徐明忠
- 作品数：26 被引量：60H指数：4
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- 2013—2018年长沙市流感病原学监测结果分析被引量：6
- 2021年
- 目的分析2013—2018年长沙市流行性感冒(流感)病例的病原学监测数据,了解长沙市流感活动水平和流行趋势,为流感防控提供科学依据。方法采用SPSS 13.0统计软件对2013—2018年长沙市哨点医院流感样病例(influenza-like illness,ILI)的病原学监测数据进行统计分析。结果2013—2018年长沙市共检测流感样病例咽拭子标本10602份,通过流感病毒分离培养出881株毒株,阳性率为8.3%,两家哨点医院采样阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=15.17,P<0.05)。其中H1N1亚型毒株占25.2%、H3N2亚型毒株占32.6%、B型Yamagata系(BY)毒株占25.8%、B型Victoria系(BV)毒株占16.5%。男性流感病毒分离阳性率(8.3%)稍低于女性(8.4%),差异无统计学意义(χ^(2)=0.029,P>0.05)。0~<5岁组流感病毒分离阳性率最高,为16.3%,60岁以上组分离阳性率最低,仅1.1%,不同年龄组检测阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=388.03,P<0.05)。结论2013—2018年长沙市季节性流感的流行有冬春和夏季两个高峰,高峰时间持续2~3个月,各亚型流感交替成为优势型别。应持续开展流感监测,并加强婴幼儿和老年人疫苗接种。
- 刘晓蕾袁洁叶文裴瑞青欧新华徐明忠
- 关键词：流行性感冒流感样病例病原学监测咽拭子流感疫苗
- 长沙市活禽市场外环境H9N2监测与患者分离株HA基因序列的比较研究被引量：1
- 2020年
- 目的了解长沙市活禽市场外环境H9N2禽流感病毒(avian influenza viras,AIV)污染情况及病毒血凝素基因(hermagglutinin,HA)的遗传进化和分子特征,并与长沙市分离的2株人感染H9N2毒株相比较。方法采集长沙市活禽市场监测点外环境样本,实时荧光RT-PCR检测禽流感病毒FluA及H5、H9亚型核酸;H9阳性样本采用鸡胚分离毒株,血凝实验及实时荧光RT-PCR鉴定毒株的型别;普通逆转录PCR扩增病毒HA基因全长并测序,生物信息学软件对序列进行比对和遗传进化分析。结果 2015—2017年共采集活禽市场环境样本1 519份, FluA核酸阳性率为78.80%(1 197/1 519);其中H5阳性率为4.34%(66/1 519)、H9阳性率为41.74%(634/1 519)、H5+H9阳性率为20.28%(308/1 519)。3例环境来源和2份人感染H9N2毒株样本HA基因核苷酸序列同源性为96.31%~98.73%,氨基酸同源性为97.02%~99.15%;系统进化树显示,人源与禽源HA基因均属于欧亚分支中的Y280亚群。序列分析结果显示,5株病毒HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病力病毒特征;受体结合位点均出现Q234L突变,具有结合哺乳动物α-2,6唾液酸受体的能力;糖基化位点均为7个;个别氨基酸位点人源与禽源毒株存在差异(第297、510位氨基酸)。结论长沙市活禽市场H9亚型禽流感病毒污染严重,病毒HA基因与从人体中分离的毒株同源性高,存在跨种感染人的风险。
- 徐明忠孙边成张如胜欧新华姚栋李灵之陈静芳
- 关键词：活禽市场HA基因
- 长沙市GI.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析被引量：4
- 2021年
- 目的对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。方法采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。结果采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%~100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5341 bp。结论本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。
- 彭芳姚栋叶文黄政陈静芳徐明忠
- 关键词：诺如病毒急性胃肠炎全基因组序列
