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张京芬: 作品数：12 被引量：30H指数：2; 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家科技攻关计划中国科学院知识创新工程更多>>; 相关领域：医药卫生生物学文化科学自动化与计算机技术更多>>

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基于质谱技术的计算蛋白质组学研究被引量：26: 2006年; 蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象,蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质.生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据;而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求,如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析,以及疾病模式的发现等.本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题.; 孙瑞祥付岩李德泉张京芬王晓彪盛泉虎曾嵘陈益强贺思敏高文; 关键词：质谱技术蛋白质鉴定生物信息学

一种质谱数据处理中噪音基线识别方法: 本发明公开了一种基于统计方法的质谱中噪音基线识别方法。该方法，包括步骤：1)按照谱峰强度分布性质将质谱谱峰至少分成两类；2)对上一步骤中的不同类别的谱峰分别计算其强度的分布参数；3)用谱峰类别的强度分布参数来刻画广义的噪...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析被引量：4: 2003年; SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体,它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成。然而它的起源仍是一个谜为了探寻SARS冠状病毒的来源,基于FDOD(function of degree of disagreement)方法,对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较,构造出种系进化无根树。结果表明,这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属,但它们位于两个不同的进化分支上。冠状病毒属中的3个组被准确地重构。根据得到的结果,推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒。根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系,推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支,这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。; 齐震狐昱李蔚陈燕俊张治华张治华孙世伟卢宏超张京芬卜东波凌伦奖; 关键词：SARS冠状病毒传染途径

基于质谱数据同位素模式的质谱有效峰选取方法: 本发明公开了一种基于质谱数据中呈现的同位素模式来提取质谱中有效的离子单同位素峰的方法。该方法步骤包括：1)确定质谱的噪音基线；2)有效峰的特征选取；3)计算谱峰的由步骤2)中所选择的各个特征对应的取值；4)从序列已知的质...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

一种质谱质量测量误差的预测方法: 本发明公开了一种质谱质量测量误差的预测方法，包括如下步骤：步骤一，将物质的测量误差分解为系统误差与随机误差；步骤二，在质谱中计算样本点的测量误差，样本点包括质谱中的离子、离子之和或者离子之差；步骤三，使随机误差的目标函数...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

一种质谱数据处理中噪音基线识别方法: 本发明公开了一种基于统计方法的质谱中噪音基线识别方法。该方法，包括步骤：1)按照谱峰强度分布性质将质谱谱峰至少分成两类；2)对上一步骤中的不同类别的谱峰分别计算其强度的分布参数；3)用谱峰类别的强度分布参数来刻画广义的噪...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

基于质谱数据同位素模式的质谱有效峰选取方法: 本发明公开了一种基于质谱数据中呈现的同位素模式来提取质谱中有效的离子单同位素峰的方法。该方法步骤包括：1)确定质谱的噪音基线；2)有效峰的特征选取；3)计算谱峰的由步骤2)中所选择的各个特征对应的取值；4)从序列已知的质...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

蛋白质鉴定中串联质谱数据预处理的算法研究: 当前蛋白质鉴定的研究中，通过串联质谱鉴定多肽序列从而鉴定蛋白质是最广泛使用的技术。实验中，从色谱中分离出来的多肽经过CID过程被裂解成碎片离子，这些离子的质量/电荷比值(m/z)被质谱仪器检测到，形成串联质谱。采用数据库...; 张京芬; 关键词：生物信息学蛋白质鉴定串联质谱数据预处理; 文献传递

一种质谱质量测量误差的预测方法: 本发明公开了一种质谱质量测量误差的预测方法，包括如下步骤：步骤一，将物质的测量误差分解为系统误差与随机误差；步骤二，在质谱中计算样本点的测量误差，样本点包括质谱中的离子、离子之和或者离子之差；步骤三，使随机误差的目标函数...; 高文张京芬贺思敏; 文献传递

在美国做博士后的点滴体会: 2011年; 回想我2001年决定考博、进入计算所的生物信息学研究组读博士，2006年毕业后又决定去美国密苏里大学计算机系做博士后，在美国工作了四年，真心希望我的一些经验能对后来人有所帮助，那也是值得欣慰的一件事情了。; 张京芬; 关键词：博士后信息学研究计算机系