徐若冰
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：南京医科大学公共卫生学院社会医学与健康教育学系更多>>
- 发文基金：江苏省高校自然科学研究项目国家自然科学基金江苏省高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 食管鳞状细胞癌差异DNA甲基化位点初筛及异常甲基化谱的构建被引量：3
- 2015年
- 目的采用基因芯片技术初筛食管鳞状细胞癌和正常组织间差异DNA甲基化位点,构建特异性食管癌抑癌基因甲基化谱。方法用Illumina公司450K芯片对食管鳞状细胞癌、癌旁及正常食管黏膜组织行DNA甲基化检测并行对照分析,共分析485 577个位点,按甲基化β差值和差异分值结合Genecards、Intogen等数据库筛选异常高基化位点,对筛选出的差异甲基化基因进一步采用飞行质谱法验证。结果食管鳞状细胞癌和正常食管黏膜组织间差异显著的位点共33 717个,其中高甲基化位点27 670个,主要分布于基因体和启动子5’非翻译区。结合数据库对基因生物学功能的描述以及文献报道,初步筛选出包含TMEFF2、CDH13、ING2、CASZ1、IQGAP2、ADAMTS9、AIM2、TRIT1、KLF6、EBF3等在内的差异甲基化基因。其中AIM2基因3个CG位点的甲基化频率在病例和对照中的差异均无统计学意义。芯片检测中发现的CASZ1_Cp G_5及其周围的多个CG位点在食管鳞状细胞癌组织中均呈现高甲基化状态。结论基因芯片技术可用于食管鳞状细胞癌差异甲基化位点的初筛,但构建的抑癌基因异常甲基化谱在应用前尚需进行大样本、多阶段验证。
- 徐若冰薛恒川王建平吴亮王建明
- 关键词：食管鳞状细胞癌甲基化抑癌基因
- 循环DNA在食管癌异常甲基化检测中的应用价值
- 2016年
- 目的探讨循环DNA在食管癌异常甲基化检测中的应用价值。方法收集食管癌患者的癌组织、食管远端组织和外周血浆样本及正常体检人群的食管黏膜对照组织,采用450K甲基化芯片初筛食管癌组织中差异甲基化位点,扩大样本采用DNA甲基化时间飞行质谱技术对食管癌组织、对应血浆游离DNA进行甲基化定量检测,验证癌组织与血浆游离DNA甲基化的一致性。结果基于芯片结果获得10个抑癌基因用于后续验证,包括ADAMTS9、AIM2、CASZ1、CDH13、EBF3、ING2、IQGAP2、KLF6、TMEFF2和TRIT1。质谱分析显示,所有位点的平均甲基化水平在食管癌患者血浆游离DNA样品中最高,其次是食管癌组织和正常食管黏膜对照组织。结论基因芯片技术可用于食管癌差异甲基化位点的初筛;但构建的抑癌基因异常甲基化谱在应用前尚需进行大样本、多阶段验证。血浆游离DNA甲基化谱可作为潜在的生物标志物应用于食管癌的诊断。
- 薛恒川王建平徐若冰王建明
- 关键词：食管癌抑癌基因DNA甲基化芯片
