯卉 田江克 董晓宇 刘阳 冯松超声空化效应在治疗中的研究进展 随着超声技术的不断发展和对超声微泡对比剂的不断研制推陈出新。超声联合微泡对比剂技术迅速发展。超声联合微泡对比剂技术是利用当声波通过液体或软组织时,声压产生周期性的变化和脉动,微小气泡的径向振荡在超声波作用下产生辐射压力和... 皋月娟 郭晓东 张凯博 刘阳 赵建颖 李志艳文献传递 自身免疫性肝炎患者的超声表现与病理及实验室检查的相关性分析 被引量:8 2018年 目的对照分析自身免疫性肝炎(AIH)患者的超声影像表现与临床生化指标及肝脏病理变化的相关性,研究通过超声影像诊断AIH的临床应用价值。方法选取2014年1月至2015年12月解放军第302医院收治的68例AIH患者的超声影像学表现、病理资料及临床实验室检查结果,研究超声影像表现与病理资料及实验室检查指标的相关性。结果超声诊断肝纤维化与病理上的"界面炎"表现与肝功的血清学指标对比,统计学上无相关性;但与病理上的"点状坏死"表现呈正相关(r=0.5099,P<0.001)。超声表现为"条索"与"结节"样改变对超声诊断AIH纤维化程度,差异有的统计学意义(t=3.9547,P<0.01)。超声检查显示肝脏的"大小"、"形态"改变与超声诊断AIH纤维化程度,差异有统计学意义(t=2.070、2.137、4.584、3.773,P均<0.05)。结论超声影像可为AIH的诊断及其纤维化程度的评估提供客观依据。 陈曦 李志艳 车辚 李猛 王彦 周艳贤 刘阳关键词:自身免疫性肝炎 超声 病理 ARFI与Fibroscan技术诊断慢性乙型肝炎肝纤维化程度的对比研究 目的:本研究应用声脉冲辐射力成像(Acoustic Radiation Force Impulse ARFI)技术和瞬时弹性成像(Fibroscan)技术对慢性乙型肝炎(Chronic Hepatitis B CHB)患... 张大鹍 陈敏 刘阳 皋月娟 张岩峰 周一鸣 陈曦超声空化效应在治疗中的研究进展 皋月娟 郭晓东 张凯博 刘阳 赵建颖 李志艳基因表达谱大数据在抗癌药物研发中的应用 被引量:1 2016年 作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用。特别是随着精准医疗概念的提出,整合包括基因表达谱在内的多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势。从抗癌药物研发背景出发,介绍了基于细胞扰动表达谱的大数据分析方法,并且总结了其在抗癌药物研发中的应用。 刘阳 白卉 伯晓晨关键词:基因表达谱 局部序列比对算法及其并行加速研究进展 被引量:3 2012年 随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义。本文回顾了常用的局部序列比对算法,介绍了基于并行计算原理的序列比对算法的加速优化策略和主要进展,详细说明了如何利用最新的图形处理器(GPU)计算技术实现高性能的BLAST(basic local alignment search tool)比对算法。最后,结合实际需求,提出和讨论了综合利用云计算和GPU计算实现高性能、高能效的序列比对平台的研究思路。 刘阳 王小磊 李江域 毛逸清 赵东升关键词:并行计算 云计算 HADOOP GPU计算 超声造影对比MRI诊断含脂质肝细胞肝癌的应用价值 : 超声造影对比MRI观察含脂质肝癌的影像学表现,探讨超声造影诊断含脂质肝细胞肝癌的造影特征及可行性. 方法: 2010年7月至2012年12月超声造影及增强MRI提示的160例肝细胞癌患者,其中MRI... 刘阳 李志艳 周艳贤 田江克 李猛 张大鹍 冯卉 陈敏 张智超关键词:肝细胞癌 超声造影 核磁共振成像 声辐射力脉冲成像技术定量评价慢性丙肝肝纤维化的临床研究 目的慢性丙肝具有较高的肝纤维化和肝硬化趋势,由于肝纤维化潜在的危害性和及时干预的可逆性,对慢性丙肝肝纤维化的准确定量评价和分析对其治疗和预后具有重要临床意义,有创性的肝穿刺活检难以作为普查或常规检查手段广泛开展,迫切需要... 张大鹍 李志艳 陈敏 刘阳 王瑞芳 董晓宇 谢跃 冯卉 周艳贤 陈霞关键词:声脉冲辐射力成像 文献传递