周超
- 作品数：17 被引量：54H指数：5
- 供职机构：潍坊市中医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省中医药科技发展计划项目山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生社会学更多>>
- 基于蛋白质相互作用网络探索慢性粒细胞白血病相关分子复合物生物学通路被引量：1
- 2015年
- 目的 在蛋白质相互作用网络的基础上研究慢性粒细胞白血病,进一步深入了解其发生、发展机制.方法 从在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中筛选慢性粒细胞白血病遗传相关基因,应用Cytoscape软件和插件Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立慢性粒细胞白血病的蛋白质相互作用网络.应用插件Clusterviz分析作用网络中可能包含的分子复合物.基于DAVID富集分子复合物的生物学通路.结果 OMIM中慢性粒细胞白血病遗传相关基因有79个.相关蛋白质相互作用网络包含638个节点（蛋白质）、1 830条边（相互作用关系）,可能包含5个分子复合物.结论 分子复合物1涉及细胞因子与炎症反应、受体相互作用及细胞因子受体信号转导等生物学通路.通过对分子复合物3的分析显示出慢性粒细胞白血病有复杂的生物学行为,与其他肿瘤有广泛的相关性,为进一步阐释慢性粒细胞白血病发生、发展的机制提供了生物信息学基础.
- 滕文静周超孙长岗刘恭喜杨静李有杰刘泽旺
- 关键词：白血病髓样慢性蛋白质组学
- 青黄散治疗髓系肿瘤的临床研究进展
- 2024年
- 髓系肿瘤(Myeloid neoplasms)是一组异质性疾病,肿瘤细胞起源于骨髓中具有多向分化潜能的造血干细胞,并出现克隆性增殖。从20世纪70年代中期开始,诸多经典中药方剂,临床运用效果明显,而青黄散作为代表,通过大量临床数据证实该方治疗髓系肿瘤有效,为古方中药的发掘与研究提供指引,然而如何将中医的研究成果科学化、全球化,是机遇也是挑战。
- 邓来军董杨刘丽娟周超孙伟国孙长岗
- 关键词：青黄散髓系肿瘤传承
- 计算机分子网络预测技术指导下中药多靶点肿瘤精准治疗策略的构建
- 孙长岗司宏宗周超刘丽娟庄静滕文静曹晓靖
- 恶性肿瘤对人类的威胁日益突出，已成为最常见死亡原因之一。随着分子生物学、分子药理学的发展，中药抗肿瘤作用日益被肯定，也越来越受到国际社会的承认。中药抗肿瘤作用是多成分、多靶点、多环节整体调节作用的结果。揭示中药抗肿瘤作用...
- 关键词：
- 关键词：肿瘤治疗分子药理学中医治疗
- 水通道蛋白-4在脑转移瘤表达及其中医研究进展
- 2015年
- 脑转移瘤是常见的颅内肿瘤,其发生不仅代表恶性程度高,往往也是治疗失败、预后差的主要因素。水通道蛋白-4作为一类具有高选择性特异性蛋白家族成员,与脑转移瘤的发生发展密切相关。传统中医将脑转移瘤的病机归结为风、痰、毒、瘀等方面,治则以醒脑开窍、活血化瘀、化湿利水为主。近年来,以AQP4为靶点的抗瘤中药已成为研究热点并逐渐受到关注。因此,对AQP4作用机制的具体探讨,有望为脑转移瘤的中医治疗提供新途径。
- 汪丛丛周超庄静高宁刘瑞娟孙长岗
- 关键词：脑转移水通道蛋白-4中医治疗
- 从活血化瘀类中药探讨骨髓造血干细胞“小生境”CXCR4-CXCL12轴平衡与慢性粒细胞白血病被引量：8
- 2015年
- 慢性粒细胞白血病(CML)是一种发生在骨髓造血干细胞的恶性克隆性骨髓增殖性疾病。具有自我更新和自我复制能力的造血干细胞在体内增殖、分化、迁徙、转移保持平衡,主要归功于稳定的造血微环境,即"小生境",它包括微血管系统、基质干细胞、细胞外基质和多种细胞因子。而骨髓基质细胞分泌的趋化因子CXCL12及造血干细胞表面受体CXCR4组成的生物轴(CXCL12-CXCR4 biological axis)是调节造血干细胞生物学行为的重要影响因子。现代研究发现,"活血化瘀"类中药不仅可以干预骨髓造血干细胞的增殖分化,而且影响"干细胞循环",就其循环过程来看,与活血化瘀法"祛瘀血"层面的观点相吻合;从循环结果来看,与活血化瘀法"生新血"层面的观点相吻合。文章意在探讨造血干细胞小生境中CXCR4/CXCL12轴在慢性粒细胞白血病可能存在的特殊生物学机制,从造血干细胞生物学行为层面探索慢性粒细胞白血病,并为慢性粒细胞白血病发病机制的研究找到可能存在的新突破点——造血微环境,进一步为以后临床及实验研究提供有价值的理论依据。
- 滕文静周超秦宝宁曹晓靖孙长岗刘泽旺李有杰马家栋
- 关键词：慢性粒细胞白血病骨髓造血干细胞
- 网络药理指导下大黄对慢性粒细胞白血病作用机制研究被引量：2
- 2018年
