目的:分析和鉴定甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)与交界性病变的差异表达蛋白,筛选新的蛋白标志物。方法:收集2013年4月至2015年2月云南省第一人民医院手术切除的甲状腺标本118例。实验组分别为PTC 43例(含经典型40例、滤泡亚型3例)、交界性病变33例(具有PTC样细胞核及乳头状结构,而缺乏包膜、血管侵犯,未发生转移的病例。其中8例合并非典型腺瘤),对照组为癌旁正常甲状腺组织42例。每组用10例冰冻样本提取总蛋白进行双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE),经PDQUEST 7.3图像分析软件检测3组的表达差异点,利用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOFMS)和Swiss-Prot数据库对差异蛋白进行鉴定,选择其中6种差异表达蛋白用118例样本通过免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色进行验证。结果:3组样本两两比较共发现24个蛋白差异点,通过质谱分析鉴定出18种差异表达蛋白。IHC染色显示6种蛋白keratin,typeⅡcytoskeletal 8(CK8)、keratin,typeⅠcytoskeletal 18(CK18)、60 k Da heat shock protein(HSP60)、actin,cytoplasmic 2(γ-Actin)、14-3-3 protein beta/alpha(14-3-3β/α)和14-3-3 protein epsilon(14-3-3ε)定位于细胞浆;在PTC中6种蛋白的表达均高于正常甲状腺组织(P<0.001),同时CK8、CK18、HSP60和γ-actin的表达高于交界性病变组(P<0.01);在交界性病变中,除CK8无明显变化外,其它5种蛋白的表达均高于正常对照组(P<0.001)。结论:蛋白质组学分析有助于发现新的PTC和交界性病变的蛋白标志物,IHC染色进一步确认这些蛋白在组织细胞中的表达模式,更有利于PTC的早期病理诊断。