刘海隆
- 作品数：17 被引量：41H指数：3
- 供职机构：海南省农业科学院畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：海南省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素被引量：1
- 2024年
- 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。
- 任钰为陈星林燕宁黄潇仙洪玲玲王峰孙瑞萍张艳刘海隆郑心力晁哲
- 关键词：文昌鸡产蛋性能影响因素
- 五指山猪骨骼肌全基因组甲基化鉴定与分析
- 2023年
- 为了研究五指山猪背最长肌与半腱肌的遗传差异,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化基因(DMGs),采用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对五指山猪背最长肌和半腱肌进行DNA甲基化水平检测和DMRs分析,对DMGs进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并与已有的转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对基因表达差异的影响。结果显示:五指山猪背最长肌和半腱肌全基因组范围内胞嘧啶甲基化主要发生在CG序列上;在CG序列环境下,启动子和第一外显子区域的甲基化水平低于其他基因区域,该环境下五指山猪背最长肌和半腱肌间存在348613个DMRs和17484个DMGs,DMGs主要富集到61个GO条目和289个KEGG通路;在五指山猪背最长肌和半腱肌mRNA差异表达前10位的基因中,锌指结构家族成员4(ZIC4)、锌指结构家族成员1(ZIC1)、成对同源异型结构域蛋白转录因子1(PITX1)、碱性-螺旋-环-螺旋转录因子1(SIM1)、小清蛋白(PVALB)、SEC14类脂质结合因子5(SEC14L5)、丝氨酸蛋白酶抑制剂B家族成员11(SERPINB11)、肌球蛋白结合蛋白H(MYBPH)这8个基因存在DMRs,5个基因(ZIC4、PITX1、SIM1、SEC14L5、MYBPH)存在启动子区甲基化差异。本研究为阐明五指山猪骨骼肌生长发育机制提供表观遗传学依据。
- 张庆玲任钰为孙瑞萍刘海隆王峰李丹丹晁哲
- 关键词：五指山猪背最长肌半腱肌全基因组甲基化
- 临高猪选育提纯与开发利用研究
- 郑心力孙瑞萍魏立民王峰晁哲刘圈炜刘海隆曹宗喜黄丽丽
- 纯种临高乳猪在海南具有巨大消费市场，是传统出口产品，但因受外来猪冲击，纯种临高猪已处于濒危状态，现存临高猪生产性能也逐渐衰退。项目通过研究，取得以下成果：提纯的临高猪的体型外貌等种质特性符合海南省地方标准“临高猪品种”的...
- 关键词：
- 关键词：乳猪饲养管理疫病防治
- 五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析被引量：5
- 2022年
- 旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36961902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16729364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。
- 任钰为王峰王成张艳孙瑞萍刘海隆乔传民邢漫萍黄丽丽曹宗喜晁哲
- 关键词：五指山猪脂类代谢
- 中兽医诊治牛呕吐2例
- 2012年
- 呕吐是食物由胃吐出的一种病症，中医认为胃气以降为和，不论何种原因，伤及于胃，使胃气失降，气逆而上，均能发生呕吐。临床上本症以猪多见，牛很少看到呕吐，发病多因春秋季节，天气长期阴冷潮湿，多吃凉性多汁草料而发病。症状是患牛在清晨吐出大量食糜，状如稀粪，故农民称为“吐屎病”。笔者在临床上遇到过不少类似病例，先将其中2例整理如下，供同行借鉴。
- 刘海隆
- 关键词：呕吐中兽医诊治春秋季节发病病症
- 海南定安鹅肠道寄生虫流行病学调查
- 2020年
- 为了解定安鹅肠道寄生虫流行状况,收集定安鹅粪样180份,用自然沉淀法和饱和盐水漂浮法对鹅肠道寄生虫进行流行病学调查,结果表明定安鹅寄生虫感染主要有蛔虫、绦虫、吸虫、线虫、球虫5种。线虫感染率最高,吸虫最低。
- 张太雷刘海隆
- 关键词：寄生虫流行病学
- 海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析被引量：1
- 2023年
- 为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析,同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示:海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达,在330个差异表达的mRNAs中,根据差异倍数大小,排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外,本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。
- 晁哲任钰为孙瑞萍魏立民刘海隆邢漫萍黄丽丽郑心力
- 关键词：海南黑山羊皮下脂肪信使RNA
- 海南地方优质肉猪杂交组合研究与示范推广
- 王峰魏立民孙瑞萍郑心力王平刘圈炜郑小安黄丽丽昌儒刘海隆关居雄王启存李刚
- 项目主要针对地方猪种肉质好，产品质量高，海南人民的需求量大，地方猪肉在海南呈现了供不应求的趋势等现状，与海南地方猪生长速度慢，饲料报酬低和经济效益差等几个制约海南地方猪产业发展的关键因素，根据供求之间的矛盾，利用现代动物...
- 关键词：
- 关键词：肉猪杂交繁殖饲养管理遗传育种学
- 鸡HSP90AA1基因SNP检测及启动子区CpG岛的甲基化研究被引量：2
- 2019年
- 试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。
- 晁哲吴望军邢漫萍黄丽丽孙瑞萍刘海隆郑心力
- 关键词：文昌鸡北京油鸡甲基化
- 文昌鸡与北京油鸡肌肉组织DNA甲基化的MSAP分析被引量：1
- 2018年
- 为了获得鸡不同肌肉组织基因组DNA甲基化水平、模式等表观遗传信息,试验以文昌鸡、北京油鸡及其杂交F1代基因组为试验材料,采用甲基敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术检测了鸡胸肌和腿肌2个组织基因组在CCGG位点的甲基化状态,分析了不同组织的DNA甲基化水平及特异性甲基化模式。结果表明:文昌鸡、北京油鸡及其正交F1代和反交F1代鸡的DNA甲基化程度均较高,其中胸肌基因组DNA的总甲基化水平分别是(53.56±2.40)%、(52.82±0.85)%、(53.67±2.24)%、(54.82±2.42)%,腿肌基因组DNA的总甲基化水平分别是(52.85±2.37)%、(53.48±0.96)%、(51.87±2.85)%、(53.15±0.96)%;胸肌和腿肌组织中全甲基化条带数均高于半甲基化条带数,非甲基化条带数均高于全甲基化、半甲基化条带数;在4个不同鸡群间,基因组甲基化程度差异不显著(P>0.05);对部分甲基化位点进行回收,鉴定出6个存在甲基化修饰的基因(ADAMTS5基因、ATP2A2基因、C8H1ORF27基因、C-SNO基因、FAM91A1基因、FBXO33基因)。说明鸡肌肉组织甲基化多态性丰富,且不同遗传背景会造成部分基因甲基化的差异。
- 晁哲邢漫萍孙瑞萍刘海隆黄丽丽林哲敏王峰
- 关键词：文昌鸡北京油鸡胸肌腿肌甲基化
