郭文芳
- 作品数：5 被引量：28H指数：4
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- 柑橘MYB15基因的克隆与表达分析被引量：4
- 2015年
- 采用电子克隆和RT-PCR方法从柚(Citrus maxima(Burm.)Merr.)、枳(Poncirus trifoliata(L.)Raf.)和柠檬(Citrus limon(L.)Burm.f.)实生苗中克隆了3个MYB蛋白基因,分别命名为CmMYB15、PtMYB15和ClMYB15;并用实时定量qRT-PCR技术检测了该基因在脱落酸(ABA)、干旱、低温和高盐胁迫处理下的时空表达。结果显示,CmMYB15、PtMYB15和ClMYB15的cDNA序列全长分别为994、992、988 bp,分别编码267、266、265个氨基酸,且编码的氨基酸序列N端均含有2个串联的不完全重复的MYB DNA-binding结构域,由此推测该3个基因均属于R2R3亚类;MYB15基因均能被ABA、干旱、低温和高盐胁迫诱导表达,且在柚、枳和柠檬中存在表达差异。本研究表明柚CmMYB15、枳PtMYB15和柠檬ClMYB15是MYB基因家族成员,可能在柑橘响应非生物胁迫过程中起到一定的作用。
- 郭文芳刘德春杨莉庄霞张涓涓王书胜刘勇
- 关键词：柠檬基因克隆基因表达
- 柑橘胁迫响应基因WRKY47的克隆与表达分析被引量：4
- 2021年
- 以柠檬[Citrus limon(L.)Burm.f.]、甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]、芦柑(Citrus reticulata Blanco)、金柑[Fortunella japonica(Thunb.)Swingle]为试验材料,基于甜橙基因组数据库中的甜橙基因碱基序列,利用RT-PCR方法克隆获得4个WRKY家族基因ClWRKY47、CsWRKY47、CrWRKY47和FjWRKY47的cDNA全长碱基序列。序列分析结果表明,这4个基因的cDNA全长都是1567 bp,开放阅读框为1506 bp,编码501个氨基酸。氨基酸序列和结构分析结果显示,这4个基因编码的蛋白质属于Group IIa+IIb类WRKY蛋白。进化树分析结果显示,所克隆的4个柑橘WRKY蛋白与克莱门柚WRKY47蛋白的亲缘关系最近。对CsWRKY47启动子顺式作用元件预测分析,发现CsWRKY47启动子包含脱落酸响应元件(ABRE)、茉莉酸甲酯响应元件(CGTCA-motiF)、抗氧化响应元件(ARE)、参与干旱诱导的MYB结合位点(MBS)等多个与胁迫相关的顺式作用元件。实时荧光定量表达分析结果表明,柠檬ClWRKY47和甜橙CsWRKY47能被高盐、干旱、低温胁迫诱导表达;芦柑CrWRKY47在干旱和低温胁迫下诱导表达,高盐胁迫下表达量下调;金柑FjWRKY47在高盐胁迫下诱导表达,干旱和低温胁迫下下调表达。为进一步开展柑橘胁迫相关基因WRKY47的功能鉴定奠定了基础。
- 沈丹杨莉胡威匡柳青郭文芳卢婷刘德春刘勇
- 关键词：柑橘WRKY非生物胁迫基因克隆
- 柑橘抗逆基因WRKY75的克隆与表达分析被引量：9
- 2021年
- 【目的】低温、干旱、高盐等非生物胁迫严重限制柑橘的生长发育和地理分布。转录因子可以调控下游抗逆基因表达,在植物响应非生物胁迫的过程中起了重要的作用。WRKY是植物中重要的转录因子家族之一,其家族成员在植物抗逆过程中起着重要的作用。为研究WRKY转录因子在柑橘抗逆中的功能。【方法】以柠檬[Citrus limon(L.)Burm.f.]、甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck.]、金柑[Fortunella margarita(Lour.)Swingle.]和芦柑[Citrus reticulata Blanco.]等柑橘品种的实生苗为试验材料,通过电子克隆和RT-PCR的方法从4种材料中克隆到4个新的WRKY家族基因,分别命名为ClWRKY75、CsWRKY75、FmWRKY75、CrWRKY75,并对其进行生物信息学和不同组织及胁迫处理下的表达模式分析。