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李文芳

作品数：14 被引量：70H指数：6
供职机构：甘肃农业大学农学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金甘肃省中青年科技研究基金甘肃省科技重大专项计划更多>>
相关领域：农业科学生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 13篇中文期刊文章

领域

  • 12篇农业科学
  • 2篇生物学

主题

  • 9篇葡萄
  • 7篇基因
  • 5篇生物信息
  • 5篇生物信息学
  • 4篇生物信息学分...
  • 4篇苹果
  • 4篇基因表达
  • 3篇基因家族
  • 2篇荧光
  • 2篇荧光定量
  • 2篇施氮
  • 2篇试管苗
  • 2篇葡萄试管苗
  • 2篇相关基因
  • 2篇相关基因表达
  • 2篇胁迫
  • 2篇家族
  • 2篇QRT-PC...
  • 1篇氮代谢
  • 1篇氮代谢酶

机构

  • 13篇甘肃农业大学
  • 1篇天水市果树研...
  • 1篇武威市林业科...

作者

  • 13篇陈佰鸿
  • 13篇毛娟
  • 13篇李文芳
  • 9篇马宗桓
  • 5篇左存武
  • 2篇褚明宇
  • 2篇杨世茂
  • 1篇吴金红
  • 1篇王颖
  • 1篇郭志刚
  • 1篇郭志刚
  • 1篇姜雪峰
  • 1篇安泽山

传媒

  • 4篇果树学报
  • 2篇西北植物学报
  • 2篇园艺学报
  • 1篇农业工程学报
  • 1篇中国农业科学
  • 1篇西北农业学报
  • 1篇分子植物育种
  • 1篇生物信息学

