转录后调控子Crc蛋白(Catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq(RNA sequencing)技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG(Clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库对受到Crc调控的基因进行功能分类。转录组结果显示:Crc突变导致218个基因的转录子水平发生两倍以上的显著变化,其中105个基因表达上调,113个基因表达下调。Crc蛋白对碳、能量、脂肪及氨基酸代谢、抗生素合成等次级代谢具有全局调控作用,比如,脂质转运和代谢的基因簇(H78_00275~00283)表达显著下调约2.7~8.1倍,能量生产和转换的cyoA_2B_2C_2D_2E_1基因簇(H78_05248~05252)基因表达显著下调约3.4倍,调控氨基酸转运与代谢的H78_04826astAA_4DB基因簇(H78_04822~04826)基因表达显著上调约4倍,抗真菌剂藤黄绿菌素(pyoluteorin,Plt)的合成基因簇(pltLABCDEFG)、转运基因簇(pltIJKNOP)表达下调平均约3倍,而调控基因簇(pltR,pltM,pltZ)的表达平均下调不足2倍,整体上Plt合成受到Crc的显著正调控。Crc转录组学结果为进一步开展Plt等抗生素合成的分子调控网络与代谢工程研究奠定基础。
