赵芹
- 作品数：64 被引量：127H指数：7
- 供职机构：江苏省农业科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 节瓜抗感镰刀菌酸突变体LINE逆转座子RT序列特征分析被引量：3
- 2016年
- 根据LINE逆转座子逆转录酶(RT)保守序列设计简并引物,PCR扩增节瓜g DNA,获得580 bp左右目的片段;PCR产物克隆测序后经相关生物信息学软件分析,获得41条来自感枯萎病材料及其抗性突变体的RT序列。感、抗材料的序列长度变化范围分别为548~590 bp与573~590 bp,存在明显缺失突变,核苷酸序列相似性分别为73.6%~98.9%与46.1%~99.3%;核苷酸序列聚类分析分为5个家族,家族I包含29个序列,为节瓜LINE逆转座子主要家族成员。对推导氨基酸序列分析发现,感、抗材料分别包含25个与4个保守氨基酸,抗性突变体半保守氨基酸数目略少,氨基酸序列相似性分别为53.5%~100%与10.3%~100%;与抗性突变体相比,感病材料终止密码子突变发生率较高(23条,100%),移码突变生率略低(11条,47.82%);仅发现1条抗性突变体序列具转录活性。两种材料均存在较高缺失突变、终止密码子突变与移码突变发生率,表现高度异质性。将节瓜RT序列与已知物种相应序列构建系统发育进化树,表明节瓜LINE逆转座子RT序列较保守,与拟南芥、葡萄、李等亲缘关系较近。
- 赵芹谢大森何晓明江彪罗少波彭庆务陈俊秋
- 关键词：节瓜逆转录酶
- 冬瓜组培再生体系的初步建立被引量：2
- 2012年
- 以冬瓜子叶节为试材．探讨培养条件、不同基因型及诱导、伸长和生根培养基不同激素类型与配比情况．初步建立了冬瓜组培再生体系。结果表明：种子剥皮消毒后．在纸桥培养基暗培养发芽率较高，且节约成本：以暗培养5d、见光培养1d刚转为淡绿色的闭合子叶，其不定芽诱导率最高，约75％；以13个不同基因型冬瓜子叶节为外植体．接种至不同激素浓度组合的培养基上，筛选出分化率较高的品种B214，其不定芽再生率可达到79-2％．诱导分化培养基为MS＋4．0mg／L6一BA＋0．4mg／LNAA，伸长培养基为MS＋I．0mg／L6-BA＋0．5mg／LNAA．生根培养基为1／2MS＋0．5mg／LIAA；当冬瓜组培植株高4-5cm时，炼苗移栽，其移栽成活率在60％以上。
- 赵芹谢大森何晓明罗少波
- 关键词：冬瓜子叶节
- 基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列被引量：7
- 2015年
- 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1～HNB23,GenBank登录号为KJ908192～KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242～261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框（Open reading frame,ORF）,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ～98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ～100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ～100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.
- 赵芹谢大森何晓明罗少波彭庆务
- 关键词：瓠瓜抗病基因同源序列
- 节瓜多基因型种群的优势性状分析被引量：2
- 2010年
- 作物多基因型种群育种理念由广东省农科院水稻所研究员李晓方博士提出,近年来在水稻、棉花等作物上已有应用研究。为了探讨多基因型种群在节瓜上是否存在优势性状,2006年组成节瓜多基因型种群A,并开展与单基因型品种粤农的初步比较试验,结果表明多基因型种群A的坐果率超过单基因型品种粤农。2007年进行了多基因型种群Ⅰ、多基因型种群Ⅱ与其单基因型组分的逐个比较试验,结果显示多基因型种群的疫病抗病性、存活率、生长势、产量均超过了各单基因型组分,特别是疫病抗病性的差异达显著水平。两年研究表明多基因型背景下的自交系种群存在优势性状,这也是下一阶段开展节瓜多基因型品种选育的基础。
- 彭庆务何晓明谢大森赵芹李晓方
- 关键词：节瓜
- 水稻瘤矮病毒S7编码运动蛋白的鉴定
- 本研究将S7及其翻译提前终止突变体(△S7)构建至植物表达载体上，与运动缺陷型载体PVX-GUS-BSP共轰击本生烟叶片，组织化学染色显微观察，发现只有PVX-GUS-BSP+△S7组合存在肉眼可见的蓝色斑点，100倍物...
