杨德明
- 作品数：16 被引量：65H指数：5
- 供职机构：福建农林大学林学院更多>>
- 发文基金：福建省科技重大专项福建省科技创新平台建设项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 巴戟天MoDXR基因及其启动子的克隆与分析被引量：4
- 2020年
- 从巴戟天中克隆MEP途径中的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸还原异构酶基因MoDXR及其启动子序列,并进行生物信息学分析、启动子区顺式作用元件分析,以及进行原核表达分析。根据巴戟天转录组中DXR基因原始序列和NCBI-ORFfinder分析,设计特异性引物,并进行RT-PCR扩增和生物信息学分析;采用染色体步移克隆MoDXR基因的5′端启动子序列;通过亚细胞定位分析MoDXR基因在细胞中的位置;构建原核表达载体pET-28a-MoDXR,导入BL21(DE3)表达感受态细胞后,在IPTG诱导下表达。从巴戟天中克隆的MoDXR基因,其cDNA全长2015 bp,预测的阅读框大小为1425 bp,编码474个氨基酸,分子质量为51.27 kDa;BlastP序列比对分析表明MoDXR基因与其他植物的DXR基因具有高度同源性,如:咖啡树DXR(CaDXR)、萝芙木DXR(RvDXR);系统进化发育树分析显示,巴戟天MoDXR蛋白与小粒咖啡和栀子的DXR蛋白聚为一类,其亲缘关系最近;由亚细胞定位可知MoDXR基因所编码的蛋白定位于叶绿体上;MoDXR基因5'端启动子序列长度为1493 bp,包含了与光响应、胁迫响应和激素响应有关的多种调控元件;SDS-PAGE结果表明pET-28a-MoDXR重组蛋白的大小与预期相符,但是以不容性的包涵体的形式表达。成功克隆了MoDXR基因及其启动子序列并对其进行了生物信息学分析和启动子区顺式作用元件分析;后期需要优化MoDXR原核表达体系,为进一步纯化MoDXR蛋白,研究其结构和功能奠定基础。
- 谢德金叶友杰杨德明张娅欣何天友陈礼光郑郁善
- 关键词：巴戟天启动子生物信息学分析
- 基于GC-MS的福建柏萜类挥发物及其器官差异分析被引量：2
- 2021年
- 为探究福建柏萜类挥发物成分组成及其在不同器官间的差异,采用气相色谱—质谱联用(GC-MS)技术,对福建柏鳞叶、树皮、根进行分析鉴定,结果表明:共检测出45种萜类挥发物,分成五大类,包括10种单萜烯、10种单萜类衍生物、17种倍半萜、6种倍半萜类衍生物、2种二萜类衍生物;其中α-蒎烯、γ-杜松烯、δ-杜松烯、长叶烯、顺式菖蒲烯和柠檬烯是福建柏萜类挥发物中的主要物质,在福建柏树皮中萜类挥发物的总量多、种类丰富.器官间差异萜类挥发物的分析结果显示,柠檬烯、β-蒎烯、长叶烯、α-蒎烯和双环水芹烯这5种物质在福建柏不同器官间的差异较大且含量较高,对进一步分析福建柏萜类物质的合成与转运机制具有重要意义.
