杨扬 作品数:19 被引量:231 H指数:10 供职机构: 北京市农林科学院玉米研究中心 更多>> 发文基金: 北京市科技计划项目 国家科技支撑计划 北京市农林科学院科技创新能力建设专项 更多>> 相关领域: 农业科学 更多>>
兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建 被引量:12 2020年 为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88%的位点MAF值高于0.30,98%的位点PIC值高于0.30,98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1−Nei遗传距离)的变异范围为0.60~0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50~0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。 田红丽 杨扬 王璐 王蕊 易红梅 许理文 张云龙 葛建镕 王凤格 赵久然关键词:玉米 SNP DNA指纹图谱 芯片 308个糯玉米审定品种SSR标记遗传多样性分析 被引量:14 2022年 随着中国糯玉米产业的蓬勃发展,每年通过审定的糯玉米品种逐渐增多,为了解其育成品种的遗传多样性和亲缘关系,本研究以308个糯玉米审定品种为材料,利用SSR标记从审定年份和适宜种植区2个角度分析近年来糯玉米审定品种遗传多样性特点和发展趋势。结果表明,308份糯玉米审定品种在40个SSR标记上共检测出529个等位基因、1480种基因型,PIC变幅为0.226~0.890,平均为0.684。从审定时间看,各年份间审定品种的遗传多样性指数波动不大,其中2015年审定品种的遗传多样性最高,为0.720。从适宜种植区看,西南区审定品种的PIC值最高,遗传距离分析表明西南区和另外3个适宜种植区有着最远的遗传距离,平均为0.0217;聚类分析结果显示,西南区部分品种聚集为一组,表现出一定的地域特色。聚类分组中以京科糯2000为代表的第Ⅲ组品种数目最多(122个,东南区占比59.0%),且在主坐标图中独立分布,表明优良品种的出现及其杂优模式的推广能够丰富和拓宽品种的遗传多样性,为糯玉米新品种改良提供导向作用的同时推动糯玉米产业的发展。 杨扬 仇律雯 田红丽 易红梅 卢柏山 王璐 范亚明 史亚兴 任洁 葛建镕 徐丽 陆大雷 赵久然 王凤格关键词:糯玉米 审定品种 SSR标记 基于Maize6H-60K芯片精准分型的玉米DH群体遗传规律研究 被引量:3 2022年 为解析玉米双单倍体(doubled haploid,DH)群体的遗传规律,使用自主研发的精准分型策略对‘先玉335’DH群体的Maize6H-60K芯片结果进行筛选校正和解析。结果表明:1)通过剔除单态、杂合、缺失标记,使用精准分型策略对标记准确聚类,获得的18947个SNPs标记覆盖玉米全基因组。2)该群体在10条染色体上平均交换次数为1.84~1.03次,在6号染色体随体区域的交换次数显著减少。3)该群体在1、2、3、8号染色体上存在明显的偏分离现象;通过高频次、高密度的交换,染色体两臂端粒区域理论分离系数表现出回归到50%的趋势。利用获得的重组交换及分离规律可提高从DH群体中筛选到预期育种材料的准确性。 马世鹏 张云龙 段民孝 易红梅 许理文 葛建镕 范亚明 赵怡锟 田红丽 杨扬 霍永学 王凤格 王蕊 李莉关键词:DH群体 基因分型 偏分离 基于农艺及品质性状与SSR标记的青贮玉米品种遗传多样性分析 被引量:8 2021年 青贮玉米是优质饲料作物,对畜牧业的大力发展具有重要意义。为了探究青贮玉米品种的遗传多样性现状,以141个通过国家及各省区(市)审定的青贮玉米品种为材料,基于农艺及品质性状与SSR标记从生态区角度对供试品种进行遗传多样性分析。结果表明,13个农艺及品质性状的变异系数区间为10.30%~30.31%,平均为16.01%;多样性指数区间为0.50~0.71,平均为0.60。农艺及品质性状聚类将供试品种划分为5个组,同一生态区来源的品种多归为同一组。40个SSR标记共检测到482个等位变异,平均每个位点12.05个,多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)变幅为0.27~0.89,平均为0.68。南方品种大部分聚集在同一组,与东华北、黄淮海和西北品种间的遗传距离均较远,分别为0.054、0.047和0.046。