- 2297份临床病例标本SARS-CoV-2核酸检测情况及病毒分子特征分析
- 2021年
- 目的分析2020年1—2月长沙市疾病预防控制中心微生物实验室收集的2 297份新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)核酸检测基本情况和病毒的分子特征。方法对2020年1月19日—2020年2月29日送至长沙市疾病预防控制中心微生物实验室的新冠肺炎疑似病例咽拭子或呼吸道标本提取病毒RNA,采用实时逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)进行SARS-CoV-2核酸检测;检测阳性标本用SARS-CoV-2全基因组捕获试剂盒进行SARS-CoV-2核酸富集,采用Illumina Miseq测序平台进行病毒全基因组测序,运用SPAdes-3.13.0软件进行序列拼接。从GISAID数据库中下载SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。结果共检测临床疑似病例标本2 297份,其中SARS-CoV-2核酸阳性标本215份;阳性病例中,男性110例,女性105例,男女性别比为1.05∶1;40~<60岁年龄组核酸检测阳性率最高(11.35%),6岁以下儿童检出阳性率最低(5.49%)。阳性病例检出高峰为第5周(2020年1月26日—2月1日),后逐渐减少,2020年2月25日后无本土新增病例出现。共获得5条SARS-CoV-2全基因组序列,与武汉参考病毒毒株相比核苷酸突变位点数为4~6个,同源性均在99.90%以上;除C8782T、T28144C 2个突变位点外,其他位点突变仅出现一次,呈现随机性;系统进化分析显示5条序列与同时期国内流行序列高度同源,分属于L/B和S/A 2个基因型。结论通过快速核酸检测和隔离等有效防控措施,长沙市本土SARS-CoV-2的流行在经历约2周的上升期后即开始下降,6周后再无新增确诊病例;全基因组序列分析发现2020年初长沙市流行的SARS-CoV-2与武汉首次报道的病毒高度同源,从输入到本土传播流行期间病毒未出现明显变异。
- 陈静芳徐明忠张如胜欧新华黄政姚栋
- 关键词：新型冠状病毒核酸检测全基因组测序分子特征
- 肺炎支原体快速培养法在小儿支原体肺炎诊断中的应用被引量：9
- 2013年
- 目的:评价肺炎支原体快速培养法在小儿肺炎支原体(MP)肺炎诊断中的应用价值。方法:采用咽拭子MP快速培养法和ELISA半定量检测血清MP-IgM抗体同时检测248例呼吸道感染小儿患者,对检查结果进行统计学分析。结果:248例患儿中,快速培养法检出21例阳性,阳性率22.98%;ELISA法检出MP-IgM阳性25例,阳性率27.42%,两种方法检测阳性检出数差异有统计学意义(P=0.000);两种方法一致性较好(kappa=0.819>0.75,T=12.982,P=0.000);以临床诊断结果评价两种实验室检测方法绘制ROC曲线,AUC快速培养=0.880,AUC血清MP-IgM=0.820。结论:MP快速培养快速简便,较血清MP-IgM检测更适用于早期和免疫系统尚未发育完善及免疫缺陷患者的诊断,与血清MP-IgM检测联合应用可提高MP的诊断效率。
- 徐明忠晏群邹明祥李虹玲
- 关键词：肺炎支原体酶联免疫吸附实验
- 2022-2023年长沙市白纹伊蚊及致倦库蚊对常见杀虫剂的抗药性调查
- 2023年
- 目的了解2022-2023年长沙市白纹伊蚊、致倦库蚊对常用杀虫剂的抗药性现况,为杀虫剂的合理使用提供数据支撑和科学的依据.方法幼虫:采用浸渍法,其中对吡丙醚抗药性试验采用昆虫生长调节剂抗药性测定方法.成蚊:采用接触筒法.结果2022年长沙市白纹伊蚊成蚊对氯菊酯、溴氰菊酯表现为抗药性,24 h死亡率分别为79.63%、76.64%;对高效氯氰菊酯、马拉硫磷为可能抗药性,24 h死亡率分别为88.24%、91.96%;对杀螟硫磷、残杀威表现为敏感,24 h死亡率分别为98.26%及98.45%.白纹伊蚊幼蚊对吡丙醚表现为高抗,对双硫磷及残杀威表现为低抗,抗药性倍数分别为51.89、7.69和9.12.2023年长沙市致倦库蚊成蚊对氯菊酯、溴氰菊酯、高效氯氰菊酯及马拉硫磷表现为抗药性,死亡率分别为0.00%、0.97%、0.93%、21.30%.对残杀威为可能抗药性,死亡率为96.32%.致倦库蚊幼蚊对溴氰菊酯表现为高抗,抗药性倍数为54.62,对高效氯氰菊酯表现为中抗,抗药性倍数为17.63,对敌敌畏表现为低抗,抗药性倍数为9.32.结论长沙市白纹伊蚊、致倦库蚊对多种常用杀虫剂产生了抗药性,蚊虫防治中应根据抗药性情况制定科学的用药策略.
