程志远
- 作品数：11 被引量：27H指数：4
- 供职机构：云南农业大学农学与生物技术学院更多>>
- 发文基金：云南省重点新产品开发计划云南省应用基础研究基金云南省现代农业甘蔗产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 基于RNA-Seq技术的甘蔗参考转录组建立及分析被引量：5
- 2015年
- 本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个SSR位点,其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少,CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene,将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast,有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上,对Unigene进行GO和KEGG功能分类,分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。
- 李穆程志远石莹何平王先宏何丽莲李富生
- 关键词：甘蔗RNA-SEQUNIGENESSR
- 大豆根的维管束特异表达启动子及其应用
- 本发明提供了一种大豆根的维管束特异表达启动子，命名为GmPHT1.14。其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，本发明还提供了所述启动子在调控下游基因表达中的应用。通过发根农杆菌瞬时转化系统，用GmPHT1.14启动子...
- 傅永福张晓玫程志远
- 文献传递
- 甘蔗细茎野生种ScNAC1基因的克隆与功能分析被引量：3
- 2015年
- 本研究根据转录组信息从甘蔗细茎野生种(Saccharum Spontaneum)中克隆得到一个抗旱相关的NAC家族基因,命名为Sc NAC1(NCBI accession KP742345)。研究结果显示:该基因包含一个1 212个碱基的开放阅读框,编码403个氨基酸;通过序列比对发现该基因在N端具有保守的NAC结构域,进化树分析显示Sc NAC1属于NAC家族基因的NAP亚家族;通过将Sc NAC1-GFP融合载体转化拟南芥原生质体中,证明Sc NAC1定位于细胞核内;定量PCR检测在甘蔗细茎野生种发育不同时期Sc NAC1对于干旱的响应,发现Sc NAC1在各个时期都受干旱诱导。研究结果可为进一步研究甘蔗干旱响应机理提供参考。
- 程志远李穆石莹何平王先宏何丽莲李富生
- 关键词：甘蔗细茎野生种干旱功能分析
- 甘蔗苗期对干旱胁迫的生理响应研究被引量：3
- 2014年
- 为研究云南6个甘蔗品种苗期对干旱胁迫的响应,确定各品种的抗旱性,采用盆栽试验的方法,在人工控水造成干旱胁迫的条件下,测定可溶性糖含量、游离脯氨酸含量、叶绿素含量、丙二醛含量、水分含量和质膜透性等生理指标。采用模糊隶属函数、系统聚类法对多指标进行综合分析,全面评价6个甘蔗品种的抗旱性。结果表明:‘闽糖69-421’表现出较强的抗旱性,‘新台糖22’和‘桂糖11’表现为中度抗旱性,‘粤糖86-368’、‘滇蔗01-58’、‘粤糖93-159’表现出较弱的抗旱性。
- 何平程志远李穆石莹李富生
- 关键词：甘蔗干旱胁迫生理响应抗旱性
- 割手密2C型蛋白磷酸酶ScPP2C基因的克隆与表达分析被引量：3
- 2019年
- 割手密由于具有抗病、抗虫、抗逆等潜在的有利基因,历来被用于甘蔗的抗性遗传改良。在割手密中克隆编码2C型蛋白磷酸酶(protein phosphatase 2C, PP2C)的基因,并分析其在干旱胁迫下的差异表达。本研究利用RT-PCR方法从割手密叶片中克隆得到PP2C基因的CDS全长序列,利用生物信息学在线软件对PP2C蛋白的理化性质、蛋白结构进行预测分析,并采用实时荧光定量的方法分析该基因在不同干旱处理下的差异表达。结果显示从割手密中克隆到一个全长951 bp编码316个氨基酸的2C型蛋白磷酸酶基因,命名为ScPP2C,GenBank登录号为MG322120。荧光定量分析表明,随着干旱胁迫时间的延长,其表达量呈先上调后下调的表达模式,说明该基因是干旱胁迫诱导型基因。本研究通过挖掘甘蔗野生种割手密中的抗旱新基因ScPP2C,为甘蔗野生种质资源开发利用、转基因抗旱甘蔗新品种的选育提供了参考依据。
- 徐荣曹哲群孟玉申明明程志远何丽莲李富生
- 关键词：割手密抗旱PP2C基因克隆
- 几个甘蔗品种在伸长期对干旱胁迫的响应差异研究被引量：3
- 2014年
- 研究6个云南甘蔗主栽品种新台糖22号、闽糖69-421、桂糖11号、粤糖86-368、粤糖93-159、滇蔗01-58对干旱胁迫的响应差异。采用大棚盆栽和人工控水的方法对6个处于伸长期的甘蔗品种进行干旱胁迫,处理期间调查供试品种株高、茎径、有效茎等形态指标,测定脯氨酸含量、可溶性糖含量、叶绿素含量、净光合速率、气孔导度、蒸腾速率等生理指标。结果表明:综合各种生理指标的模糊隶属函数评价法和系统聚类分析法,是一种较科学的抗性鉴定方法,适用于多个品种之间的比较;生理指标结合形态指标来看,抗旱性最好的品种是新台糖22号和粤糖86-368,适合在云南干旱地区种植。
- 何平程志远李穆石莹李富生
- 关键词：甘蔗干旱胁迫生理响应抗旱性
- 大豆根的维管束特异表达启动子及其应用
- 本发明提供了一种大豆根的维管束特异表达启动子，命名为GmPHT1.14。其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，本发明还提供了所述启动子在调控下游基因表达中的应用。通过发根农杆菌瞬时转化系统，用GmPHT1.14启动子...
