周晓君
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：海南省人民医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金海南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 曼氏迭宫绦虫annexinB8的生物信息学分析和基因克隆被引量：3
- 2015年
- 目的通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫annexinB8(SmannexinB8)的生物学特征,及潜在功能和结构,并且进行基因克隆,为下一步SmannexinB8参与宿主免疫调节研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对SmannexinB8的开放阅读框进行分析.利用ExPASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋、潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST。对蛋白保守功能域进行检测。不同物种的annexin序列从NCBI网站获取,并利用Vector NTI suit 8.0和TreeView软件进行分析。利用SWISS-MODEL网站和SPDBV 4.10软件分析SmannexinB8蛋白的三维空间结构。此外。对SmannexinB8基因进行扩增,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)。结果 SmannexinB8是一个全长基因,编码347个氨基酸。蛋白由4个典型的annexin重复结构域组成,序列当中没有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示SmannexinB8是一个保守的蛋白。SmannexinB8与多房棘球绦虫、口膜壳绦虫、细粒棘球绦虫、华支睾吸虫以及人类的annexin基因的同源性分别是68%,67%。65%,46%和40%。分子进化分析显示SmannexinB8与绦虫属的亲源性最近,而与其他物种,如吸虫、哺乳动物亲源性较远。结论 SmannexinB8可能具有抑制磷脂酶A2的活性,促进细胞融合、参与调节免疫反应和离子通道形成的功能,可能在参与宿主免疫调节中起到关键性的作用。
- 梁培吕刚周晓君陈新新陈小静符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫ANNEXIN生物信息学分析
- 曼氏迭宫绦虫中亮氨酸氨基肽酶基因的生物信息学分析和转录水平检测
- 2017年
- 目的检测曼氏迭宫绦虫的3个亮氨酸氨基肽酶亚类(leucine aminopeptidases of Spirometra mansoni,Sm LAPs)基因在虫体不同发育阶段的转录水平,为进一步病原诊断研究奠定基础。方法运用生物信息学相关软件对3个亮氨酸氨基肽酶亚类编码蛋白的氨基酸序列的功能区域、免疫学特征、信号肽和跨膜区预测分析。应用Real time PCR方法检测Sm LAPs在曼氏迭宫绦虫的成节、孕节和裂头蚴阶段的转录水平。结果对Sm LAPs编码氨基酸序列的保守区域进行比对,Sm LAPa与Sm LAPb、Sm LAPc的氨基酸序列一致性均为38%,Sm LAPb和Sm LAPc的一致性也只有44%。多功能位点分析发现,Sm LAPs均含有底物结合位点、锌离子结合位点和多肽结合位点。在B细胞线性表位预测结果显示,Sm LAPa有13个、Sm LAPb有14个、Sm LAPc有13个。T细胞表位预测中,Sm LAPa有12个、Sm LAPb有13个、Sm LAPc有14个。3个Sm LAPs亚类序列中均含有一个强烈的信号肽,并且均没有跨膜区域。在虫体各个发育阶段的转录水平检测中,在成节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.34倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的46.53倍。在孕节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.96倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的56.89倍。在裂头蚴阶段,只有Sm LAPc有转录,没有检测到Sm LAPa和Sm LAPb的转录。结论在3个Sm LAPs亚类基因中,Sm LAPc是裂头蚴病更有价值的免疫诊断分子。
- 李奕基符瑞佳周晓君尹飞飞梁鹏吕刚梁培
- 关键词：曼氏迭宫绦虫转录水平
