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高生物量和/或高生长速度重组菌及其构建方法与应用: 本发明公开了高生物量和/或高生长速度重组菌及其构建方法与应用。该重组菌的构建方法，包括对受体菌进行A1、A2和A3的改造或对所述受体菌进行所述A1和所述A2的改造，得到生物量和/或生长速度高于所述受体菌的重组菌；所述A1...; 陈楠刘伟丰林白雪陶勇; 文献传递

不同来源植物乳杆菌基因组的比较分析: 2021年; 目的对分离自母乳、婴儿肠道的植物乳杆菌进行全基因组测序,分析菌株间亲缘关系和细菌素合成相关基因。方法采用Illumina高通量测序平台对不同来源的植物乳杆菌进行全基因组测序,质控过滤后的数据经Unicycler组装获得基因组精细图,通过比对COG、CAZy数据库对功能基因进注释,并借助BAGEL4等生物信息学分析工具鉴别植物乳杆菌素合成相关的基因簇,分析不同来源植物乳杆菌的益生潜力。结果5株植物乳杆菌基因组平均鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine,GC)含量为44%,母乳源植物乳杆菌基因数量多于婴儿肠道源菌株。进化树和平均核苷酸一致性分析结果显示,分离所得菌株具有较高的同源性,相同来源的菌株更倾向于聚类到一个分支。功能注释结果显示,母乳源菌株与肠道源菌株相比拥有更多编码碳水化合物代谢的基因,且拥有完整的产植物乳杆菌素基因簇。结论植物乳杆菌基因组GC含量、功能基因数目及产细菌素基因簇结构等与分离源有一定的关联,母乳源植物乳杆菌更适于作为潜在益生菌的候选菌株,本研究为益生菌的益生潜力研究提供了遗传学基础。; 史志远陈楠律娜律娜; 关键词：植物乳杆菌全基因组测序比较基因组学益生菌细菌素

痕量样本高通量测序文库构建: 2021年; 目的通过调整建库过程中的测序接头加入量、片段选择的执行与否、文库扩增循环数等条件,建立一种基于Illumina测序平台的高效稳定的痕量样本高通量文库构建方法。方法采用不同类型的样本,设计不同起始DNA量(最低至0.1 ng)的文库构建策略,主要对接头使用量、扩增循环数等进行优化,并通过数据分析评估文库质量。结果对于起始量低至0.1 ng的DNA样本,基因组文库构建成功率达100%。对于基因组较小的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果与100 ng起始DNA量相近;对于基因组较大、结构复杂的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果显著差于100 ng起始DNA量,但可通过增加测序数据量的方法提高组装效果。对于元基因组测序,起始DNA量为1ng时,制备的测序文库与常规起始DNA量制备的文库得到的微生物群落结构相近。结论本研究建立的0.1 ng起始DNA量文库构建方法稳定,可用于更多微生物基因组测序、元基因组测序的应用领域。; 李博星陈楠陶许诺陈璐萍朱宝利朱宝利; 关键词：高通量测序文库构建微生物痕量

食品用乳酸杆菌和双歧杆菌泛基因组多态性及菌株间功能基因差异分析被引量：1: 2023年; 益生菌是一类有益于人体健康的微生物,主要包括细菌和真菌.益生菌的鉴定一直是学界亟需解决的技术问题,传统的分类学方法只能做种属水平的鉴定,而基于基因组学分析可鉴定到种或株水平.本研究对公共数据库中记载的我国《可用于食品的菌种名单》中的16种乳酸杆菌和5种双歧杆菌的基因组数据进行了全基因组比对分析,并应用核心基因平均核苷酸相似性(core genes average nucleotide identity,cANI)进行了物种的重新分类和鉴定方法探索.结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌的cANI值具有种属特异性,其中乳酸杆菌的cANI值在93.6%~99.6%之间,双歧杆菌的c ANI值在94.9%~98.1%之间,同时发现25株乳酸杆菌和1株两歧双歧杆菌有分类学错误.对247株乳酸杆菌和113株双歧杆菌基因组完成图的比对分析结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌菌株间的差异基因数目最多可达436个,菌株间的cANI相似值最小可达1个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).针对乳酸杆菌和双歧杆菌的毒力基因和耐药基因分析显示,在目前用于食品生产的菌株中均未发现毒力相关基因,同时发现有20%以上的菌株携带不同种类的耐药基因.结论:乳酸杆菌和双歧杆菌不同种的cANI值差异较大,有种属特异性,可用于益生菌的种属鉴定;同一物种不同菌株间的基因和SNP数目差异可用于菌株鉴定.; 陈楠陈楠律娜李凤琴律娜向雪松陈历俊刘烈刚王红伟智发朝王欣陈卫刘烈刚朱宝利; 关键词：毒力相关基因

