张晓芬
- 作品数：9 被引量：9H指数：2
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- A型产气荚膜梭菌青海分离株tetA(P)耐药基因序列分析及蛋白结构预测被引量：2
- 2015年
- 应用PCR技术对A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)耐药基因进行扩增、测序,利用生物软件对tetA(P)基因进行序列分析与蛋白结构预测。结果表明,A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)基因长度为1 263bp,编码420个氨基酸。与参考菌株EHE-NE18、Wakayama、CW92的核苷酸序列同源性依次为100%、99.8%和98.7%,氨基酸序列同源性依次为100%、100%和98.3%。分离株TetA(P)蛋白疏水性较强,具有10个跨膜区,含有4个N-糖基化位点,1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,12个N-豆寇酰化位点,三级结构主要是由α-螺旋和无规则卷曲形成。研究结果可为A型产气荚膜梭菌tetA(P)基因功能研究提供依据。
- 冶贵生马玉花张爽张晓芬韩志辉邹勇贾跃宁
- 关键词：A型产气荚膜梭菌蛋白结构
- 藏羊IFN-γ基因的扩增、序列分析及蛋白结构预测被引量：1
- 2016年
- 为了研究藏羊IFN-γ基因的功能,提取藏羊脾脏总RNA,通过RT-PCR扩增藏羊IFN-γ基因并测序,应用DNA Star软件进行序列分析及编码蛋白结构预测。结果表明,藏羊IFN-γ基因长度为429bp,其中腺嘌呤和胸腺嘧啶含量较高,该基因编码143个氨基酸,其中疏水性氨基酸和亲水性氨基酸的含量较高。藏羊IFN-γ基因与参考绵羊、山羊、藏羚羊和牛IFN-γ基因的核苷酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.1%和97.2%,氨基酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.3%和95.8%。IFN-γ蛋白主要由α螺旋组成,亲水性较高,含有5种蛋白质功能位点,分别为1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酰胺化位点、2个N-糖基化位点、2个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点和3个蛋白激酶C磷酸化位点。
- 张晓芬冶贵生文熙萍祁秀清
- 关键词：藏羊IFN-Γ基因反转录-聚合酶链反应蛋白结构预测
- 产气荚膜梭菌生物被膜形成分子机制的研究
- 本研究采用光学显微镜和扫描电子显微镜观察培养12,24,48和72 h后的产气荚膜梭菌生物被膜(biofilm,BF)形态,采用RNA-seq技术和iTRAQ技术分别对产气荚膜梭菌BF菌与浮游菌进行差异表达基因和差异表达...
- 张晓芬
- 关键词：产气荚膜梭菌生物被膜RNA-SEQITRAQ
- 文献传递
- 高原藏系羊抗病免疫分子基础的研究
- 冶贵生马玉花康明韩志辉贺晓龙拉毛彭措贾跃宁张晓芬文英李英陈付菊杨应川
- 藏系羊养殖业作为青海畜牧业的支柱产业多年来一直受到各种疫病的威胁，由各种疫病造成的直接和间接经济损失给当地农牧民造成了较大的影响。因此，发掘青海省藏系羊高抗病力的种质资源，培育出适应高原地区的高抗疫病品系的藏系羊，这将更...