- 周成城黄霞谢德金杨德明荣俊冬何天友郑郁善
- 关键词：福建柏
- 18份樱属材料亲缘关系的ISSR分析被引量：13
- 2020年
- 对福建山樱花、11份日本樱花品种和6份选优材料进行了标记,通过筛选出来的12条引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。结果显示,共获得144个位点,多态性位点135个,多态性占93.75%。选取引物UBC808和UBC835构建指纹图谱,简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记能有效地对18份樱属材料进行区分和鉴定。供试材料间的遗传相似系数在0.4532~0.8333之间,平均0.6337;遗传距离在0.1823~0.7651之间。通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似性系数为0.5899时,可将18份樱属材料划分为4大类,其中选优材料与福建山樱花或日本樱花亲缘关系较近,但在花色、花期等方面有一定差异,且能区分和鉴定供试材料的亲缘关系。研究结果能为国内樱花新品种鉴定、优选和商品化等提供参考依据。
- 周成城杨德明李士坤万佳艺荣俊冬郑郁善
- 关键词：樱花指纹图谱
- 大头典竹叶片蛋白质组学双向电泳技术体系的优化被引量：2
- 2017年
- 目的:为了获得清晰的蛋白凝胶图谱,建立适用于大头典竹蛋白组学双向电泳的优化体系。方法:对大头典竹蛋白提取方法、胶条的水化运行方式、等电聚焦(IEF)程序的设置、蛋白上样量等步骤进行优化。结果:大头典竹的蛋白斑点主要分布在pH5~8的范围;三氯乙酸-丙酮法与酚抽结合法更适合大头典竹蛋白的提取;IPG胶条胶面向上、被动水化方式、蛋白上样量为50μL,效果更好。结论:通过建立双向电泳(2-DE)的优化体系,获得的蛋白点均匀、清晰、横纵条纹少的凝胶图谱,提高了分辨率,为大头典竹差异蛋白组学研究奠定了基础。
- 陈思凯瞿印权杨德明陈剑成宋鲲鹏刘家琪何天友荣俊冬郑郁善陈礼光
- 关键词：大头典竹双向电泳蛋白组学
- 福建柏叶片蛋白质双向电泳技术优化被引量：6
- 2017年
- 蛋白质双向电泳是蛋白质组学研究方法之一,但蛋白质双向电泳技术体系却因物种不同而有所差异,因而蛋白质双向电泳体系的建立是进行蛋白质分离、鉴定的首要步骤。本文对福建柏叶片蛋白质提取方法、IPG胶条、等电聚焦参数设定、丙烯酰胺分离胶浓度等因子进行单因素分析,对福建柏双向电泳技术进行优化。结果表明,采用三氯乙酸-丙酮提取福建柏叶片的蛋白点多且图像清晰,p H4~7的IPG胶条最适合福建柏叶片蛋白的分离,等电聚焦参数设定为20 000 Vh,浓度为10%的分离胶进行福建柏双向电泳最好。本研究初步建立了福建柏叶片蛋白质双向电泳体系,为深入研究福建柏蛋白质组学提供依据。
- 杨德明张娅欣沈少炎荣俊冬何天友郑郁善
- 关键词：双向电泳福建柏蛋白质组等电聚焦PH
- 基于RNA-seq的福建柏R2R3-MYB转录因子鉴定和分析
- 2021年
- 基于福建柏鳞叶、树皮和根3个部位的RNA-seq(转录组测序技术)数据,对福建柏R2R3-MYB转录因子进行挖掘和分析.结果显示,共鉴定出71个R2R3-MYB转录因子;71个R2R3-MYB的氨基酸数100~858个,相对分子质量11618.52~96926.56,均预测为亲水性不稳定蛋白;亚细胞定位预测结果显示均定位在细胞核中;GO功能注释分类共注释到364个GO terms,其中聚类在分子功能、生物学过程和细胞组分分别为150、82和132个;序列对比和保守基序分析显示71个R2R3-MYB均含有R2(-W-(X_(19))-W-(X_(19))-W-)、R3(-(F)-(X_(18))-W-(X_(18))-W-)保守基序.系统进化树分析表明,除S12、S16、S18和S20亚家族外,其他均有福建柏R2R3-MYB转录因子聚为一类.FPKM表达模式分析表明福建柏R2R3-MYB的表达具有明显的组织特异性,RT-qPCR结果验证了部分R2R3-MYB基因的组织特异性.
