彭永东
- 作品数：37 被引量：76H指数：5
- 供职机构：河北科技师范学院动物科技学院更多>>
- 发文基金：河北省自然科学基金国家自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学哲学宗教更多>>
- 赤狐ESR1基因启动子的克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2021年
- 对赤狐ESR1基因启动子区转录因子结合位点进行了预测,为今后研究其转录调控机制提供参考依据。以赤狐基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增克隆ESR1基因启动子序列,并构建至双荧光素酶报告基因载体;利用生物信息学方法对ESR1基因核心启动子区的关键转录因子结合位点进行预测。成功克隆出赤狐ESR1基因5’上游1880 bp的片段。通过在线软件分析预测发现,2个候选核心启动子位于转录起始位点上游634~842 bp;多种在线软件预测到赤狐ESR1基因启动子区存在Sp1,cEBP及NF-1等多个转录因子结合位点。推测这些转录因子可能对赤狐ESR1基因转录活性具有重要的调控作用。
- 周瑞红彭永东李祥龙
- 关键词：赤狐启动子生物信息学分析
- 北极狐酪氨酸酶基因cDNA序列分析及启动子预测
- 2018年
- 为了探明北极狐酪氨酸酶（tyrosine,TYR）基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,通过RT-PCR扩增及基因测序技术首次从北极狐皮肤组织中获得TYR基因c DNA序列,全长4 300 bp（包括5＇侧翼区2 681 bp,CDS区1 593 bp,3＇侧翼区26 bp）。生物信息学分析结果表明：北极狐TYR基因5＇侧翼区存在潜在的启动子区域,并发现TATA框和CAAT框等调控元件及髓细胞增生原癌基因（Myc）、胰十二指肠同源盒1（Pdx1）、V-Myb髓细胞组织增生病毒癌基因同源物（Myb）、E26转录因子1（Ets1）、特异性蛋白1（Sp1）和TATA盒结合蛋白（TBP）等多种转录因子。北极狐TYR基因编码蛋白的长度为530个氨基酸残基,编码蛋白是定位于生物膜上的不稳定可溶性亲水蛋白质,该蛋白以无规卷曲为主,主要参与信号转导和转录,存在跨膜区域和信号肽。北极狐与其他物种的系统进化树分析提示北极狐与家犬的遗传亲缘关系最近,不同物种间亲缘关系与生物进化观点基本一致,符合动物学分类。
- 郭敏牛迪刘艳军彭永东张文香刘铮铸冯敏山李祥龙巩元芳
- 关键词：北极狐酪氨酸酶基因生物信息学分析启动子转录因子结合位点
- 蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析被引量：2
- 2018年
- 试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1cm×1cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880bp(包括5′侧翼区2 262bp、CDS区1 260bp、3′侧翼区358bp),编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5′侧翼区存在潜在的启动子区域(-86^-336bp),且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITFM基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋(33.66%)、β折叠(16.66%)和无规卷曲(49.68%)组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性(>89.1%),说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。
- 郭敏张东林刘艳军彭永东王建涛付志新董淑珍刘铮铸巩元芳李祥龙
- 关键词：蓝狐编码区生物信息学分析
- 美洲水貂TYRP1基因编码蛋白质结构及功能的生物信息学分析被引量：6
- 2018年
- 基于生物基因组学数据库,对美洲水貂酪氨酸酶相关蛋白质1(TYRP1)基因进行生物信息学分析,为其遗传特性及编码蛋白质功能机制的研究提供基础数据。生物信息学分析结果表明,美洲水貂TYRP1基因共编码537个氨基酸,其编码产物为不稳定的亲水蛋白质。二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主,含有1个酪氨酸酶超家族结构域,存在信号肽、跨膜结构域和二硫键。该蛋白质主要在内质网中发挥细胞被膜、运输和结合的作用,同时还通过信号转导在细胞内发挥其生物学作用。系统进化情况和动物分类学基本一致,美洲水貂和雪貂的亲缘关系最近。美洲水貂TYRP1基因编码蛋白质在生物进化中具有较强保守性,该基因结构和功能的分析为水貂TYRP1基因遗传特性的进一步研究奠定了基础。
- 王亚琪郭敏刘铮铸耿立英张传生巩元芳李祥龙彭永东
- 关键词：毛色蛋白质结构生物信息学
- 一种鉴定常见狐属彩狐和北极狐属彩狐的插入/缺失标记和方法
- 本发明提供一种鉴定常见狐属狐和北极狐狐属狐的插入/缺失标记和方法，包括如下步骤：基因组DNA的提取；PCR扩增；纯化后的PCR产物进行DNA测序，从而确定插入/缺失位点；通过序列比进行基因型分析，根据基因型结果进行狐群鉴...
