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癌症相关基因选择性剪接进化数据库的构建被引量：3: 2016年; 选择性剪接是真核生物基因调控的基本调节机制之一,与各种类型的生理和病理活动相关.癌症相关基因的不正常剪接可能与多种癌症的发生发展有关.作为选择性剪接进化的主体,选择性剪接外显子展示了其在不同物种中多样的进化功能.本文系统整理了2 989个癌症相关基因的各项功能,通过比较基因组学的分析方法总结了癌症相关基因的选择性剪接外显子的功能和进化关系,建立了癌症相关基因选择性剪接进化数据库(ASeeDB数据库).ASeeDB包含癌症相关基因外显子区域的进化保守性、结构域预测、Ka/Ks值、以及基因、转录本、外显子区域3个层次的表达量统计等信息,结合这些信息用户可以方便的检索有研究意义的基因或者外显子.外显子区域蛋白质结构域的预测可以帮助了解其可能的功能,而外显子是否存在选择性剪接又可以推及包含该外显子的转录本是否具有相似的功能以及推测剪接是否会对蛋白质功能发生影响.数据库提供的物种间的序列比对可以帮助用户发现没有注释的外显子区域或者是保留的失去功能的外显子.相比于基因层面的Ka/Ks,数据库提供的外显子层面的Ka/Ks对于发现适应性进化事件具有更高的敏感性,可以更加方便地预示基因中未知功能的区域.; 徐敏杰窦同海徐佳熹江建平刘匆付茂宾高原陈诚文张亮周雁; 关键词：癌症选择性剪接数据库外显子

结合多组学和人类蛋白互作网络研究急性髓细胞白血病中的突变基因互作子网络被引量：1: 2015年; 急性髓细胞白血病(AML)是一类由血液中白细胞恶性增殖引起的恶性疾病,很多与AML致病性相关的基因突变还没有被阐明,使用基于多组学整合分析的方法可以有效地揭示AML中基因突变与疾病间的相互关系.通过使用来源于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划中AML病人的1 450个体细胞突变基因数据和这些基因的RNA表达量数据,结合人类蛋白互作网络,构建了在AML中的基因子网络.发现的基因子网络中包含21个突变基因,KEGG代谢通路和GO富集分析结果表明,趋化因子信号通路和染色体结构相关基因在AML的致病性中具有重要作用;并且,基因子网络可以反映AML中突变基因间的相互作用关系,可以加强对AML致病机理认识.在基因子网络中,部分基因已经被证明与AML相关,如NPM1,KDM1A和NRAS等,但部分基因还需要进一步探索,如CBX7,GNAI2和COPS2等.对这些基因的深入研究可以加强对疾病致病机理的认识.最后提供了整合多组学数据研究疾病的框架,并且该框架可以应用于其他疾病或机制的研究中.; 江建平杨芳张亮窦同海周雁; 关键词：急性髓细胞白血病基因网络

多位点序列分析在食品用双歧杆菌分类鉴定中的应用被引量：3: 2015年; 双歧杆菌是一类被广泛应用于食品工业的益生菌,准确、快速地分类和鉴定双歧杆菌对其应用和管理具有重要意义。选择了可在食品中使用的双歧杆菌菌种中的12个代表菌株,使用多位点分析的方法对其16S r DNA和7个管家基因进行研究,从系统发育的角度讨论利用多基因串联的方式对双歧杆菌属建立稳定可靠的分类方法的可行性。研究发现双歧杆菌属中部分菌株存在特异性序列缺失,可以为菌株的快速检测提供线索;多基因系统发育分析较16S r DNA分析方法分辨力更高,可应用于食品中双歧杆菌的分类鉴定。; 江建平刘洋张亮窦同海周雁; 关键词：双歧杆菌多基因系统发育分析

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江建平

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