- 周成城谢德金杨德明何天友陈凌艳郑郁善
- 关键词：福建柏RNA-SEQMYB生物信息学
- 福建柏实时荧光定量PCR内参基因的选择被引量：5
- 2021年
- [目的]筛选稳定的内参基因,用于福建柏不同组织部位荧光定量PCR分析。[方法]基于福建柏转录组数据,以福建柏的根、皮和鳞叶为材料,设置5个浓度梯度(0.32、1.6、8、40、200 ng·μL^(−1))的各组织cDNA混样作为模板,选择ACT7、UBQ、EF2、CACs、TIP41、UBC2b、RH8、GAPDH 8个基因作为候选内参基因。利用实时荧光定量PCR技术并结合geNorm、Normfinder和BestKeeper等软件对候选内参基因的表达稳定性进行评价。选择评价结果中较为稳定的候选基因作为内参基因,通过分析4个萜类合成酶基因(FhTPS1、FhTPS2、FhTPS3、FhTPS4)在福建柏不同组织部位的相对表达情况,对候选内参基因的稳定性进行验证。[结果]geNorm、Normfinder和BestKeeper分析结果均表明:不同质量浓度福建柏各组织cDNA混合样品中,最稳定的内参基因是UBC2b和ACT7。荧光定量PCR分析表明,候选内参基因ACT7和UBC2b在福建柏不同组织部位中表达稳定。4个目的基因的相对表达量在福建柏根、皮和鳞叶中均有所不同,FhTPS1基因在根中相对表达量最高,FhTPS2和FhTPS4在鳞叶中相对表达量最高,FhTPS3在皮中相对表达量最高。[结论]8个候选内参基因中,ACT7与UBC2b稳定表达且不受cDNA质量浓度变化影响,二者的组合能够实现稳定归一化并提高定量分析结果准确性,适合作为福建柏各组织部位荧光定量表达分析的理想内参基因。RH8的表达稳定性低,不适合作为福建柏的内参基因。
- 周成城荣俊冬谢德金杨德明何天友郑郁善
- 关键词：福建柏内参基因
- 基于巴戟天转录组数据的R2R3-MYB转录因子的鉴定和分析被引量：8
- 2020年
- 为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子,本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据,筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子,为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础。根据巴戟天根茎叶的转录组数据,利用PFAM和plantTFDB等5个数据库,对预测的巴戟天R2R3-MYB转录因子进行鉴定, GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析。基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转录因子,其中R2R3-MYB的数量为51个。亚细胞定位结果显示多数序列定位于细胞核,少部分位于细胞外基质。与分子功能、生物过程和细胞组分相关的GO terms的数量分别为112、76和239个。51个巴戟天R2R3-MYB转录因子中的R2-MYB和R3-MYB的保守基序分别为:-W-(X19)-W-(X19)-W-,-F-(X18)-W-(X18)-W-。通过与拟南芥R2R3-MYB转录因子的序列比对分析可知,除了S10、S19和S21亚家族没有分布,其他亚家族中都存在同源序列。RT-qPCR的结果验证了部分R2R3-MYB基因在3个组织差异性表达。获得的51个R2R3-MYB转录因子为进一步研究巴戟天MYB转录因子家族提供了一定的理论基础。
- 谢德金叶友杰杨德明杨柯周成城陈凌艳荣俊冬郑郁善
- 关键词：巴戟天MYB转录组功能注释
- 巴戟天MoDXS基因及其启动子的克隆与分析被引量：1
- 2021年
- 从药用植物巴戟天根部组织中克隆了3个1–脱氧–D–木酮糖5–磷酸合成酶基因MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2,其全长cDNA分别为2676、2667和2610 bp,编码区序列长度为2154、2121和2190 bp,编码717、706和729个氨基酸。BlastP序列比对分析表明MoDXS蛋白与其他植物的DXS蛋白高度同源;系统进化发育树分析显示,MoDXS蛋白与中粒咖啡和小粒咖啡DXS蛋白亲缘关系最近。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2蛋白被分别归为clade 1、clade 3和clade 2。MoDXS1在巴戟天根中表达量最高;MoDXS2-1在巴戟天根、茎、叶中的相对表达量差异显著,叶中最高;MoDXS2-2在根中表达量最高,而在茎和叶中最低。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2基因的5′端上游启动子序列长度分别为2538、732和1744 bp。亚细胞定位预测3个MoDXS均在叶绿体上。
- 谢德金周成城杨柯任可杨德明陈凌艳荣俊冬郑郁善
- 关键词：巴戟天启动子序列亚细胞定位
- 凹叶厚朴用于细胞悬浮培养的愈伤组织的制备研究被引量：3
- 2017年
- 目的研究凹叶厚朴适用于细胞悬浮培养的愈伤组织。方法通过对基本培养基(B5、MS和1/2MS)、外植体(茎段、顶芽和叶片)、激素浓度及组合进行筛选的方法进行厚朴愈伤组织诱导和继代研究。结果 B5为最适合厚朴愈伤组织诱导的基本培养基;顶芽是最佳诱导愈伤组织的材料;最适合厚朴愈伤组织诱导的培养基为B_5+2.0 mg/L 2,4-D+1.0 mg/L 6-BA;最佳继代培养基为B_5+2.0 mg/L NAA+1.0 mg/L 6-BA,愈伤组织生长倍数达到2.87倍。结论初步筛选出凹叶厚朴用于细胞悬浮培养的愈伤组织,为凹叶厚朴细胞培养奠定基础。
- 谢燕燕卫梅谢德金陈剑成杨德明荣俊冬陈礼光郑郁善
- 关键词：凹叶厚朴愈伤组织
