公共文化服务平台

共 5 条记录，以下是 1-5

全选清除导出

排序方式：

一种可用于快速计算离子氢键型复合物相互作用能的模型: 离子型氢键在氨基酸、多肽、核酸以及蛋白质中扮演着重要的角色,所以快速准确地计算离子型氢键复合物的作用能十分重要。我们提出了一种可以快速预测离子型氢键复合物的氢键键长和氢键强度的模型。此模型包含电荷-固有偶极作用、固有偶极...; 李蕾王长生; 关键词：相互作用能极化; 文献传递

精氨酸侧链与生物小分子间离子氢键强度的快速计算被引量：2: 2017年; 提出了1种快速模拟生物分子间离子氢键作用的新方法,并将该方法用于计算模拟带有1个正电荷的精氨酸侧链与甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子等中性分子间的N—H…O=C离子氢键相互作用.计算结果表明:新方法可以快速计算带电精氨酸侧链分子和甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子间形成的N—H…O=C离子氢键的平衡氢键键长和分子间相互作用能;得到的平衡氢键键长与从头计算MP2/6-31+G(d,p)方法得到的平衡氢键键长的绝对偏差均小于0.005nm;分子间相互作用能与从头计算MP2.5/CBS方法得到的分子间相互作用能的绝对误差均小于8.2kJ/mol,相对偏差均小于5.5%;在同等计算条件下,新方法的计算效率比从头计算方法快数千倍以上.这些结果表明新方法准确快捷,在生物大分子体系的分子模拟领域有潜在应用价值.; 王长生李蕾; 关键词：精氨酸

带电组氨酸侧链与DNA碱基间非键作用强度的理论研究被引量：3: 2017年; 采用MP2方法和6-31+G(d,p)基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构,从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构,使用包含基组重叠误差(BSSE)校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基组及密度泛函理论M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组计算了这些复合物的结合能.研究结果表明,包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组能够给出较准确的结合能;气相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链最易通过离子氢键与胞嘧啶C和鸟嘌呤G作用形成氢键复合物,组氨酸与胞嘧啶C和鸟嘌呤G间的T型作用强于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用;水相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用仍明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链更易与胞嘧啶C和鸟嘌呤G相互作用形成氢键复合物,但是最强的组氨酸侧链与胞嘧啶C间的T型作用明显弱于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用,说明水相条件下组氨酸侧链与DNA碱基间主要通过离子氢键作用形成氢键复合物.; 李蕾李书实王长生

卤素阴离子和取代苯间Anion-π作用强度的快速计算（英文）: 2017年; 本文提出了一种可快速计算Anion-π作用强度的方法。该方法包含静电、极化和范德华作用。我们将取代苯的C≡N、C―F和C―H化学键作为键偶极,通过阴离子和取代苯的键偶极间相互作用来计算静电作用,根据键偶极大小随着环境变化而改变来计算极化作用。文中所需参数由模拟CCSD(T)/CBS势能曲线而确定。将本文方法应用于一系列卤素阴离子和取代苯间的Anion-π相互作用的快速计算,并与CCSD(T)/CBS方法的计算结果进行了比较。计算结果表明,本文方法得到的势能曲线与CCSD(T)/CBS势能曲线符合很好;与CCSD(T)/CBS方法的计算结果比较,本文方法预测平衡分子间距离均方根偏差为0.004 nm,相互作用能均方根偏差为2.81 k J?mol^(-1),说明本文方法合理可靠。本文方法可望在相关分子材料设计模拟领域发挥作用。; 王晓雯李蕾王长生; 关键词：极化作用相互作用能

精氨酸侧链和核酸碱基间离子氢键作用强度分析被引量：3: 2016年; 采用MP2/6-31+G(d,p)方法优化得到了22个由精氨酸侧链与碱基尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤及腺嘌呤形成的氢键复合物的气相稳定结构,使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法计算得到了复合物的气相结合能,通过MP2/6-31+G(d,p)方法和PCM模型优化得到了复合物的水相稳定结构,采用MP2/aug-cc-p VTZ方法和PCM模型计算得到了复合物的水相结合能.研究发现,精氨酸侧链与碱基间的离子氢键作用强度与单体间电荷转移量、氢键临界点电子密度及二阶作用稳定化能密切相关.与中性氢键相比,离子氢键作用具有更显著的共价作用成分.研究还发现,精氨酸侧链和碱基间形成的氢键复合物的稳定性次序可以通过氢键受体碱基分子上氧原子和氮原子的质子化反应焓变进行预测,质子化反应焓变越负,形成的氢键复合物越稳定.; 李蕾黄翠英姜笑楠高希婵王长生; 关键词：核酸碱基

全选清除导出

共1页<1>

李蕾