聂宇
- 作品数：23 被引量：24H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术经济管理更多>>
- 基因组二代测序数据的自动化分析流程被引量：9
- 2014年
- 二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入,调用业界标准的数据处理软件(如:BWA,Samtools,GATK,ANNOVAR等),最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行,一站式输出分析结果和报告,简化了数据分析过程中的人工操作,大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。
- 李文轲李丰余张思瑶蔡斌郑娜聂宇周到赵倩
- 半胱天冬蛋白酶8基因多态性与先天性心脏病易感性的关联研究
- 2013年
- 目的研究中国汉族人群中半胱天冬蛋白酶8 rs3769818 C>T基因多态性与先天性心脏病发生的危险因素关系。方法运用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术对120例法洛四联征(TOF)患儿、124例大动脉转位(TGA),以及136例对照人群的半胱天冬蛋白酶8 rs3769818 C>T位点进行基因分型,计算各种基因型的先心病发病风险及其95%可信区间。结果半胱天冬蛋白酶8 rs3769818 C>T的三种基因型CC,CT,TT在TOF组、TGA组和对照组的频率分别为52.1%(CC),39.3%(CT),8.5%(TT);49.6%(CC),37.4%(CT),13.0%(TT)和52.6%(CC),40.0%(CT),7.4%(TT)。Logistic回归分析发现,与携带半胱天冬蛋白酶8 rs3769818 CC基因型的个体相比较,CT或TT基因型与TOF和TGA的发病风险没有显著的相关性。结论半胱天冬蛋白酶8 rs3769818C>T基因多态性可能不是先天性心脏病发生的危险因素。
- 聂宇刘锐顾海勇何锋张辉刘瑞平张浩
- 关键词：先天性心脏病单核苷酸多态性
- C57BL/6J小鼠大动脉转位模型的构建
- 储庆聂宇高仕君蒋浩斌胡盛寿
- DWORF序列增强GFP荧光强度被引量：1
- 2019年
- 荧光蛋白质是重要且常用的标签蛋白质,但是在没有强启动子的情况下表达量低,会影响检测的灵敏度。DWORF(dwarf open reading frame)是由NONMMUG026737编码的长度为34个氨基酸的短肽,其mRNA 5′端能够启动下游基因表达。Kozak序列是现今唯一一个位于成熟mRNA 5′端的增强子,能够提高基因在蛋白质水平的表达,但对某些基因在蛋白质水平的表达增强效果不理想。为了检测DWORF mRNA 5′端(命名为DW)是否能够通过提高荧光蛋白质基因在蛋白质水平的表达,从而增强荧光强度,我们设计了如下实验:将DWORF mRNA 5′端与绿色荧光蛋白(green fluorescent protein, GFP)构建到表达载体中(命名为DW-GFP),转染细胞后检测荧光强度,发现与对照组相比,转染DW-GFP质粒的细胞荧光强度显著提高(56.82±1.77 vs. 45.97±0.44,P<0.05)。为了便于后续应用,将DW截短到18个碱基(命名为DW18),仍能显著提高GFP的荧光强度(33.57±1.11 vs.25.34±0.98,P<0.05),且比Kozak序列提高6.80%。同时,我们发现DW18与Kozak序列同时存在能够进一步提高GFP的荧光强度,比Kozak序列单独存在时提高13.58%。本研究证明DWORF序列及其截短形式(DW18)能够有效提高表达效率,为研究低丰度蛋白质的生物学功能提供了可能的方法和工具。
- 刘立会聂宇王金金廉虹
- 关键词：KOZAK序列
- C57BL/6J小鼠圆锥动脉干畸形胚胎模型的构建
- 储庆高仕君聂宇胡盛寿
- 抑瘤素M介导的心肌细胞去分化调控心脏再生的机制研究
- 李衍冬聂宇胡盛寿
- 应用CRISPR/Cas13b编辑技术治疗TNNT2R141W转基因小鼠的扩张型心肌病被引量：1
- 2020年
- 应用CRISPR/Cas13b系统对TNNT2R141W转基因扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)小鼠进行探索性治疗,尝试发现治疗扩张型心肌病的一种新方式,为CRISPR/Cas13b系统在体内应用提供实验基础。随机设计11种Cas13b-TNNT2 gRNA并成功构建表达质粒,把它和人源TNNT2过表达质粒共同转染到293T细胞中,通过实时定量PCR(Q-PCR)检测人源TNNT2 mRNA的表达水平。结果显示,gRNA2引导Cas13b敲低目标基因的效率最高,达到80%(P<0.0001)。把gRNA2表达质粒包装到慢病毒载体中,转导出生后1 d的DCM小鼠原代心肌细胞。Q-PCR检测结果表明,CRISPR/Cas13b系统对人源TNNT2 mRNA敲低效率达到55%(P<0.01)。把PspCas13b和gRNA2的表达载体分别包装到AAV9病毒载体中,再将200μL约1×1012AAV9病毒颗粒通过尾静脉注射到4月龄DCM小鼠体内,待注射小鼠发育至5月龄时。Q-PCR检测结果显示,AAV9+DCM组TNNT2R141W表达水平较未注射组对照明显下降至40%(P<0.01)。