年份

  • 1篇2024
  • 1篇2023
  • 2篇2022
  • 4篇2019
  • 2篇2018
  • 1篇2017
  • 1篇2016
  • 1篇2015
共 14 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
苹果PRE6-like基因的克隆及在花青素合成中的功能分析
2024年
【目的】通过验证苹果非典型成员多效唑抗性蛋白基因(PRE6-like)的功能,探索其在花青素生物合成中的调控作用。【方法】基于俄矮2号芽变枝条果皮转录组测序结果,筛选获得花青素合成相关调节基因MdPRE6-like,对其进行生物信息学分析,克隆CDS并构建过表达载体,瞬时表达金冠苹果果实,遗传转化苹果愈伤和拟南芥进行功能验证。【结果】MdPRE6-like cDNA全长279 bp,编码92个氨基酸,相对分子质量10450.75 Da,理论等电点(pI)为6.41,含有HLH结构域,亚细胞定位预测结果为细胞核。组织特异性表达分析表明,MdPRE6-like基因在花、果皮中的表达量显著高于根和叶。瞬时表达金冠苹果表明,MdPRE6-like显著促进了金冠苹果果皮注射部位花青素的积累,并显著提高了花青素合成通路相关结构基因的表达水平。MdPRE6-like基因在苹果愈伤组织和拟南芥过表达表明,转基因苹果愈伤组织和拟南芥叶脉中的花青素含量显著高于野生型,且花青素合成通路结构基因表达水平上调。【结论】MdPRE6-like基因能够正向调控花青素的合成和积累,为后续MdPRE6-like基因参与改良苹果果实品质提供理论参考。
黄娟娟黄亚萍李文芳毛娟陈佰鸿
关键词：苹果花青素合成
苹果AQPs生物信息学分析及2个砧木AQPs对干旱胁迫的响应
2017年
为了解苹果水通道蛋白基因家族(AQPs)的生物信息学特征及苹果砧木对干旱胁迫的响应特点,对苹果AQPs进行系统进化、基因结构等生物信息学分析,并利用荧光定量PCR测定干旱胁迫下M26和山定子AQPs的表达水平。研究表明,苹果AQPs 30家族成员个可分为3个亚族,含2~7个外显子,分别定位于苹果的15条染色体上,2号、4号染色体无AQPs存在;1号、9号染色体上分别定位5个、4个基因,其余定位1~3个不等。AQPs氨基酸序列含NPA特征序列及TGINPARSI/FGAAI/VI、SGXHXNPAVT及GGGANXXXXGY保守基序;跨膜区域数量为4~7不等。轻度干旱胁迫下,M26叶片中MdPIP2;4的表达量最高,为11.029 8;根中Mdδ-TIP表达量最高,为17.148 0。山定子叶片中MdNIP4;2表达量最高(18.464 3),根中MdTIP1;3表达量最高(5.217 2)。中度干旱胁迫下,M26叶片中MdPIP2;4、MdNIP1;2和MdNIP4;1表达量分别上调34.63%、35.23%和89.42%;根中MdTIP5;1、Mdδ-TIP和Mdβ-TIP表达量分别下调46.04%、50.12%和52.48%。山定子叶片中MdNIP5;1、MdNIP6;1表达量分别上调16.8%和27.47%,MdNIP1;2下调37.73%;根中MdTIP1;3、MdTIP2;2、MdTIP5;1表达量分别上调29.92%、37.15%和70.29%。苹果AQPs基因结构和氨基酸序列具有较高的保守性。干旱胁迫下各AQPs基因在山定子和M26中的表达量存在显著差异,部分AQPs只在叶片或根部表达,存在组织差异性现象。
冉应龙毛娟左存武马宗桓李文芳姜雪峰马啸锁瑞妮苏瑞陈佰鸿
关键词：苹果AQPS生物信息学分析QRT-PCR砧木
葡萄PYL基因家族的鉴定与表达分析被引量：9
2018年
【目的】通过分析葡萄(Vitis vinifera L.)PYL基因在非生物胁迫条件下的响应情况,丰富PYR/PYL/RCAR(Pyrabactin Resistance/Pyr1-Like/Regulatory Components of ABA Receptor)在ABA信号和启动信号转导中的功能。【方法】利用生物信息学方法,筛选葡萄中的PYL基因,并对其进行生物信息学及非生物胁迫下的响应分析。【结果】从葡萄基因组中共鉴定出6个PYL基因,Vv PYL家族无染色体偏好性,Vv PYL5无内含子结构;除Vv PYL4外均富含酸性氨基酸,该家族成员主要定位于细胞质中,并有多个保守位点。10%(ω)PEG和100μmol·L^(-1)ABA处理6 h后,Vv PYL1和Vv PYL2表达水平与对照相比差异显著,分别为对照的1.3~1.8倍。50μmol·L^(-1)ABA处理6 h后,Vv PYL1表达水平与对照差异显著,为对照的1.5倍;400 mmol·L^(-1)Na Cl、10%PEG、50μmol·L^(-1)ABA和100μmol·L^(-1)ABA处理24 h后,Vv PYL1和Vv PYL2的表达水平显著高于对照,为对照的1.2~2.2倍,400 mmol·L^(-1)Na Cl处理24 h后,Vv PYL6的表达水平显著高于对照,为对照的1.6倍。【结论】克隆得到葡萄的6个PYL基因,高度保守,分为3个亚组;能够响应不同非生物胁迫。本研究为葡萄PYL基因在逆境应答中的功能研究提供了基础。