两种方法分析结果具有共性,但也存在一定的差异,南方品种在农艺及品质性状和SSR标记上均具有特异性,西北和黄淮海品种仅在农艺及品质性状具有特异性。将两种方法相结合,能更全面、准确的了解青贮玉米品种的遗传背景,为不同生态区新品种选育及推广种植提供依据和参考。 刘少荣 杨扬 田红丽 易红梅 王璐 康定明 范亚明 任洁 江彬 葛建镕 成广雷 王凤格关键词:青贮玉米 审定品种 SSR标记 国家东南区鲜食糯玉米品质及农艺性状与SSR标记遗传多样性分析 被引量:6 2022年 中国东南区是我国鲜食糯玉米的主要生产、加工和消费地区。为了解该区域鲜食糯玉米的品质、农艺性状与简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记遗传多样性,以国家东南区鲜食糯玉米区域试验样品为材料,用分子标记和形态学标记探究该区域鲜食糯玉米不同遗传背景下品质、农艺性状的差异。结果表明,41份供试材料具有丰富的农艺、品质性状变异和SSR标记基因多样性:12个农艺、品质性状的变异系数在1.72%~36.10%之间,平均值为14.06%;40个SSR标记共检测出321个等位基因,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.179~0.866(平均值为0.658);供试材料的基因多样性为0.186~0.877(平均值为0.687)。聚类分析将供试41份材料划分为4个遗传背景不同的组群,以京科糯2000为代表的Ⅰ组产量性状表现优秀,且组内材料数量最多;以苏玉糯5号为代表的Ⅱ组材料数量次多,其组内品种皮渣率较低,含水率也低于其他组别。4个聚类分组在农艺、品质性状上各有特点,根据不同育种需求,选择相应的杂优模式能够有效利用育种资源,从而加速鲜食糯玉米新品种的提优进程。 仇律雯 杨扬 范亚明 田红丽 易红梅 王璐 任洁 葛建镕 王凤格 陆大雷关键词:糯玉米 农艺性状 品质性状 SSR标记 中国玉米品种保护现状分析 被引量:12 2020年 【目的】植物新品种保护制度可以维护育种者的合法权益,推动种子产业化和发展现代种业,进而促进农业发展和保障国家粮食安全。通过分析中国玉米品种保护信息,掌握中国植物新品种保护工作在玉米(Zea mays L.)物种开展情况,并从知识产权角度了解中国玉米种业的现状。【方法】通过品种权公告等资料搜集、整理和校验,将玉米品种保护分为9种状态进行统计,最后汇总为一张表格代表了20年来植物新品种保护的玉米品种信息。【结果】1999-2018年,植物新品种保护接受申请的玉米品种数为7570个,获得授权的玉米品种数为3609个,其中,申请的杂交种与自交系比例为1.33﹕1、授权的杂交种与自交系比例为1.88﹕1。截止到2018年年底,处于申请保护阶段的玉米品种数为3060个,处于授权保护阶段的玉米品种数为2448个,处于撤销申请阶段的玉米品种数为901个,处于终止阶段的玉米品种数为1161个,其中,授权品种的审查时长平均为3.9年。1340个单位或个人作为申请人提交过玉米品种保护申请,其中,种业公司和科研院所分别占65.0%和28.4%;739个单位或个人作为品种权人获得过玉米品种权保护,种业公司和科研院所分别占59.7%和33.9%;申请人和品种权人最多的省份均为北京市,江西省、青海省、西藏自治区、香港、澳门和台湾省没有出现申请人和品种权人。【结论】玉米是中国植物新品种保护申请和授权数量最多的物种。在时间上,玉米品种保护申请的变化趋势分为起步、平稳、井喷3个时期,玉米品种授权的变化趋势分为不稳定、高峰、低谷和稳增4个阶段;在空间上申请人和品种权人主要集中于东北、华北及黄淮海地区。申请和授权的品种类型虽然以杂交种为主,但自交系的重视程度在逐年提升。种业公司是申请人和品种权人的主体,但科研院所的平均授权效率最高。总体上,育 杨扬 田红丽 易红梅 刘亚维 任洁 王蕊 王璐 赵久然 王凤格关键词:玉米 植物新品种保护 品种数 植物品种SSR指纹分析专用软件SSR Analyser的研发 被引量:16 2018年 【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件Gene Marker?的基础上,针对植物品种SSR指纹分析的特殊性,在SSR指纹处理、panel设计、数据库对接等方面进行算法开发或优化,形成植物品种定制化软件SSR Analyser,并在玉米等多种作物上测试其分析效果。