- 目的近年来,随着蛋白质相互作用网络与分子对接技术等方法论的不断创新,为探索慢性粒细胞白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)的发生发展机制及中药治疗CML的内在机制提供了新的研究思路。本研究在CML蛋白质相互作用网络构建与分子对接技术指导,并进行体外实验验证,探讨大黄干预CML的内在分子生物学机制。方法使用人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)筛选CML相关基因,导入Cytoscape 3.2.1实现蛋白质相互作用网络的可视化,插件CentiScaPe 2.1实现网络拓扑分析。大黄活性小分子物质从第三方数据库获取,Chemoffice 8.0与SYBYL 8.1对其再构建、结构优化,得到大黄小分子配体结构库,再通过Surflex-Dock模块与受体靶点进行分子对接,打分后得到关键靶标丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen activated protein kinase 3,MAPK3)。随后针对其进行实验验证,通过四甲基偶氮唑盐(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)法检测对照组(无药血清)与实验组(1.2、6、12g/kg的大黄含药血清)在24、48、72、96h对K562细胞的增殖抑制率,蛋白质印迹法检测MAPK3蛋白的表达情况。结果构建了由705个节点(蛋白质)和2 058条边(相互作用)组成的蛋白质相互作用网络,分析得出关键靶标MAPK3。MTT法结果表明大黄能显著抑制K562细胞的增殖,且抑制率与动物给药剂量(所获含药血清)高低与作用时间成正相关。各实验组48、72、96h抑制作用优于24h,P<0.05;各实验组与对照组比较,差异均有统计学意义,P<0.05。蛋白质印迹法结果显示,大黄能显著降低MAPK3蛋白的表达。结论 CML是一个受多基因、多功能蛋白调控的复杂疾病,MAPK3很可能是CML的关键节点,而大黄可通过降低MAPK3蛋白的表达干预K562细胞增殖。
- 朱帅李梅刘丽娟庄静刘存魏峻玉王璐周超孙长岗
- 关键词：慢性粒细胞白血病蛋白质相互作用网络分子对接
- 基于蛋白质相互作用网络对滑膜肉瘤生物学通路探索
- 2017年
- 目的滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见。随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点。本研究通过建立蛋白质相互作用网络预测滑膜肉瘤的生物学通路,以期发现其相关作用靶点。方法通过在线人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因,采用Cytoscape软件和插件Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白质相互作用网络;采用插件Clusterviz,发现网络中可能包含的分子复合物;基于DAVID富集分子复合物的生物学通路。结果通过人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因有67个;采用Cytoscape软件挖掘出滑膜肉瘤相关蛋白质相互作用网络包含489个节点(蛋白质)和1 414条边(相互作用关系);Clusterviz插件发现其可能包含6个分子复合物;通过DAVID对这6个分子复合物进行富集,获得其相关生物学通路,以错误发现率(false discovery rate,FDR)<1为差异有统计学意义,最终获得分子复合物1有7条通路,分子复合物2有45条通路。分子复合物3、4、5和6的细胞通路FDR值均>1,差异无统计学意义。结论分子复合物1主要与p53信号通路及细胞因子调节有关,且与膀胱癌有相关性;分子复合物2涉及通路较多,说明滑膜肉瘤的发生是一个受多种细胞通路、多基因构成的网络协同调控的复杂过程。
- 魏峻玉周超刘丽娟刘恭喜孙铮迪孙长岗
- 关键词：滑膜肉瘤分子生物学通路
- 蛋白质相互作用网络指导下青黄散治疗慢性粒细胞白血病的机制探究被引量：5
- 2018年
