公共文化服务平台

共 6 条记录，以下是 1-6

全选清除导出

排序方式：

基于组合模型的转录调控网络构建算法研究被引量：2: 2018年; 转录调控网络一直是系统生物学和生物信息学领域的一个研究热点。构建转录调控网络为揭示细胞内的生化反应机制提供了重要的手段。目前该领域的研究存在生物数据利用不充分,基因转录调控网络构建精度低等问题,尤其是在比较大的数据集上。针对以上问题,充分利用基因表达数据、基因序列数据和基因注释数据,提出了基于深度自编码器的XGBoost和逻辑回归组合模型DAXL(combined model with XGBoost and logistic regression based on deep Auto Encoder)。最后,在拟南芥数据集上进行了实验,结果表明DAXL方法提高了转录调控网络的预测精度,并且较对比方法优势明显。; 刘晓燕张诚诚郭茂祖邢林林; 关键词：转录调控网络逻辑回归

基于加性噪声模型的基因调控网络构建算法被引量：1: 2015年; 为在统计推断方法通过相关性来筛选基因对时,能够体现调控关系的因果性,受因果定向算法能够有效定向调控关系的启发,将加性噪声模型与因果定向算法相结合,用基于加性噪声的定向算法度量因果关系的程度,提出了一种基因调控网络构建的算法.该算法首先将加性噪声模型的因果定向算法扩展为一个特征选择算法,并通过建立调控因子集合与每个基因间的加性噪声模型来选择基因的调控因子.在DREAM5的3个数据集上的实验结果显示,结果比其他算法有明显提升,该算法可有效构建基因调控网络.; 王春宇宋建春郭茂祖邢林林刘晓燕; 关键词：基因调控网络

进化树构建算法的研究与改进: 进化树又称为系统发生树,是表示生物体之间遗传关系的树形结构。一棵包含全部物种的进化树可以被称为生命之树,描述了地球上所有物种的进化关系。构建出一棵高质量的进化树,不仅仅有利于了解自然选择的机制、生物体进化历史,推演生物进...; 邢林林; 关键词：进化距离

水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建方法: 2018年; 组织特异的基因表达和蛋白质相互作用是研究基因调控、蛋白质功能、细胞过程的重要部分.相较于其他模式生物在蛋白质相互作用研究方面的进展,高等模式植物水稻中组织特异性蛋白质相互作用的研究十分缺乏.因此,提出了一种用于水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建的计算方法.该方法主要包含三部分:第一,在统一标准下融合多数据识别组织特异的基因;第二,提出了新的同源映射方法,并集成6种模式生物相互作用数据构建和评估目标物种蛋白质相互作用网络;第三,构建不同组织的蛋白质相互作用子网,并筛选高可靠的蛋白质相互作用.为了验证方法的有效性,构建并分析了水稻首个组织特异的蛋白质相互作用网络(PTSN4R:Predicted Tissue-Specific Network for Rice). PTSN4R包含了水稻23个组织的组织特异基因及对应的组织特异蛋白质相互作用子网,为分析组织特异的基因表达和蛋白质相互作用提供了便利条件. PTSN4R有助于理解水稻的生长调控机制,为水稻增产提供线索.同时,提出的方法能够方便的应用到其他物种,促进组织特异的蛋白质相互作用网络的研究.; 邢林林郭茂祖刘晓燕刘晓燕; 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用

基于多基因互作信息的生物网络构建算法研究: 生物的生长发育、形态、对内外部环境的响应均受到生物内在的复杂生物网络控制。在基因层面上，基因调控网络反映了生物系统中各类元件在基因层面的相互作用关系。基因调控网络重构的研究对人们解析复杂性状的遗传构成和调控机制起到重要的...; 邢林林; 关键词：基因调控网络差异表达基因贝叶斯网络

一种新的DNA序列进化距离的修正方法: 2012年; 进化树是推演生命历史的一个重要工具。在构建进化树的所有算法中,基于进化距离的算法是其中研究的重点。但是,这一方法较为严重地依赖着距离矩阵的质量。人们开发了多种基于生物事实的进化模型来改进距离矩阵的构建过程,很大程度上提高了进化距离的准确性。同时,也提出了许多方法来检测距离矩阵的质量。文中提出了基于模型的距离以及p距离,采用一种组合的新距离的方式来构建距离矩阵。同时采用直接检测距离矩阵的统计学计分方法以及构建进化树,对比实验结果表明文中的方法实用且有效。; 邢林林郭茂祖王娟; 关键词：距离矩阵进化距离

全选清除导出

共1页<1>

邢林林