- 关键词：
- 关键词：疫病防治
- 藏羊DQB1蛋白结构预测与分析被引量：1
- 2015年
- 为研究藏羊DQB1基因编码蛋白的功能,利用生物信息学软件对该蛋白的结构进行预测和分析,结果表明,DQB1蛋白含有信号肽和1个跨膜螺旋区,具有1个N-糖基化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、1个细胞附着序列、1个免疫球蛋白和主要组织相容性复合体蛋白、2个N-豆蔻酰基化位点、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点,三级结构主要以α螺旋、β折叠和无规则卷曲组成。研究结果可为青海藏羊DQB1基因抗病性的研究提供参考。
- 张晓芬冶贵生马玉花贺晓龙康明张爽韩志辉贾跃宁张洪波
- 关键词：藏羊
- 藏羊GM-CSF基因的RT-PCR扩增、序列分析及蛋白结构预测
- 2016年
- 为了研究藏羊GM-CSF基因及其编码蛋白的功能,提取藏羊脾脏总RNA,应用RT-PCR技术对藏羊GM-CSF基因进行扩增及测序,并利用DNA Star软件进行序列分析及编码蛋白结构预测。测试表明,藏羊GM-CSF基因长度为381 bp,编码127个氨基酸;藏羊GM-CSF基因与参考绵羊、藏羚羊、山羊和水牛的GM-CSF基因的核苷酸序列同源性依次为100%、99.2%、98.7%和92.1%,氨基酸序列同源性依次为100%、97.6%、96.9%和81.0%。蛋白结构预测表明GM-CSF蛋白具有1个N-糖基化位点、1个N-豆蔻酰化位点、1个粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子信号、2个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;综合二、三级结构预测得出,该蛋白主要由α螺旋组成,其次是β转角和无规则卷曲,而β折叠相对较少。研究成果可为青海藏羊GM-CSF基因抗病功能的研究提供参考。
- 张晓芬冶贵生马玉花贺晓龙康明韩志辉贾跃宁张洪波
- 关键词：藏羊GM-CSF基因RT-PCR蛋白结构预测
- A型产气荚膜梭菌tetB(P)耐药基因核苷酸序列与蛋白结构分析被引量：1
- 2015年
- 为了对产气荚膜梭菌tetB(P)耐药基因进行分析,通过生物软件设计引物,扩增A型产气荚膜梭菌tetB(P)耐药基因,测序后对tetB(P)基因核苷酸序列与蛋白结构进行分析.结果表明:分离株tetB(P)基因长度为1 959bp,编码652个氨基酸.与参考菌株CW92、EHE-NE18的核苷酸序列同源性依次为99.7%、99.9%,氨基酸序列同源性依次为99.4%、99.8%.分离株tetB(P)蛋白亲水性氨基酸较多,无跨膜区,含有4个N-糖基化位点,1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,9个蛋白激酶C磷酸化位点,12个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,7个N-豆寇酰化位点,1个ATP/GTP结合位点基序,1个翻译型鸟苷酸结合域,三级结构主要是由α-螺旋、β折叠和无规则卷曲形成.
- 冶贵生马玉花张爽梅成和张晓芬韩志辉贾跃宁邹勇
- 关键词：A型产气荚膜梭菌蛋白结构
- 藏羊DQB1基因RT-PCR扩增及序列分析被引量：1
- 2015年
- 提取藏羊脾脏总RNA,设计DQB1基因引物并进行反转录,扩增产物测序后利用生物软件进行序列分析。结果表明,藏羊DQB1基因长度为786 bp,编码261个氨基酸。藏羊DQB1基因与参考美利奴羊DQB1基因、中国美利奴细毛羊MHCⅡ抗原基因、山羊DQB1基因的核苷酸序列同源性依次为95.8%、95.9%、95.3%,氨基酸序列同源性依次为91.2%、92.0%、91.2%。
- 张晓芬冶贵生马玉花贺晓龙康明张爽韩志辉贾跃宁张洪波
- 关键词：藏羊DQB1基因RT-PCR
- A型产气荚膜梭菌四环素耐药基因的PCR检测被引量：3
- 2015年
- 为了检测A型产气荚膜梭菌四环素耐药基因,试验采用Oligo 6.0软件设计tet A(P)、tet B(P)四环素耐药基因的特异性引物,片段大小分别为1 263 bp和1 959 bp,提取A型产气荚膜梭菌质粒DNA,配制PCR反应体系,设置PCR反应条件,用PCR扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳。结果表明:特异性引物能有效扩增A型产气荚膜梭菌tet A(P)和tet B(P)基因,目的基因大小与预期片段相符。
- 冶贵生张爽张晓芬贾跃宁邹勇
- 关键词：A型产气荚膜梭菌四环素耐药基因PCR