【结果】生物信息学分析结果显示ClWRKY75、CsWRKY75、FmWRKY75和CrWRKY75的cDNA序列全长分别为702,702,705,705 bp,分别含有582,582,585,585 bp的开放阅读框(Open reading frame,ORF),分别编码193,193,194,194个氨基酸;推测其蛋白分子质量分别为21.73、21.67、21.80和21.80 ku,等电点分别是9.33、9.25、9.25和9.25,且均含有WRKY家族的保守结构域(1个WRKY结构域和1个C2H2型锌指结构域)。多序列比对发现,ClWRKY75、CsWRKY75、FmWRKY75和CrWRKY75蛋白与克莱门柚CcWRKY75、苹果MdWRKY75、可可TcWRKY75和葡萄VvWRKY75同源性高于90%。系统进化树分析结果表明,ClWRKY75、CsWRKY75、FmWRKY75和Cr WRKY75与克莱门柚CcWRKY75的亲缘关系最近,与烟草NtWRKY75的亲缘关系较远。亚细胞定位预测结果表明,ClWRKY75、CsWRKY75、FmWRKY75和CrWRKY75蛋白均定位于细胞核。蛋白二级结构预测结果显示,4种WRKY75蛋白含无规则卷曲结构39.18%~52.33%,α-螺旋结构29.02%~35.05%,延伸链结构10.36%~13.92%,β-转角结构8.29%~11.86%。实时荧光定量PCR(Realtime quantitative PCR,qPCR)分析显示,4℃低温处理能提高4个柑橘WRKY75基因表达。而20%PEG6000模拟干旱处理只能�
- 卢婷杨莉胡威匡柳青郭文芳沈丹刘德春刘勇
- 关键词：柑橘非生物胁迫基因克隆
- 柑橘抗逆基因NAC83的克隆与表达分析被引量：12
- 2015年
- 以柚[Citrus maxima(Burm.)Merr.]、枳[Poncirus trifoliata(L.)Raf.]和柠檬[C.limon(L.)Burm.f.]实生苗为试材,使用电子克隆和RT-PCR的方法从中克隆到3个新的NAC蛋白基因,分别命名为CmNAC83、PtNAC83和ClNAC83;并用qRT-PCR技术检测了该基因在ABA、干旱、低温和高盐胁迫处理下的时空表达。结果显示:CmNAC83、PtNAC83和ClNAC83的cDNA序列全长均为841 bp,都含有750 bp的开放阅读框(ORF),编码249个氨基酸;推测其蛋白分子质量分别为24.18、28.00和28.15 kD,等电点分别是9.02、9.31和9.30,且均含有NAC家族的N端保守结构域;系统进化树分析表明,该3个蛋白均属于SENU5亚族,与苹果NAC22亲缘关系较近。实时定量qRT-PCR分析显示,NAC83基因能被ABA、干旱、低温和高盐胁迫诱导表达,且在不同的柑橘种类中存在表达差异。可见柚CmNAC83、枳PtNAC83和柠檬ClNAC83是NAC基因家族的成员,可能在柑橘响应非生物胁迫的过程中起了重要作用。
- 郭文芳刘德春杨莉庄霞张涓涓王书胜刘勇
- 关键词：柠檬基因克隆基因表达
- 柑橘抗逆基因MYB96的克隆与表达分析被引量：1
- 2023年
- 为了探讨柑橘MYB96基因在柑橘抗逆过程中的作用,以甜橙、柠檬、金柑、芦柑为试验材料,克隆得到4个柑橘MYB转录因子家族基因,分别命名为CsMYB96、ClMYB96、FmMYB96、CrMYB96,并对其生物信息学以及不同非生物胁迫处理下的表达模式进行分析。结果表明,CsMYB96、ClMYB96、FmMYB96和CrMYB96的开放阅读框长度分别为1032,1035,1035和1032 bp,其编码的蛋白分别由343,344,344,343个氨基酸组成,分子量分别约为38.16,38.27,38.22,38.13 ku,等电点分别为6.31,6.35,6.35,6.31,均为不稳定亲水性蛋白;亚细胞定位预测结果均定位于细胞核。这4个基因编码的蛋白二级结构相似,主要由α螺旋和无规卷曲构成;具有高度保守的R2和R3结构域;在进化关系上,与克莱门氏小柑橘CcMYB96亲缘关系最近。CsMYB96基因的启动子中含有脱落酸响应元件(ABRE)、低温响应元件(LTR)、厌氧响应元件(ARE)、参与干旱诱导的MYB结合位点(MBS)等非生物胁迫响应相关顺式作用元件。qRT-PCR结果分析表明,甜橙CsMYB96能被低温和干旱胁迫诱导表达;柠檬ClMYB96和金柑FmMYB96在高盐胁迫下被诱导表达;而芦柑CrMYB96的表达量在低温、干旱和高盐胁迫下都有不同程度的下调表达。
- 李潇郭文芳杨莉胡威匡柳青刘德春刘勇
- 关键词：柑橘生物信息学分析非生物胁迫
