吴晓林
- 作品数：76 被引量：319H指数：12
- 供职机构：湖南农业大学更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金中捷政府间科技合作项目长沙市科技计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学经济管理自动化与计算机技术更多>>
- 牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响被引量：3
- 2019年
- SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P>0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P<0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P<0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。
- 李智何俊何俊Richard G.Tait Jr.蒋隽过伟吴晓林
- 关键词：基因型分型检出率错误率
- 计算机技术在畜牧业中的应用(综述)被引量：8
- 1998年
- 吴晓林
- 关键词：蓄牧业计算机应用
- 用混合模型定位一个复杂家猪家系13号染色体QTL的研究被引量：5
- 2002年
- 用混合模型方法 ,分析了一个复杂家猪家系 13号染色体上微卫星座位与数量性状间的相关性 ,结果发现 ,该家系猪 13号染色体上存在一个显著影响屠宰重和日均屠宰重的QTL。区间定位将该QTL定位到SW1898～SW398标记内 ,相对位置估计为 ρ =0 .5 2± 0 .36 ,在遗传连锁图上的平均位置为 75 .19cM。该QTL对于屠宰重的加性和显性效应分别为 1.31± 0 .5 5kg和 1.95± 0 .80kg ,对于日均屠宰重的加性和显性效应分别为 0 .0 18± 0 .0 0 7kg d和 0 .0 12± 0 .0 0 7kg d。估计的屠宰重和日均屠宰重QTL方差分别 0 .90 37和 0 .0 0 10。该区域实际上是测夹PIT1基因的区域 ,PIT1基因是生长激素、催乳激素、促甲状腺激素 β亚基的一个重要的转录调节因子 ,为PIT1基因作为重要的生长QTL提供了一个有利的旁证。由此推论 ,PIT1对于生长的影响不只是早期的 ,可能延续至个体生长发育的全过程。此外 ,13号染色体上可能存在一个背膘厚QTL ,相距屠宰重QTL约 2 8.3～ 6 3.4cM ,不确定因素是标记 -性状相关在世代间存在差异。
- 吴晓林施启顺柳小春彭英林蒋隽杨仕柳肖兵南
- 关键词：混合模型家猪连锁图QTL13号染色体
- 开放核心群育种体系(ONBS)研究 Ⅳ.家禽ONBS的育种效果:线性趋势与群体方差
- 1998年
- 对引进的祖代Ｘ褐壳蛋鸡的Ｂ系以及复制Ｂ′系自１９９１到１９９５年有关数量性状进行了线性趋势分析，并通过ＭＩＶＱＵＥ法估计了方差组分．结果表明，开放核心群育种体系复制模板群体具有较好的效果，并且可以通过开放的基因流入获取模板群体的育种进展，单位遗传进展的费用最低，因此，在中国目前国情下是培育和维持具国际水准工业化家禽品系的一个理想的育种方法．连续世代的群体方差表现出多样化的变化趋势．遗传方差并非都随选择而减少，上向选择在最初世代可能有利于群体变异的增加．
- 吴晓林施启顺柳小春柳小春
- 关键词：卵用鸡开放核心群育种体系遗传方差
- 动物基因组选配方法与应用被引量：5
- 2019年
- 基因组选择(genomic selection,GS)是利用覆盖基因组的分子标记预测动物个体的估计育种值,可以提高选择的准确度和选择强度,缩短世代间隔,做到早选、准选,使动物育种发生了巨大变革。过去的10多年间,基因组选择技术应用于奶牛等动物的育种中,使种用动物的选择更为准确,遗传进展得到大幅提高。但基因组选择通常重视目标性状的遗传进展,而忽略了配种亲本个体间的遗传关系,因此也没有考虑到后代群体中近交程度的增加、遗传多样性的降低以及有害基因的纯合等问题,因此难以维持长期的遗传进展。2016年,一种具有可持续性的遗传选择方法被正式提出,称为基因组选配(genomic mating,GM)。该方法利用待选种用个体的基因组信息实施优化的选种和选配,可以控制群体近交的增长速率,实现长期且可持续的遗传进展。因此基因组选配方法比基因组选择的方法更适合于现代动物育种,尤其适用于地方品种的保护和遗传改良。本文综述了基因组选配的基本概念、方法和应用,并通过模拟的方法比较了6种选配方案的选择效果,旨在为动物育种方法的应用提供参考。
- 何俊Fernando B.Lopes吴晓林
- 奥特曼模型在我国农业上市公司财务危机预警中应用的探讨被引量：4
- 2008年