- 肖珊朱彩英林斌陈建勇徐明忠
- 关键词：白纹伊蚊致倦库蚊抗药性
- 新型冠状病毒实验室检测风险识别及风险控制被引量：3
- 2021年
- 2019年12月底湖北武汉暴发新型冠状病毒引起的肺炎,疫情在国内迅速传播。相比SARS-CoV和MERS-CoV,新型冠状病毒传播力更强、更快,实验室检测生物安全要求高,检测人员面临的风险大。对新型冠状病毒实验室检测生物安全风险点进行识别分析与评价,探讨实验室检测过程中生物安全管理要素、操作规范及潜在的生物安全隐患,最大限度的降低风险,保证检测人员、环境及样本安全。
- 姚栋欧新华陈静芳李灵之肖姗徐明忠
- 关键词：新型冠状病毒生物安全
- 长沙市2018—2021年耐多药和准广泛耐药肺结核的流行特征分析被引量：1
- 2023年
- 目的 了解长沙市结核耐药监测状况,探索长沙市耐多药结核病(multi-drug resistant tuberculosis,MDR-TB)和准广泛耐药结核病(pre-extensively drugresistant tuberculosis,pre-XDR-TB)的流行特点,为全市耐药结核病防治提供科学依据。方法 收集长沙市2018—2021年病原学阳性肺结核患者耐药监测数据,分析病原学阳性肺结核患者耐药筛查成功率,MDR-TB和pre-XDR-TB的发生率和变化趋势。结果 2018—2021年,MDR-TB成功筛查率分别为86.2%、87.7%、81.9%和71.5%,pre-XDR-TB成功筛查率分别是82.5%、84.8%、76.9%和68.2%。MDR-TB患者数占各年度成功筛查人数的7.6%(101/1 222)、6.5%(124/1 774)、6.6%(110/1 555)和6.3%(99/1 478),pre-XDR-TB患者数占各年成功筛查人数的3.6%(46/1 219)、3.8%(69/1 766)、4.4%(69/1 495)和4.6%(69/1 436)。MDX-TB发生率呈缓慢下降趋势,pre-XDR-TB发生率呈缓慢上升趋势,下降和上升趋势均无统计学意义(χ^(2)=1.947,0.806,P>0.05)。MDR-TB在复治失败人群中发生率是66.6%(2/3),在其他、初治失败和复发人群中的发生率依次是23.5%(19/81)、16.7%(2/12)和15.2%(70/461)。pre-XDR-TB在初治失败人群中的发生率是16.7%(2/12),在其他、复发和返回患者中的发生率依次是12.2%(9/74)、9.8%(43/439)和4.5%(2/44)。MDR-TB和pre-XDR-TB在不同人群中的发生率差异有统计学意义(χ^(2)=117.600,59.030,P<0.05)。结论 长沙市结核耐药监测体系仍需加以改善,在持续关注复治失败、其他、初治失败和复发患者的耐药性检测工作的前提下,需探讨应用高灵敏度的分子药敏检测技术和探索制定科学高效的筛查策略。
- 徐明忠王孝君熊姿宋丽新田斌
- 关键词：结核结核分枝杆菌耐药性
- 长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析
- 2022年
- 目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2, CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5, CV-A5)的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。
- 徐明忠黄政欧新华姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：全基因组序列基因重组
- 2016—2017年RT-PCR监测湘江长沙综合枢纽工程库区洲滩水体表面日本血吸虫尾蚴被引量：1
- 2021年
- 目的监测湘江长沙综合枢纽工程库区洲滩水体表面日本血吸虫尾蚴,为库区血吸虫感染预警工作提供科学依据。方法按照方案要求在2016年与2017年的5月和10月先后进行了4次监测,监测设空白对照,实验对照和标准对照。对采集的监测样本和对照样本进行过滤和洗涤等前处理后行RT-PCR扩增日本血吸虫SjR2基因特异性片段。结果试验设定的空白对照,实验对照和标准对照结果符合预期结果,基因扩增所设阴阳对照成立,各监测点样本结果阴性。结论基本确定湘江长沙综合枢纽工程运行后库区洲滩水体没有血吸虫尾蚴的存在。但考虑到监测工作的局限性,建议持续对该水域进行血吸虫尾蚴监测。
- 徐明忠文岚申晓君廖瑜田斌
- 关键词：日本血吸虫尾蚴荧光实时定量PCR