- 目的：通过慢性粒细胞白血病（chronic myelogenous leukemia,CML）蛋白质相互作用网络的构建、分析与体外实验验证两部分,探讨青黄散治疗CML的有效分子学机制。方法：筛选在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获得CML相关基因,STRING用于进一步文本挖掘并构建CML蛋白质相互作用网络,互作数据读入Cytoscape后,插件Centi Sca Pe和Cluster Viz用于实现拓扑和聚类分析,DAVID数据库富集关键通路信息。然后针对关键基因c-myc设计体外实验,制备青黄散含药血清,MTT法检测阴性对照组（无药血清）与实验组（5%、10%和20%青黄散含药血清）在24、48、72 h对K562细胞的增殖抑制率,Western Blot法检测c-myc蛋白的表达情况。结果：构建了由416个节点（蛋白质）和2792条边（相互作用）组成的蛋白质相互作用网络,分析得出关键基因c-myc。实验结果表明,与阴性对照组相比,实验组能有效的抑制K562细胞增殖,且青黄散含药血清能有效抑制c-myc的表达,两者具有统计学意义（P〈0.05）。结论：CML是一个受多基因调控、多信号通路传导的复杂疾病,c-myc很可能是关键节点,而青黄散对K562细胞增殖的抑制作用机制之一是降低c-myc的表达。
- 刘存刘丽娟周超庄静孙月王璐朱帅孙长岗
- 关键词：青黄散慢性粒细胞白血病蛋白质相互作用网络C-MYC
- 基于蛋白质相互作用网络探讨天花粉蛋白对乳腺癌MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用被引量：4
- 2019年
- 目的:构建人乳腺癌MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络,预测细胞关键靶点,从凋亡耐药途径观察天花粉蛋白对MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用。方法:通过在线基因银行数(GenBank)筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因;使用STRING进行文本挖掘并构建蛋白质相互作用网络;应用插件Centiscape 2.2实现拓扑分析;基于拓扑分析所得的关键因子,选取Bcl-2基因为研究指标;MTT法检测TCS对MCF-7/PTX细胞的增殖抑制作用,Western Blot检测TCS对MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白表达的影响。结果:通过"GenBank"筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因134个,软件STRING挖掘出MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络包含1194个节点(蛋白质)、19733条边(相互作用关系);插件Centiscape 2.2分析得出关键节点Bcl-2。实验表明TCS对MCF-7/PTX细胞有明显的增殖抑制作用,且随着药物浓度的升高和作用时间的延长,对细胞的增殖抑制率升高,具有时间-剂量依赖性。不同浓度TCS作用于MCF-7/PTX细胞72 h,Bcl-2蛋白的表达下调,且呈剂量依赖性。结论:TCS通过下调MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白的表达来发挥耐药逆转作用。
- 臧传鑫刘瑞娟魏峻玉赵文歌刘存周超孙长岗
- 关键词：蛋白质相互作用网络天花粉蛋白
- 网络药理学与分子对接技术指导下土大黄苷对慢性粒细胞白血病作用机制研究被引量：11
- 2016年
- 目的近年来,蛋白质相互作用网络及分子对接技术成为中药现代化研究领域十分活跃的一部分,逐渐成为链接中药应用与现代化的重要纽带。本研究基于分子对接技术与网络药理学分析,探讨中药大黄活性成分土大黄苷与慢性粒细胞白血病(chronic myelocytic leukemia,CML)相关基因之间的相互作用,寻求土大黄苷作用与CML的可能机制。方法前期研究中构建了CML蛋白质相互作用网络,并筛选了CML关键靶点蛋白,作为本研究的受体;通过软件Chemoffice 8.0构建土大黄苷的分子结构,导入SYBYL软件中,进行一系列数据处理,作为本研究的配体。利用SYBYL 8.1软件的Surflex-Dock模块进行分子对接,用配体-受体亲和力的一致性评分函数进行打分,并对氢键及其结合部位进行观察、分析。进一步对分子对接结果进行文献验证。结果得到土大黄苷与CML19个相关基因之间的分子对接评分及氢键数,其中与JUN(2G01)受体对接得分及氢键数是最高的,说明土大黄苷与JUN(2G01)结合最好,可以推断JUN(2G01)是土大黄苷优先选择的作用受体。其次,得分较高的还有SRC(SRC)、JAK2(5AEP)、MAPK14(2YIX)、FRAP1(3OAW)、MAPK8(3PZE)和PARP1(1U5Y)等。结论大黄活性成分土大黄苷对CML的作用机制是多靶点、多途径相互作用的,其作用受体可能与JUN、SRC、JAK2、MAPK14、FRAP1、MAPK8和PARP1等基因相关。
- 庄静刘丽娟周超刘瑞娟冯福彬孙长岗于金明
- 关键词：网络药理学分子对接慢性粒细胞白血病土大黄苷蛋白质相互作用