- 本文研究奥特曼模型在实际中的应用,奥特曼模型是美国纽约大学商学院奥特曼教授1968年提出的,这一模型的提出,奠定了多变量财务模型的理论基础。奥特曼模型提出后得到了广泛应用,实际证明它具有一定适用性,但不同行业的临界值有所不同。本文研究的基础是我国的51家农业上市公司,考虑到上市公司陷入财务危机以后对证券市场乃至整个社会的巨大影响及研究数据收集方面的问题,本文从普通投资者角度出发,利用公开披露的信息研究公司财务危机的可预测性。文章研究的主要目的是研究奥特曼模型对我国农业上市公司的有效程度,以便为我国农业上市公司财务预警模型提供有效的服务。
- 袁康来吴晓林
- 关键词：财务危机预警
- 约束标准化线性回归法估计合成品种动物基因组品种构成
- 2020年
- 【背景】合成品种是由至少两种纯种(祖先)培育的新品种,旨在兼顾祖先品种的有利遗传特征,并且可以长期保持后代的杂种优势而不需要每个世代都杂交。合成品种的遗传稳定,不同于杂交群体,因而可以像纯种一样繁育。实践中,估计合成品种的祖先品种对每个动物个体基因组的遗传贡献比例,即基因组品种构成(genomic breeding composition,GBC),在畜禽品种登记、品种培育历史和品种构成分析、品种保护和杂交优势预测等方面有着非常重要的意义。利用基因组SNP基因型数据,采用合适的数学模型和统计方法,可以鉴定现有纯种品种的动物个体或纯种品种在杂交个体基因组的遗传贡献比例,而估计合成品种GBC的方法和研究都较少。【目的】线性回归是估计GBC的常用方法之一,但也存在诸多的问题。本研究旨在提出和评估一种约束的标准化线性回归方法(restricted standardized linear regression,RSLR),作为传统线性回归方法的改进方法,应用于估计合成品种动物个体的GBC。【方法】采用肉牛王牛(Beefmaster)及其3个祖先品种(婆罗门牛、海福特牛和短角牛)的GGP 50K SNP芯片所测定的基因型数据,通过计算其基因频率和欧氏距离,利用层次聚类分析方法解析了4个动物群体的遗传关系,然后提出了RSLR方法,估计合成品种动物个体GBC的原理和方法。为了检验该方法的估计效果,从基因型数据中选择了均匀分布的分别包含1000、5000、10000、20000、30000、40000个SNP以及3个祖先品种共有的47900个SNP的7个子集,分别采用RSLR和传统线性回归(linear regression,LR)两种方法估计了4323头肉牛王牛的GBC,并比较了两种方法的计算结果。【结果】聚类分析的结果与4个品种间的遗传关系相吻合,表明肉牛王牛与婆罗门牛的遗传关系最近,遗传距离小于其与海福特牛和短角牛的遗传距离。LR方法估计的GBC会低估婆罗门�
- 何俊李智吴晓林
- 对家鸡血清酯酶发育调控的初步研究被引量：1
- 1999年
- 采用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳方法跟踪测定了 １０ 羽优黄 ３８０ 商品蛋鸡血清酯酶的遗传表现型，结果表明：血清酯酶（ Ｅｓ１）的遗传表达具有明显的发育阶段差异性，开产前均为有带类型，并表现出遗传多态现象，开产后 Ｅｓ１ 酶带消失，表现为无活性 Ｏ 型⒚对 Ｉ Ｓ Ａ Ｂ３８０ 父母代 Ｃ Ｄ 母鸡的扩大抽样测定结果验证了上述的结论⒚由此我们推测，母鸡产蛋期 Ｅｓ１ 区无活性“ Ｏ 型”可能是基因表达在不同发育阶段调控（抑制）的结果，因此不存在“ Ｅｓ１基因座位上决定 Ｏ 型的等位基因 Ｅｓ１ｏ ⒚ Ｅｓ１ 基因在开产前处于转录活跃状态，开产后基因转录就被抑制，以维持产蛋期母鸡体内所需较高的血脂水平⒚母鸡血清酯酶表达发育遗传学规律可能广泛存在于家禽各种群体之中⒚如果该推测成立的话。
- 吴晓林肖千钧蒋隽施启顺柳小春
- 关键词：酯酶发育遗传学遗传多态性
- BASIC和VISICALC连接综合评定长沙黄鸡杂交组合的研究
- 1990年
- 用长沙黄鸡作母本,外来鸡作父本进行杂交,筛选出能保持长沙黄鸡“三黄”特征,且在生长速度和饲料报酬上有较大改进的杂交组合,是开发利用长沙黄鸡品种资源的一个重要方面。为了开发电子计算机在家禽育种的应用领域,我们用电子报表软件VISICALC与BASIC语言配合,设计了一个新型的综合评定鸡杂交组合的汉字程序。采用简化综合选择指数作为杂交组合的评判标准,本研究结果表明实验的三个杂交组合中,海佩科与长沙黄鸡的杂种一代鸡具有最佳的综合杂种优势。杂种黄鸡的生产缩短了饲养周期,提高了饲料效率和经济效益,利于满足人们对于黄羽肉鸡的需要。
- 吴晓林孟千湖项可宁
- 关键词：长沙黄鸡杂交计算机
- 商品代长沙黄鸡的性能测定与分析
- 1990年
- 在同批同条件饲养的800只商品代长沙黄鸡中随机选定100只(公母各50)进行测定。测定的项目有各周龄体重、每日耗料量、70日龄和90日龄的屠宰率、成活率等,并且做了生长曲线分析。商品代长沙黄鸡在7～8周龄增重最快。90龄体重为1800.35克、料肉比2.82:1,半、全净膛率分别为84.04%和72.31%。90日龄体重与早期各周生长体重的表型相关随日龄增加而增大,初生重与早期各周龄生长体重的表型相关随日龄增大而减小。初生重对于上市体重没有影响。
- 吴晓林项可宁孟千湖罗柏林
- 关键词：长沙黄鸡
