杨洪
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：上海海洋大学水产与生命学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于β-连环蛋白基因的分子标记甄别海蜇(Rhopilema esculentum)和沙海蜇(Nemopilema nomurai)被引量：1
- 2015年
- 采用转录组454 GS FLX测序和PCR技术,以海蜇(Rhopilema esculentum)和沙海蜇(Nemopilema nomurai)的基因组DNA为模板,分别克隆了包含EST-SSR和EST-SNP标记的β-连环蛋白基因目的片段。生物信息学分析显示,海蜇和沙海蜇的β-连环蛋白基因目的片段长度分别为166/169 bp和157/160 bp,均没有内含子。海蜇个体之间β-连环蛋白基因目的片段除了微卫星重复差异外,只有一个碱基的差异;沙海蜇个体之间除了微卫星重复差异外,其余完全一致。在海蜇和沙海蜇β-连环蛋白基因目的片段的相同位置均包含微卫星重复,但其重复单元截然不同:海蜇为:(TGC)4-6(TGT)1-2(TGC)4-5,而海蜇为(TGT)5-6。同时两物种间还存在14个单核苷酸多态位点:(T/C)1,(T/C)2,(C/T)3,(C/T)4,(C/T)5,(T/G)6,(G/C)7,(T/G)8,(A/G)9,(C/T)10,(G/A)11,(A/G)12,(C/T)13,(A/T)14。聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱也直接客观地反映了两个群体之间目的片段的长度和微卫星多态性差异。上述结果显示,EST-SSR和EST-SNP标记的β-连环蛋白基因目的片段,可以作为一种简单、有效的分子标记,快速、准确地识别不同发育阶段的海蜇和沙海蜇。
- 杨傲傲朱玲周春娅杨洪骆晓蕊刘春胜庄志猛
- 关键词：海蜇沙海蜇Β-连环蛋白
- 海蜇(Rhopilema esculentum)磷脂酶A_2基因的cDNA、基因组克隆与表达分析
- 2016年
- 本研究利用RACE和RT-PCR技术克隆了海蜇(Rhopilema esculentum)磷脂酶A_2基因(Re-PLA_2-1)的cDNA及基因组序列,并分析了其m RNA在海蜇不同发育阶段的表达。Re-PLA_2-1基因的cDNA全长为824 bp,包括了48 bp的5?非编码区、504 bp的开放阅读框及272 bp的3'非翻译区。SMART分析显示,Re-PLA_2-1为分泌蛋白,包括了一个由19个氨基酸组成的信号肽和一个由118个氨基酸组成的磷脂酶A_2结构域。多序列比对和系统进化分析显示,Re-PLA_2-1基因与来自星状海葵(Nematostella vectensis)、僧袍芋螺(Conus magus)、长牡蛎(Crassostrea gigas)等磷脂酶A_2的相似性较高,共同聚类为pfam09056 GIX PLA_2分支,均包含pfam09056家族成员酶活性所必需的Ca^(2+)结合位点、活性催化位点和PLA_2结构域所必需形成二硫键的半胱氨酸。Re-PLA_2-1基因组全长为2671 bp,由4个外显子和3个内含子组成。RT-PCR结果显示,Re-PLA_2-1基因在海蜇4个发育阶段均有表达,其中,横裂体阶段的表达量最高,碟状体阶段最低。这些研究结果为进一步了解海蜇磷脂酶A_2毒素的生物功能奠定了基础。
- 杨洪朱玲骆晓蕊周春娅庄志猛
- 关键词：海蜇磷脂酶A2CDNA基因组