- 赵芹邓永枢李华平
- 关键词：水稻瘤矮病毒分子鉴定
- 水稻瘤矮病毒S11-S12组分基因沉默抑制子的鉴定和功能分析
- ＜正＞水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）为植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）成员,此病毒最早于1979年在泰国发现,连续多年在广东、福建等地发生,使水稻分蘖数和抽穗率显著减少...
- 沈文锦赵芹万婕邓永枢阮小蕾李华平
- 文献传递
- 瓜类疫病研究进展被引量：7
- 2010年
- 瓜类蔬菜是中国主要蔬菜种类,瓜类疫病迅猛发展,严重制约瓜类生产。文章综述了近几年来国内外瓜类疫病的病原菌种类、抗性鉴定技术、抗性机理、育种进展,针对当前生产上防治措施的问题,提出了瓜类疫病的防治策略。
- 谢大森赵芹何晓明彭庆务
- 黑皮冬瓜NBS类抗病基因同源序列克隆与分析被引量：5
- 2014年
- 以黑皮冬瓜＂B98K＂种质为试材,根据已克隆的植物NBS类抗病基因保守结构域设计简并引物,PCR扩增冬瓜基因组DNA,获得对应区段的DNA片段,回收克隆与测序后,得到19条抗病同源序列（命名为DNB1至DNB19）。利用DNAStar软件进行序列分析及同源性比对发现,这些抗病同源序列长度在249-252 nt之间,其核苷酸序列同源性在48.4%-98.8%之间,氨基酸序列同源性为23.2%-100.0%,推导氨基酸序列具有P-loop（GGVGKTT）、Kinase-2a（VLDDVW）典型的NBS保守结构域。同源进化分析将其全部归为non TIR-NBS-LRR类,与推导氨基酸序列多重比较结果一致;该序列与其他作物已克隆抗病基因的氨基酸序列同源性在24.7%-99.0%之间。该组序列已登录Genbank,登录号为KF776401-KF776419。
- 赵芹谢大森何晓明罗少波李明珠
- 关键词：冬瓜NBS同源克隆
- 侵染节瓜三种病毒的多重PCR检测方法
- 节瓜是我国华南地区特色蔬菜,在我国南方各省均有大面积种植。小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)、番木瓜环斑病毒(Papaya ring spot virus,PRSV)...
- 赵芹何晓明罗少波谢大森彭庆务
- 关键词：小西葫芦黄化花叶病毒黄瓜花叶病毒番木瓜环斑病毒多重PCR
- 小麦幼苗内生菌多样性的宏基因组分析被引量：11
- 2017年
- 小麦是世界各地广泛种植的重要禾本科作物,在生长过程中与内生菌形成和谐共生的微生态体系,内生菌次生代谢产物具有抗病、防虫与促生等重要作用。宏基因组技术是研究环境微生物及内生菌多样性的重要手段。本研究首先富集纯化幼苗期小麦内生菌的宏基因组DNA,PCR扩增内生细菌的16S rDNA及内生真菌rDNA-ITS序列,构建了大肠杆菌克隆文库,选取阳性克隆测序。根据16S rDNA信息及系统进化树对内生细菌群初步分析,划分为9个分类操作单元(operational taxonomic unites,OTUs),主要包括γ-变形菌纲肠杆菌科(95.59%)、梭菌纲(1.47%)及不可培养细菌(2.94%),其中肠杆菌科菌群为优势菌。内生真菌rDNA-ITS克隆序列根据序列相似性和系统发育分析划归为13个OTUs,主要为不可培养真菌(37.50%)与子囊菌(62.50%),后者分属于半子囊菌纲(30.00%)、座囊菌纲(5.00%)与粪壳菌纲(27.50%)3个菌纲,其中不可培养真菌为优势菌。上述研究结果表明小麦幼苗内生菌遗传多样性分布较广,本研究为进一步挖掘利用小麦内生菌资源提供了基础信息。
- 赵芹邓渊钰李伟孙海燕夏云磊陈怀谷
- 关键词：小麦幼苗内生菌宏基因组多样性系统发育分析
