谢军民
- 作品数：6 被引量：7H指数：2
- 供职机构：天津师范大学化学与生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市科委基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生更多>>
- 分子亲脂-亲水性的量子化学描述 II.氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标被引量：2
- 2006年
- 在启发式亲脂势HMLP(heuristicmolecularlipophilicitypotential)的基础上提出了分子、分子片段和原子的亲水指标和亲脂指标.计算出了20个天然氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和亲水、亲脂表面积,并用线性自由能函数表达氨基酸侧链的溶剂化自由能,?Gsol,=b0+b1Li+b2Hi+b3Si+b4Si.应用线性自由能函数和氨基酸侧链的亲水和亲脂!+-i指标,计算了20个氨基酸残基的3种相转移自由能(蒸气-水、蒸气-正辛醇、正辛醇-水)和正辛醇-水分配系数logPow,取得了与实验值高度一致的良好效果.HMLP的亲水和亲脂指标是HMLP的指标化,扩展了这一方法的使用范围.氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和线性自由能函数有望用于生物大分子受体与配体的结合自由能的估算、蛋白质的结构与功能、蛋白-蛋白相互作用和识别的研究.
- 杜奇石刘朋军孙浩李大鹏谢军民
- 关键词：生物信息学
- 氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用被引量：1
- 2005年
- 用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献.研究发现,20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同.氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类型蛋白质的结构特征,有深刻的物理和化学的内在原因.我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测,对4种类型的蛋白质都取得了满意的结果.使用LOO(leaveoneout)检验法,4种类型蛋白质的预测正确率分别为:76.9%(α型)、96.7%(β型)、82.2%(α/β型)和78.3%(α+β型),204个蛋白质的整体正确率为84.3%,高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法.
- 谢军民杜奇石王树青李大鹏孙浩
- 关键词：氨基酸蛋白质结构生物信息学
- 基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV M^(pro))多肽类抑制剂研究被引量：1
- 2006年
- 用冠状病毒基因解析软件系统ZCURVE_CoV 2.0,从SARS冠状病毒(TOR2,NC_004718)的RNA基因序列出发,搜索出含有SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV Mpro)真实剪切位点的11个八肽,运用分子叠合和分子对接的方法,对11个八肽进行了分析,证明这11个八肽有相似的活性,而且11个八肽中,op4的活性最高.分析认为,op4有望成为抗SARS药物的理想前体.
- 孙浩李大鹏谢军民杜奇石
- 关键词：SARS多肽
- SARS冠状病毒主蛋白酶可切割多肽的搜索与生物信息学的应用被引量：1
- 2004年
- 用新近发展的冠状病毒的基因解析软件系统ZCURVE -CoV 1 .0和ZCURVE -CoV 2 .0(http ://tubic .tju .edu .cn/sars/)分析了基因库 (NCBIRefSeqproject)中的 2 7个不同来源的SARS冠状病毒的RNA基因序列 ,找出了主蛋白酶 (CoVMpro)在聚蛋白pp1a和pp1ab中的 2 97个酶切位点 .在此基础上确定的 1 1个SARS冠状病毒主蛋白酶的可切割八肽 .这些八肽都含有SARSCoVMpro 的真实切割点 ,因而是发展SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的适宜出发点 .计算了可切割八肽在特异性位点R2、R1、和R1上的氨基酸的分布概率 ,发现位点R4和R3也有一定的特异性 .分析了这些位点上的氨基酸的结构特征 ,找出了最有希望成为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂的两个八肽NH2 -ATLQ↓AIAS-COOH和NH2 -ATLQ↓AENV -COOH ,并探讨了对可切割八肽作化学修饰的思路 ,为SARSCoVMpro的多肽类抑制剂和非肽类抑制剂的设计提供了基础 .同时把生物信息学用于药物开发 。
- 孙浩杜奇石王树青谢军民李大鹏
- 关键词：SARS抑制剂
- 二氯三苯基磷的能量、红外及拉曼光谱、化学位移和耦合常数的量子化学研究
- 2007年
- 采用密度泛函理论(DFT)B3LYP/6-31G**方法研究了二氯三苯基磷在分子势能超曲面上的4种稳定结构,计算了结构Ⅰ-Ⅳ的能量、红外及拉曼光谱、原子的化学位移和耦合常数,并作了频率分析,确认存在离子态的四配位磷化合物和三角双锥型的五配位磷化合物.结构Ⅰ,Ⅲ,Ⅳ是能量的最低点,没有虚频,结构Ⅱ有一个虚频,是一鞍点的过渡态,鞍点结构具有Cl—P—Cl三重轴,3个苯环共平面,结构Ⅲ也有Cl—P—Cl三重轴,苯环呈扭曲螺旋状,能量最低,结构Ⅰ呈离子态、松散状结构,结构Ⅳ呈尖塔状,苯基取螺旋型,为四配位闸型结构,是一复杂的电荷转移体.
- 谢军民孙浩李大鹏杜奇石
- 关键词：NMR
- 甲烷水合物(可燃冰)结构-I的分子间势能的量子化学研究被引量：2
- 2005年
- 采用Hartree-Fork,4种DFT(BLYP,B3LYP,MPW1PW91,SVWN5)和MP2方法研究了甲烷水合物结构-Ⅰ的氢键和范德华能.甲烷分子取HF/6-31G(d,p)优化构型,水分子选用ST2模型.水分子间的氢键能Ebb(l)和甲烷-水分子间的范德华能Evdw(l)作为正十二面体边长l的函数,用HF/6-31G(d,p)和4种DFT方法做计算,保持水分子和甲烷分子的构型不变,在几个关键点上选用MP2方法做了计算.计算中选用6-31G(d,p)基组,分别用完全平衡校正和不完全校正法进行校正,这两种方法给出了基组重叠误差(BSSE)的上限和下限.DFT/B3LYP方法计算的氧-氧距离Ro-o=0.280 nm和碳-氧距离Rc-o=0.392 nm最接近于实验值0.282 nm和0.395 nm.所有计算方法(HF,DFT,MP2)都表明,甲烷水合物结构-Ⅰ是一个由超强氢键(30～36 kJ/mol)组成的稳定结构,其氢键能远大于水分子二聚体和冰Ⅰ4晶格中的氢键能((-22.6±2.9)kJ/mol和(-21.7±0.5)kJ/mol).这些数据为气体水合物的Lennand-Jones和Kihara势能函数提供了基本参数,可用于气体水合物的分子动力学模拟.
- 李大鹏谢军民孙浩王树青杜奇石
- 关键词：甲烷水合物可燃冰势能函数量子化学基组重叠误差