【结果】在SSR指纹处理功能上,软件通过先用系统计算的矩阵进行弱消除,再用Pull-up峰匹配算法进行单峰消除的方案实现了对Pull-up峰准确自动消除;通过优化N+1峰、连续多峰等特殊峰型读取的算法,解决了特异峰不识别、读不准、误读等问题,对2 bp重复类型SSR标记为主的植物品种指纹采集更加精准;通过完善邻峰过滤、高低峰过滤和二倍体过滤算法,解决了植物品种混合样品的有效峰采集问题。在Panel设计功能上,软件兼顾了Panel设计的灵活性、方便性和统一性,在保证数据采集标准化的前提下,更加适应复杂的试验情况:提高了标记参数设置的灵活性,根据不同参数作用范围,标记参数设置既有针对特定物种、Panel一次性固定设置的参数,也有针对每个引物位点、每块电泳板单独设定或微调的参数;实现了从已有标记中快速重新组合形成新Panel的功能;保证了Panel的统一调用和同步更新。通过将软件与指纹库管理系统的无缝对接,实现了样品准备到指纹采集全流程的自动化、标准化,形成的指纹库具有直观可追溯的优势。将SSR Analyser在玉米大规模建库中试用,表明该软件的指纹分析更加简单高效,比原软件分析效率提高了10倍以上;将SSR Analyser扩大到水稻、大豆、黄瓜、西瓜、大白菜等多种二倍体作物和小麦、棉花等多倍体作物中试用,表明在二倍体作物上使用效果较� 王凤格 李欣 杨扬 易红梅 江彬 张宪晨 霍永学 朱丽 葛建镕 王蕊 任洁 王璐 田红丽 赵久然关键词:植物品种 SSR DNA指纹 软件开发 混株方案在玉米自交系纯度检测中的可行性 2022年 本研究以‘京724’、‘京2416’、‘MC121’和80份自交系为材料,基于SSR标记探究混株法在自交系纯度检测中的可行性。采用梯度混株法确定适用于纯度检测的最适混株数量,来减少前期样品处理的工作量。结果表明,80份自交系中的异型株大多是同母本杂交种,与亲本有一条共同带型,少数异型株为其他自交系。在9株自交系中混合1株同母本杂交种能够准确地扩增出异源DNA;19株自交系中混合1个其他自交系能够准确扩增出异源DNA。在混合同母本杂交种的混株检测中,异源DNA占比3.3%以下时异型带不能被准确识别,占比5%以下3.3%以上时在1、4、8和9这4对引物可以识别出异型带,占比5%以上时异型带能够被准确识别。此方法可以应用到玉米自交系纯度检测中,满足实际应用中对自交系检测快速准确的需求。 赵紫薇 仇律雯 范亚明 刘少荣 杨扬 葛建镕 田红丽 王凤格关键词:自交系 分子检测 SSR标记 基于叶绿体InDel标记对玉米杂交种正反交的鉴定 被引量:4 2018年 玉米的正反交杂交种在有些表型性状上存在差异,在有些品种中甚至直接影响总体产量。为了避免之前的鉴定正反交方法在取样类型和时间上存在的一定的局限性,本研究以玉米叶绿体基因组Insertion/Deletion(In Del)标记为基础开发引物,使用玉米叶片材料进行检测。结果显示CPMIDP01和CPMIDP03两个位点可分别鉴定玉米杂交种郑单958和京科968的正反交组合,并可组合成效果稳定的二重PCR,从而得到一种对玉米正反交种的快速鉴定方法。此方法可应用于中国主要玉米品种正反交鉴定中,作为核基因组检测的补充,进一步完善品种真实性及品系溯源信息。 王蕊 于倩倩 田红丽 许理文 晏朋涛 易红梅 薛宁宁 葛建镕 董文攀 杨扬 任洁 王璐 周世良 赵久然 王凤格关键词:INDEL 叶绿体 玉米杂交种 毛细管电泳 玉米杂交种纯度鉴定SNP 核心引物的确定及高通量检测方案的建立 被引量:10 2021年 纯度是玉米种子质量的重要指标之一,尤其杂交种自交株是影响田间产量的关键因素。KASP(kompetitive allele specific PCR)技术具有高通量、低成本的优点,适用于种子纯度检测。本研究基于12套杂交种及其父母本的三联体样本及335份玉米杂交种国家审定标准样品SNP指纹,从384个SNP基础位点筛选获得60个候选位点,位点转化为KASP引物的成功率为95%。综合考虑引物双亲互补率、多态性、稳定性和分型效果等多项指标,最终确定20个引物作为玉米杂交种纯度鉴定的核心引物,能够有效鉴定99.7%供试样品纯度。对于待测样品京科968通过SNP-DNA指纹数据库查询,并选择双亲互补型引物进行纯度鉴定。在检测的110个个体中,共检出1个自交苗和2个异型株,纯度为97.3%。同时,基于纯度核心引物对批量样品检测建立高通量纯度检测方案,具有快捷、准确、高通量和低成本的特点,为政府监管和企业提供了更多纯度鉴定方案的选择。 王蕊 施龙建 田红丽 易红梅 杨扬 葛建镕 范亚明 任洁 王璐 陆大雷 赵久然 王凤格关键词:纯度 SNP 玉米杂交种 核心引物