对5月龄野生型(WT)、DCM(未注射病毒组)和AAV9+DCM(基因组编辑工具注射组)三组小鼠的心脏形态、心功能、心肌纤维化和心力衰竭等表型的观察结合显示:DCM小鼠的心血管形态异常,而AAV9+DCM小鼠心血管形态趋于正常。对3组小鼠的心脏进行超声心动图,并对心功能指标进行统计发现,DCM组较WT组小鼠的左心室射血分数(left ventricular percent ejection fraction,LV EF%)、左心室短轴缩短率(left ventricular percent fractional shortening,LV FS%)分别下降50.4%(P<0.0001),55.1%(P<0.0001),而AAV9+DCM组较DCM组小鼠的LV EF%、LV FS%分别上升66.5%(P<0.01),77.0%(P<0.01)。通过Q-PCR和天狼星红染色检测3组小鼠的心肌纤维化程度。结果显示,DCM组较WT组小鼠的Col3a1和Postn两种纤维化基因,分别高表达5.2倍(P<0.001)、4.5倍(P<0.01),而AAV9+DCM组较DCM组小鼠两种基因表达分别下降2.0倍(P<0.05)、1.4倍(NS)。天狼星红染色结果显示,纤维化区域明显下降;通过Q-PCR和蛋白质免疫
- 匡歆王玉瑶聂宇李昊陈显达廉虹刘立会李佳成郭睿
- 关键词：扩张型心肌病
- miR-146a rs2910164 C>G基因多态性与先天性心脏病易感性的研究被引量：1
- 2013年
- 目的研究中国汉族人群中miR-146a rs2910164 C>G基因多态性与先天性心脏病发生危险因素关系。方法采用以医院为基础的病例-对照研究,运用质谱SNP分型技术对120例法洛四联症(TOF)患儿,124例大动脉转位(TGA)患儿和136例对照人群进行了miR-146a rs2910164 C>G基因多态性分析,计算各种基因型的先心发生风险及其95%可信区间。结果 miR-146a rs2910164 C>G基因多态三种基因型CC,CG,GG在TOF组、TGA组以及对照组的频率分别为33.9%(CC),49.2%(CG),16.9%(GG);36.1%(CC),51.6%(CG),12.3%(GG)以及35.8%(CC),51.5%(CG),12.7%(GG);通过Logistic回归分析,发现携带miR-146a rs2910164 CG或GG等位基因型与TOF和TGA的发病风险无明显相关。结论 miR-146a rs2910164 C>G基因多态性可能不是先天性心脏病发生的危险因素,相关结果需要进一步研究证实。
- 王振华刘锐顾海勇聂宇张辉刘瑞平张浩胡盛寿
- 关键词：先天性心脏病单核苷酸多态性
- 胚胎期及出生后不同年龄段小鼠心肌细胞体外分离方法及优化被引量：3
- 2020年
- 目的:基于目前已有报道的心肌细胞体外消化及分离方法,对胚胎期及出生后不同年龄段小鼠心肌细胞体外分离的方法进行系统探索和优化。方法:取胚胎期及出生后不同年龄段小鼠心脏,运用不同方法分离心肌细胞。利用Count Star仪器检测心肌细胞大小及活性。取细胞悬液涂片,针对心肌细胞标志物α辅肌动蛋白(α-actinin)表达进行免疫荧光染色,用共聚焦显微镜观察心肌细胞形态。结果:用胰酶消化法分离胚胎期小鼠心肌细胞,获得存活率大于94%的心肌细胞。用心脏解离试剂盒法(Gentle MACS法)体外分离新生小鼠(出生后1~3 d)心肌细胞,获得存活率约为97%的心肌细胞。分别用Gentle MACS法、非Langendorff灌流法分离出生后4 d和7 d的小鼠心肌细胞,前者仅获得存活率为58%的心肌细胞,而后者获得的心肌细胞存活率为70%~80%。对于成年小鼠,非Langendorff灌流法和Langendorff灌流法均可获得杆状率、存活率都在70%左右的心肌细胞。结论:结合文献以及本实验结果发现,分离胚胎期小鼠心肌细胞可用胰酶消化法;分离出生后1~3 d小鼠心肌细胞可用Gentle MACS法。对于出生后4 d和7 d的小鼠,非Langendorff灌流法可获得存活率及杆状率均较高的心肌细胞,分离成年小鼠心肌细胞则适合用非Langendorff灌流法和Langendorff灌流法。
- 李燕冯杰聂宇王玉瑶
- 关键词：小鼠细胞存活率细胞形态
- 溶血磷脂酸受体基因在大鼠心肌细胞的表达分析及3型受体亚型的克隆鉴定
- 2012年
- 目的确定5种亚型溶血磷脂酸受体(LPAR)基因在大鼠心肌细胞中的表达,针对主要分布亚型LPAR3基因构建重组质粒。方法利用实时荧光定量PCR和Western Blot检测LPA受体亚型在原代培养乳鼠心肌细胞的表达量;克隆LPAR3基因的编码区全序列,构建重组质粒。结果在5种LPAR亚型中,LPAR3在心肌细胞中的表达最高,其次为LPAR1,LPAR4和LPAR5在心肌细胞中的表达较低,而LPAR2则未检测到;Western Blot检测显示LPAR3的表达明显高于LPAR1的表达。对LPAR3基因进行序列分析,结果显示GenBank中序列号为NM_023969.1的序列与其它物种的该序列比较,缺失了一段保守的碱基片段;根据另一条序列(AB051164.1)设计引物,成功扩增LPAR3全基因片段,构建重组质粒。结论 LPAR3是大鼠心肌细胞中主要的溶血磷脂受体亚型;GenBank中序列号为NM_023969.1的LPAR3基因序列存在碱基缺失,大鼠中编码LPAR3的正确序列为AB051164.1。
- 王芳聂宇杨晋静韩变梅丛祥凤陈曦
- 关键词：心肌细胞基因序列分析