- 彭永东李祥龙王瑞宁周瑞红赵子雅
- 文献传递
- 坝上长尾鸡pmel基因核心启动子的鉴定被引量：3
- 2018年
- 为探明坝上长尾鸡的前黑素小体蛋白(Pre-melanosomal protein,Pmel)基因核心启动子区,首先构建了双荧光素酶表达载体,通过脂质体瞬时转染鸡胚成纤维细胞DF1,并利用双荧光素酶检测试剂盒进行启动活性检测。成功克隆了坝上长尾鸡pmel基因5?侧翼区片段1268bp,预测启动子区(-1200–+68)含有2个CpG岛和多种转录因子结合位点,构建了9个含有不同长度pmel基因启动子片段的表达载体及1个核心启动子区突变载体,说明鸡pmel基因启动子的核心区域为-840–+68bp,其中-840–-590bp和-525–-266bp区域为正调控区,-590–-525bp区域为负调控区,多态位点(-456、-435、-410、-374和-341)对pmel基因启动子活性有较大影响。
- 刘小辉周荣艳彭永东张传生李兰会李祥龙
- 关键词：启动子转录因子
- 动物毛色候选基因DCT的研究进展被引量：3
- 2019年
- 就DCT基因编码蛋白的结构、基因的功能、与动物毛色的关系及有关生物信息学研究进展进行了概述,并对今后DCT基因在动物毛色方面的研究进行了展望。
- 王亚琪胡露露王瑞宁刘铮铸巩元芳李祥龙彭永东
- 关键词：候选基因DCT
- 北极狐TYRP1基因启动子活性及转录调控区域分析被引量：2
- 2018年
- 通过分析调控北极狐毛色基因TYRP1启动子核心区域及转录因子,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据,并为狐狸毛皮品质分子育种和彩色毛皮新材料的创制提供思路。通过基因组测序技术获得了北极狐TYRP1基因启动子序列,并利用生物信息学方法对北极狐TYRP1基因核心启动子区域和转录因子结合位点进行预测;以北极狐基因组DNA为模板,PCR扩增北极狐TYRP1基因不同长度的启动子缺失片段克隆至pGL3-Basic载体,将重组质粒瞬时转染到A375和293T细胞,利用双荧光素酶基因检测仪进行活性验证。结果表明,成功构建了9个含有不同长度启动子片段的重组质粒,经双荧光素酶活性检测发现北极狐TYRP1基因-699/+35区域为核心启动子区域,-699/-93区域存在着TYRP1基因正调控元件。生物信息学预测分析发现该区域存在4个转录因子结合位点;利用重叠延伸PCR技术成功构建了4个突变载体,经双荧光素酶活性检测发现4个突变载体活性均显著下降(P<0.05),表明这4个转录因子是北极狐TYRP1基因转录调控的正调控元件。本研究确定了北极狐TYRP1基因启动子核心区域-699/+35,Sp1(-656/-646)、CREB(-598/-589)、Sp1(-539/-530)和Sp1(-163/-154)为北极狐TYRP1基因转录的正调控元件。
- 郑晓宁王瑞宁王亚琪郭敏巩元芳刘铮铸彭永东李祥龙
- 关键词：北极狐启动子点突变转录调控
- 散养条件下坝上长尾鸡和海兰褐蛋鸡蛋品质与营养成分的比较被引量：5
- 2017年
- 为探明散养体系下地方品种坝上长尾鸡与海兰褐蛋鸡蛋品质和营养成分是否存在差异,明确饲养方式在蛋品质和营养成分中的作用,在河北省沽源县长梁乡5个自然村共选取12个养殖户(相当于12个重复),每户各放养20只坝上长尾鸡和20只海兰褐商品代蛋鸡鸡雏。在蛋鸡40周龄时,收集3日内的新鲜鸡蛋,每户40个(坝上长尾鸡20个,海兰褐20个),共计480个,进行脂肪酸、胆固醇、微量元素、V_A、V_E、V_(B1)和V_(B2)分析,以及鸡蛋品质测定和鸡蛋中的干物质、粗蛋白、粗脂肪和钙磷分析。结果:两个品种在散养条件下,蛋重、蛋白高度、蛋壳强度、蛋白和蛋黄比例均存在显著差异(P<0.05);两品种鸡蛋中脂肪酸或不饱和脂肪酸的含量均没有显著差异(P>0.05);脂溶性V_A和V_E在两品种鸡蛋中没有显著差异(P>0.05),而V_(B1)和V_(B2)在坝上长尾鸡鸡蛋中的含量显著高于海兰褐鸡蛋(P<0.05);坝上长尾鸡鸡蛋的水分含量低于海兰褐蛋鸡,锌含量显著高于海兰褐蛋鸡(P<0.05)。研究表明:散养体系下,除鸡蛋V_(B1)、V_(B2)含量外,坝上长尾鸡与海兰褐蛋鸡鸡蛋营养成分没有显著差异。
- 贺英耿立英李祥龙关学敏逯春香彭永东
- 关键词：散养蛋品质营养成分
- 山羊PMEL基因启动子活性及转录调控元件分析被引量：16
- 2017年
- 旨在筛选调控山羊毛色基因PMEL的启动子活性区域及转录因子,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据,并为彩色山羊的育种和改良提供思路。以山羊基因组DNA为模板,PCR扩增PMEL基因不同长度的启动子缺失片段,定向克隆至pGL3-basic载体,将重组质粒转染到293T和A375细胞,通过双荧光素酶检测系统测定相对荧光素酶活性值;利用生物信息学方法对PMEL基因核心启动子区的转录因子结合位点进行预测,随后利用重叠延伸PCR分别对pGL3-327质粒上预测的转录因子结合位点进行点突变并构建突变载体,利用双荧光素酶检测系统进行活性验证。结果显示,本研究成功构建了7个不同长度的启动子片段,其中6个片段具有明显的启动子活性。经过双荧光素酶活性检测发现山羊PMEL基因-251/+76区域为核心启动子区域。通过不同长度的启动子片段的活性比较发现,-251/-62区域的缺失造成启动子活性从最高到消失,表明该区域对山羊PMEL基因转录调控有重要影响,生物信息学分析发现该区域存在5个转录因子结合位点,利用点突变构建了5个突变载体,经过双荧光素酶检测发现5个突变载体的活性均显著下降。提示这5个转录因子是山羊PMEL基因转录的正调控元件。本研究确定了山羊PMEL基因启动子核心区域为-251/+76,NF-1(-206/-197)、Sp1(-186/-174)、Sp1(-151/-139)、CREB(-91/-82)和Sp1(-82/-71)结合位点为山羊PMEL基因转录的正调控元件。
- 李丽莎彭永东郑晓宁李祥龙
- 关键词：启动子点突变转录调控元件