马宗桓陈佰鸿李文芳毛娟
关键词：葡萄生物信息学实时荧光定量PCR
葡萄BRX基因家族生物信息学分析被引量：2
2015年
BRX基因家族是一类植物特有的转录因子家族,在拟南芥中参与调节根细胞的增殖与伸长. 利用生物信息学方法对葡萄基因组中存在的BRX 基因家族进行了电子克隆,并对其进行了基因组的定位、蛋白质的结构、理化性质、二级结构及亚细胞定位的预测与分析,并对其与其它植物进化的亲缘关系进行了研究. 基因组定位结果发现：葡萄基因组中6个BRX基因集中分布在3条染色体上,其中VvBRX1和VvBRX2分布在第2条染色体上,VvBRX3和VvBRX4分布在第9条染色体上,VvBRX5和VvBRX6分布在第11条染色体上;编码蛋白的氨基酸数目为360~560个,VvBRX5 的相对分子量（61 884.4）和理论等电点（9.38）均最大,而VvBRX1 的相对分子量（40 239.1）和理论等电点（6.23）均最小. 研究显示,不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间存在一定的差异,但都为疏水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲为6个BRX氨基酸序列的主要组成部分;均不存在跨膜域及信号肽. 基因结构分析表明,6个BRX基因都含有外显子和内含子结构. 亚细胞定位分析表明：6个VvBRX基因均定位于细胞核. 系统进化分析结果表明,VvBRX1、VvBRX2基因与胡杨的亲缘关系最近,相似性达96%;VvBRX3、VvBRX4与蓖麻、麻疯树、柑橘、可可、大豆聚为一类,说明其进化关系较近;VvBRX5与其它VvBRX基因明显分开;VvBRX6基因与莲的亲缘关系最近. 试验结果为葡萄BRX 基因家族的克隆和功能分析奠定了一定的研究基础.
李文芳陈佰鸿毛娟马宗桓杨世茂
关键词：葡萄生物信息学分析
葡萄SnRK2家族基因的鉴定与表达分析被引量：20
2016年
以‘宝石无核’（Ruby Seedless）葡萄试管苗为材料,采用RT-PCR技术,克隆得到8个葡萄Sn RK2家族基因。序列分析发现,该家族基因蛋白结构在N端相对保守,而在C端极其特异;聚类结果表明葡萄Sn RK2基因家族可以分为3个亚家族;对这8个基因所编码的蛋白质进行分析发现,其富含酸性氨基酸,且均为亲水蛋白;基因组结构分析发现Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.8含有10个外显子,其他6个均含9个外显子;对蛋白二级结构分析发现8个基因编码的蛋白主要以α–螺旋、β–转角和不规则卷曲为主;亚细胞定位预测,8个基因主要定位于细胞质中。顺式作用元件分析表明,除Vv Sn RK2.1、Vv Sn RK2.2、Vv Sn RK2.6外,其他基因顺式作用元件包含ABRE、DRE/CRT、LRTE中的一个或多个。定量PCR分析表明,Vv Sn RK2的表达存在组织差异性,Vv Sn RK2.7在根中表达水平最高,是叶片的3.8倍,Vv Sn RK2.8在茎中表达水平最高,是叶片的5.0倍。0～–4℃处理后,表达水平下调幅度最小的为Vv Sn RK2.2,Vv Sn RK2.7下调幅度较大,Vv Sn RK2.8的表达水平为0;30℃处理后Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.5上调表达,分别为对照的3.8倍和3.6倍;Vv Sn RK2.1和Vv Sn RK2.2与盐胁迫调节紧密相关,Vv Sn RK2.5与干旱胁迫调节密切相关。
马宗桓毛娟李文芳杨世茂吴金红陈佰鸿
关键词：葡萄基因克隆荧光定量基因表达
钾肥施用对元帅苹果果实内源激素含量及酸代谢的影响被引量：7
2019年
