李志华
- 作品数：2 被引量：6H指数：1
- 供职机构：南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 中国人群冠心病相关基因的精细定位研究被引量：1
- 2019年
- 目的:全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWASs)已发现了多个冠心病(coronary heart disease,CHD)易感区域。然而,这些易感区域内的致病基因和真正致病位点尚不清楚。本研究旨在通过对报道的易感区域进行靶向测序来鉴定CHD相关基因和变异。方法:基于GWAS Catalog数据库筛选满足GWAS显著水平的CHD易感位点,经过多个数据库评估和基因功能检索,系统筛选了19个CHD易感区域内的关键基因。针对上述易感基因,在192例中国人群冠心病患者和192例健康对照中进行捕获测序。通过Logistic回归和计数法评估常见、罕见变异与CHD发生之间的关联。对于鉴定的CHD相关变异,采用功能注释和表达数量性状(eQTL)分析来评估其潜在的生物学功能。结果:5个常见变异关联P值<0.05,功能注释表明其中rs12970与心血管组织中APOA1表达增加显著相关。鉴定了3个功能性罕见变异:WDR35 rs139543775、KLHDC10 rs60941031、CTSH rs3129。结论:通过在GWAS报道的区域中进行精细定位研究,为CHD遗传研究提供了新线索,但是仍需进一步大样本研究和功能实验来验证。
- 蒋祝孙洁蒋涛朱猛李志华程越陈梦茜戴俊程沈冲胡志斌
- 关键词：冠心病易感位点
- DNA损伤相关遗传变异与中国人群肺癌易感性的关联研究被引量：5
- 2016年
- 目的 探索DNA损伤相关的遗传变异和中国人群肺癌发病风险的关系。方法 采用病例-对照研究设计，收集2003—2009年就诊于江苏省肿瘤医院以及江苏省人民医院的新发肺癌病例作为病例组，共1 341例。选取同期在相同医院或参加社区健康体检的健康人群作为对照组，共1 982名。每位研究对象采集5 ml外周血，并用同一调查问卷收集流行病学信息。运用Illumina Infinium？芯片对DNA损伤相关的35个单核苷酸变异（SNVs）进行基因分型。应用单因素和多因素logistic回归模型，计算每个位点的OR（95%CI）值。采用HaploReg V4.1和Regulome DB数据库对重点位点进行注释。结果 病例组和对照组的年龄分别为（61.06 ± 10.15）、（61.32 ± 11.07）岁，差异无统计学意义（t=-0.72，P=0.473）。病例组吸烟人数比例高于对照组（61.08%比48.54%, χ2=50.04, P〈0.001），且重度吸烟者所占比例也高于对照组（42.28%比24.07%, χ2=122.32, P〈0.001）。对符合质控标准的34个SNVs，在调整年龄、性别和累计吸烟剂量后，发现2个SNVs与肺癌发生的相关性的差异有统计学意义，分别为rs9267576位点的C〉A变异（CA基因型/CC基因型，OR=1.56, 95%CI： 1.01~2.40）和rs3130683的A〉G变异（AG基因型/AA基因型，OR=1.87，95% CI：1.13~3.09）。以rs3130683、rs9267576和其他协变量采用逐步回归法建立logistic回归模型，最终仅rs3130683保留在模型中，表明rs9267576与肺癌发生的关联可能由rs3130683的效应所致。功能注释结果表明，rs3130683位于启动子和增强子区，是人类白细胞抗原HLA-C、-DQB1、-DRB1、-DRB5的表达数量性状基因座（eQTL）。癌症基因组图谱（TCGA）数据分析结果表明，HLA-C、HLA-DQB1、HLA-DRB1和HLA-DRB5在肺癌组织中的表达水平均低于癌旁组织，分别有81.3%、88.8%、90.7%、90.7%的肺癌组织表达下调，P值分别为6.68×10-15、2.21×10-13、2.20×10-16、2.58×
- 李志华王玉琢刘佳朱猛杜江波袁晶陈卫红张正东胡志斌邬堂春沈洪兵
- 关键词：DNA损伤肺肿瘤PM2.5