- 傅永福张晓玫程志远
- 甘蔗印度种响应干旱胁迫的数字基因表达谱被引量：5
- 2018年
- 本研究以甘蔗印度种的代表品种"春尼"为试材,采用数字基因表达谱(DGE)技术对干旱胁迫后的"春尼"进行差异基因表达分析,共筛选到差异表达基因9 810个,其中上调表达4 687个,下调表达5 123个。GO功能显著性富集分析表明:差异表达基因主要定位于细胞质、质体、叶绿体、类囊体等,主要行使催化活性、氧化还原酶活性、辅因子结合、裂解酶活性等功能,主要涉及小分子代谢、细胞酮体代谢、有机酸代谢、含氧酸代谢、化学刺激应答、非生物刺激应答等生物过程。KEGG显著性富集分析表明:差异表达基因主要涉及植物激素信号转导、RNA转运、次生代谢产物的生物合成、淀粉和蔗糖代谢、泛素化蛋白降解、嘌呤碱代谢等通路。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)分析2个差异表达上调基因在"春尼"的苗期、伸长期、成熟期受干旱诱导的表达情况,结果均为"上调-上调-上调"模式,验证了DGE测序结果可靠、重复性好。
- 李穆李穆程志远何丽莲王先宏
- 关键词：干旱差异表达基因
- 利用高通量测序分析甘蔗的抗旱响应机制被引量：6
- 2015年
- 干旱是一种重要的非生物胁迫形式,农作物产量受干旱影响巨大。甘蔗是一种重要的经济和能源作物,而目前对于甘蔗干旱响应调节过程知之甚少。本研究利用高通量测序技术,对甘蔗品种新台糖22在伸长期的抗旱机理进行研究,发现6 861个上调基因和4 574个下调基因,并发现存在大量差异表达基因参与代谢和响应刺激等生物学过程。另外本研究还发现了一系列参与水分和氧化胁迫响应的基因,并找到许多起调节作用的转录因子和蛋白激酶,最后利用定量PCR证明测序结果的可靠性。
- 程志远李穆石莹何平何丽莲李富生
- 关键词：高通量测序差异表达基因生物学过程定量PCR
- 割手密醛脱氢酶ScALDH基因的克隆与表达分析被引量：4
- 2017年
- 该研究从甘蔗细茎野生种(割手密Saccharum spontaneum)中克隆抗旱相关的基因Sc ALDH,并分析其在干旱处理条件下的表达情况和序列特征。利用RT-PCR技术克隆甘蔗的ALDH基因片段,并对其核苷酸和氨基酸序列进行分析。使用NCBI Blastx、ORF finder、Mega、NCBI Conserved Domain Search等程序对其分别进行不同物种氨基酸比较、开放阅读框(ORF)寻找、进化树及保守序列分析,并用Real Time-PCR分析所克隆基因在干旱胁迫前后的表达差异。结果表明:克隆出甘蔗的ALDH基因片段,总长度为1996bp,其中蛋白质编码区(CDS)全长1524bp,编码508个氨基酸;与其它物种ALDH类蛋白氨基酸序列有很高的同源性,有ALDH家族的保守序列,并含有完整的开放阅读框,系统进化树分析显示与玉米的蛋白质亲缘关系最近;Real timePCR数据表明,在干旱胁迫下,随着干旱时间的延长,该基因的表达量呈持续积累的表达模式。总体上来说,该基因对干旱胁迫显著表达。利用RT-PCR技术克隆的甘蔗ALDH基因,属于ALDH蛋白家族的一员,具有其典型的功能域,该基因在干旱胁迫过程中参与抗旱作用。该研究结果为野生种资源开发、优良抗旱亲本选择和培育抗旱性强甘蔗品种提供了参考依据。
- 申明明程志远陈疏影王先宏何丽莲李富生
- 关键词：割手密基因克隆干旱胁迫REAL