钾对果实生长发育具有重要作用,明确钾对苹果果实酸代谢的调控机制具有重要的理论和实践意义。采用2a的田间定位试验,以7 a生瓦里短枝(Vallee spur Del)为研究对象,按K2O用量设5个处理,分别为T1(0.20 kg/株)、T2(0.35 kg/株)、T3(0.50 kg/株)、T4(0.65 kg/株)和CK(不施钾肥),分初果期(钾肥用量的30%)、果实膨大期(钾肥用量的40%)和果实成熟期(钾肥用量的30%)3次施入,研究了钾对果实品质、果实内源激素含量及酸代谢的影响。施钾处理显著提高了果实单果质量、Vc含量、硬度及可溶性固形物含量,显著降低了可滴定酸含量,2016年和2017年T4可滴定酸含量较CK分别下降了26.47%和18.18%。在不同生育期,各处理苹果树新稍、叶片及果实中钾积累量大小顺序依次为:T4﹥T3﹥T2﹥T1﹥CK,T4和T3之间差异不显著(P﹤0.05)。施钾处理提高了花后30~120 d果实中(zeatin riboside,ZR)、(indol-3yl-acetic acid,IAA)、(gibberellic acid,GA)的含量及花后150 d果实中(abscisic acid,ABA)的含量,T3对ABA含量影响最显著(P<0.05),花后150 d时2016年和2017年T3 ABA含量较CK分别提高了15.28%和18.08%。苹果酸与柠檬酸的含量随施钾量的增加而降低,花后150 d时2016年T4苹果酸和柠檬酸含量较CK分别下降了34.68%和12.3%,2017年分别下降了32.60%和16.0%。(malate dehydrogenase,MDH)和(phosphoenolpyruvate carboxylase,PEPC)活性随施钾量增加而降低,(phosphoenolpyruvate carboxykinase,PEPCK)活性及NAD-cy ME活性随施钾量增加而升高,花后150d时,2016年T4PEPCK和NAD-cyME活性较CK分别提高了13.3%和16.9%,2017年分别提高了18.9%和20.3%。果实成熟期,单果质量和可溶性固形物含量与IAA和ABA呈极显著正相关(P﹤0.01),可滴定酸含量与GA、ZR和IAA呈显著正相关(P﹤0.05),与ABA呈极显著负相关(P﹤0.01)。苹果酸和草酰乙酸与ZR和IAA呈极显著正相关(P﹤0.01),而与ABA呈极显著负相关(P﹤0.01)。MDH和PEPC与IAA呈显著正相关(P﹤0.05
郭志刚郭志刚李文芳毛娟左存武
关键词：钾素元帅苹果
不同糖源对葡萄试管苗蛋白激酶相关基因表达的影响
2019年
【目的】探究不同外源糖对葡萄试管苗生长发育及蛋白激酶基因转录调控的影响,应用转录组测序挖掘蛋白质磷酸化过程中的基因,为葡萄蛋白激酶相关基因功能的验证奠定一定基础。【方法】在基本培养基中分别添加2%的蔗糖、葡萄糖和果糖,以无糖为对照,分别命名为S20、G20、F20和CK,经过37 d培养后,测定不同处理的地上和地下鲜重,并采用Illumina HiSeq^(TM) 2000对各处理叶片进行转录组测序,通过综合生物信息学分析(参考基因组比对、差异基因(DEGs)筛选、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)注释、GO(Gene Ontology)注释等)筛选出蛋白激酶相关基因,通过qRT-PCR分析该蛋白激酶相关基因的表达特性。【结果】F20、G20和S20处理下的葡萄(‘红地球’)试管苗与CK相比,地上鲜重具有明显差异,且F20最高,而G20地下鲜重最高。SNP统计发现,转换是主要的变异类型,颠换次之,且发生在基因间区的SNP数量最多,其次是下游;剪接位点供体和同义终止发生的基因数量最少且相等。4个样品中共获得了2 633个差异基因,3个处理与CK相比,共有差异基因180个且被聚类为3组,第一组中127个基因仅在CK中高表达,第二组19个基因仅在G20下高表达,而第三组34个基因在3个处理下表达模式不尽相同。这些共有的差异基因在COG中注释到了26个基因并分在11个功能类别中,且主要注释在一般的功能类别中。在GO分类中,共有的基因分别被注释在分子功能、生物学过程和细胞组分的14、22和13个功能类别中。共筛选出7种蛋白激酶,分别为葡萄糖激酶(Glucokinase,GK)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinases,MAPKs)、钙调蛋白激酶(Calcineurin protein kinase,CBL)、蛋白磷酸酶2(Protein phosphatase 2,PP2A)、己糖激酶(Hexokinase,HXK)、组氨酸蛋白激酶(Histidine protein kinase,HPK)和酪氨酸激酶(Tyrosine kinase,TK),其不同激酶的基因在不同处�
梁国平李文芳陈佰鸿左存武马丽娟何红红万鹏安泽山毛娟
关键词：RNA-SEQ蛋白激酶信号转导
葡萄CR4类受体激酶基因家族的鉴定及表达分析被引量：1
2022年