在大肠杆菌中利用SCLM系统进行高效率λ-Red基因敲除/整合的新策略被引量：3: 2015年; 【目的】传统采用的λ-Red体系在大肠杆菌染色体上进行基因敲除/整合操作时存在操作繁琐、假阳性率高、多基因连续敲除/整合不稳定等问题。本研究基于上述问题建立一种便于基因构建、高筛选效率(100%)、具有统一技术步骤的λ-Red敲除/整合系统,为提高基因功能研究和代谢工程改造工作效率奠定基础。【方法】采用新的p SC101衍生复制起始位点消除假阳性;利用高拷贝数质粒和多克隆位点实现快速遗传构建操作;采用Cre/Lox P抗性消除位点便于多基因连续整合。选择一系列初级代谢重要基因靶点进行敲除/整合。【结果】构建了一套新型λ-Red质粒系统(SC101-Cre-Lox P-MCS,SCLM系统)。打靶片段经电转化受体细胞后在双抗性平板上筛选阳性克隆,基因敲除/整合的效率均可以达到100%。【结论】新建立的基因敲除与整合方法提高了基因重组效率,大幅度减少了相关操作的步骤,缩短了研究周期。该方法的建立为基因功能研究和构建新遗传特性的工程菌株提供了有力的工具。; 王瑶许杨陈楠徐欣怡刘伟丰陶勇; 关键词：大肠杆菌

高生物量和/或高生长速度重组菌及其构建方法与应用: 本发明公开了高生物量和/或高生长速度重组菌及其构建方法与应用。该重组菌的构建方法，包括对受体菌进行A1、A2和A3的改造或对所述受体菌进行所述A1和所述A2的改造，得到生物量和/或生长速度高于所述受体菌的重组菌；所述A1...; 陈楠刘伟丰林白雪陶勇; 文献传递

常见益生菌与鉴定方法被引量：2: 2023年; 益生菌是一类摄入足够数量后能够对人体健康产生益处的活的微生物,目前广泛应用于食品安全、生物工程、生命健康等领域。本文总结了目前常用的益生菌菌种名单和鉴定技术,介绍了传统鉴定方法和分子生物学鉴定方法,为益生菌的准确鉴定提供参考。[营养学报,2023,45(2):107-111]; 陈楠律娜律娜; 关键词：益生菌全基因组测序

郫县豆瓣细菌多样性及群落结构动态变化被引量：1: 2023年; 【目的】通过检测郫县豆瓣在不同发酵阶段细菌的种类、丰度及数量,探究郫县豆瓣的不同发酵产品发酵过程中细菌的动态变化情况。【方法】采用16S rRNA基因测序对郫县豆瓣4个发酵阶段中细菌种类及丰度进行分析,利用荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)方法检测不同发酵阶段的细菌总数。【结果】郫县豆瓣在初期的发酵过程中细菌群落处于动态稳定,在不同发酵阶段细菌群落组成相对丰富,从郫县豆瓣整个初期的发酵过程来看,细菌群落多样性呈现升高的趋势,Shannon指数从1.25升高到3.50;在郫县豆瓣初期发酵过程中细菌群落的数量以及多样性与发酵环境息息相关,不同发酵阶段细菌群落的多样性也有所不同,其中在干辣椒发酵阶段中泛菌属(Pantoea)为最优势菌属,占比为20%;在蚕豆瓣发酵阶段中葡萄球菌属(Staphylococcus)的相对丰度最高,占比为38%;混合发酵后,在红油豆瓣发酵阶段的最优势菌属是乳酸杆菌属(Lactobacillus),占比达到27%,郫县豆瓣发酵阶段的最优势菌属是乳酸杆菌属(Lactobacillus),占比为62%。【结论】推断在郫县豆瓣不同发酵阶段初期相对丰度较大的菌属对郫县豆瓣的质量以及产量可能会产生重大影响。; 任文博陈楠律娜律娜朱宝利曾斌; 关键词：郫县豆瓣发酵细菌群落结构多样性

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陈楠

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