【目的】对葡萄属欧亚种群黑比诺葡萄(Vitis vinifera L.‘Pinot Noir’)和东亚种群山葡萄(V.amurensis)基因组中CRINKLY4类受体激酶(CR4)家族成员进行生物信息学分析及VvCR4在不同组织及胁迫下的表达分析,为CR4基因功能研究和应用提供理论依据。【方法】运用生物信息学工具对2种葡萄基因组中CR4基因家族成员进行鉴定及分析,利用基因芯片数据分析欧亚种葡萄该家族在不同组织中的表达情况,并通过qRT-PCR分析黑比诺葡萄CR4成员在不同非生物胁迫下的表达模式。【结果】共鉴定出5个VvCR4成员和4个VaCR4成员,分为3个亚组,同一种葡萄CR4基因结构高度保守,所有成员启动子区均存在多种植物激素和逆境胁迫相关的响应元件。VvCR4在不同时期的花与果实发育中表达量相对较高;qRT-PCR表明VvCR4成员对MJ、SA、ABA、4℃的胁迫响应明显,大多为上调表达且出现表达高峰的时间点因基因和胁迫的差异而不同。【结论】VvCR4成员在MJ处理下呈显著正调控模式,可能与MJ信号转导密切相关,在SA、ABA、Flg22与低温胁迫诱导下,VvCR4.1、VvCR4.2、VvCR4.3、VvCR4.4都有不同程度的响应,VvCR4.5响应不明显。
李婉莹马乃膺左存武毛娟李文芳陈佰鸿褚明宇
关键词：葡萄基因家族生物信息学分析
葡萄MAPK基因家族鉴定及逆境胁迫下的表达分析被引量：1
2022年
探究葡萄MAPK家族成员的特性及潜在功能,为葡萄抗逆基因资源的挖掘和利用提供理论依据。本研究克隆获得葡萄MAPK基因家族成员并对其进行生物信息学分析,根据基因芯片数据分析各成员的组织表达特征,结合qRT-PCR明确其对非生物胁迫的响应情况。结果表明,葡萄中共获得43个MAPK成员,分别命名为VvMAPK1~VvMAPK43,分布于15条染色体上,其中有6个成员集中分布于18号染色体上,5个分布于5号染色体上。氨基酸大小为114~1520aa,VvMAPK15编码的氨基酸序列最长,为1520个氨基酸残基,VvMAPK23编码的氨基酸序列最短,为114个。相对分子量集中为12.26~16.70ku,等电点为4.94~10.01。芯片数据分析发现,经ABA处理后,VvMAPK5、VvMAPK7和VvAMAPK13的表达量明显下调,在盐、PEG和低温处理下,VvMAPK6、VvMAPK9和VvMAPK13的表达量明显上调;不同成员在不同组织以及同一组织的不同生长阶段表达水平差异显著。qRT-PCR分析发现,大多数VvMAPK家族成员受到200mmol·L^(-1) NaCl的诱导,表达水平较对照上调显著,VvMAPK9、VvMAPK27、VvMAPK29和VvMAPK38在500μmol·L^(-1) ABA、200mmol·L^(-1) NaCl和10%PEG处理后均上调表达显著,对3种非生物胁迫的响应强烈。研究结果表明,葡萄MAPK家族成员在不同非生物胁迫下存在不同的潜在功能,为葡萄基因改良和遗传育种提供理论基础。
马宗桓黄青勇李艳梅李文芳毛娟陈佰鸿
关键词：葡萄MAPK生物信息学分析逆境胁迫QRT-PCR
基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响被引量：7
2019年
通过转录组测序探究不同浓度(0、1%、2%和4%)外源葡萄糖对‘红地球’葡萄试管苗糖代谢和光合作用的影响。结果表明,2%葡萄糖处理下试管苗生长最好,其次是4%和1%处理,不添加葡萄糖的生长最弱。4个浓度下测序共获得了21.53 Gb Clean Data,Q30碱基百分比在89.49%以上。各样品与参考基因组的比对效率在68.31%～73.71%之间。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)的转换效率为64.73%～66.76%,颠换在33.24%～35.27%之间,且发生A?G和C?T突变类型最多。可变剪切类型中主要发生的是第一和最后一个外显子剪切事件。通过设定筛选差异基因的阈值,共获得了3 272个差异基因,包括下调基因2 826个和上调基因446个。在COG注释分类中,1%、2%和4%葡萄糖处理与0对照比对,分别注释到了1 449、846和597个差异基因,且大多数注释到除一般功能预测外,都是与转录相关的基因。对叶片碳代谢相关酶进行测定发现,蔗糖合成酶(SS)和葡萄糖6磷酸脱氢酶(G6PDH)活性随着葡萄糖处理浓度增加均表现出先减小后增加的趋势,且SS在4%葡萄糖处理中活性最高,而G6PDH在0对照中最高,中性转化酶(NI)和蔗糖磷酸合成酶(SPS)具有相同的变化趋势,两者的活性峰均出现在2%葡萄糖处理。经qRT-PCR验证,14个基因中有12个基因的表达趋势与转录测序结果一致,表明不同浓度葡萄糖通过影响叶片中碳代谢相关基因的表达来提高‘红地球’葡萄试管苗的生长。
梁国平李文芳马宗桓左存武褚明宇马丽娟何红红万鹏陈佰鸿毛娟
关键词：葡萄转录组葡萄糖试管苗
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