刘文平
- 作品数：7 被引量：7H指数：2
- 供职机构：华南理工大学生物科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 采用分子动力学模拟探究VWF-A1突变体G561S的亲和力变化机制被引量：3
- 2015年
- 目的探究血管性血友病因子(von Willebrand factor,VWF)突变体G561S下调VWF-A1与其配体亲和力的分子机制。方法分别构建2M型突变体G561S-A1(功能减弱型)、WT-A1(野生型)和2B型突变体R543Q-A1(功能增强型)3个分子系统。G561S-A1突变体采用将野生型A1结构的Gly561替换为Ser561的方式构建,WT-A1与R543Q-A1晶体结构取自蛋白质数据库(protein data bank,PDB)。利用自由分子动力学模拟方法对比分析WT-A1、G561S-A1、R543Q-A1三者构象的改变、柔性的变化以及氢键/盐桥的形成与演化。结果 G561S突变通过降低A1结构域α2螺旋的柔性,并增强N末端与body区的相互作用从而减弱其与配体GPIbα的亲和力,R543Q功能增强型突变体则启动了一条相反的调节路径。结论局部动力学性质的改变是A1亲和力调控的潜在机制,研究结果有助于针对激活的A1结构域的变构药物设计以及相关抗血栓药物的研发。
- 李红刘文平刘广建吴建华方颖
- 关键词：血管性血友病因子分子动力学
- 整合素αvβ3与纤连蛋白FN复合物的解离动力学模拟
- <正>整合素αvβ3(integrinαvβ3)与纤连蛋白FN(fibronectin)之间的相互作用,在多种肿瘤细胞的恶性转移过程中起到至关重要的作用。αvβ3和FN的键合和解离,受到血流剪应力环境的调制。揭示其中的力...
- 李趣欢方颖刘广建刘文平吴建华
- 文献传递
- 采用分子动力学模拟方法探究Ca2+对VWF-A2结构域稳定性的影响被引量：4
- 2018年
- 目的探究Ca^2＋对VWF-A2结构域稳定性的影响。方法 A2和A2/Ca^2＋的晶体结构取自PDB数据库。通过恒力拉伸分子动力学模拟,比较分析Ca^2＋结合引起的构象变化、解折叠路径的差异以及酶切位点的暴露程度。结果 A2结构域的解折叠路径和酶切位点的暴露过程是力依赖的。Ca^2＋结合不影响A2结构域的前期解折叠,但由于α3β4-环链局部构象重排所致柔性降低,约束了β1-β4-β5片层的运动,导致进一步解折叠受阻而停留在中间稳态,影响酶切位点的充分暴露。结论力可诱导A2结构域中β5片层的解折叠使酶切位点暴露,而Ca^2＋的结合则通过稳定疏水核心结构,阻碍酶切位点的暴露,最终降低ADAMTS13的酶切效率。研究结果有助于加深对ADAMTS13酶切VWF-A2结构域进而调控VWF止血能力过程的理解,并为相关抗血栓药物设计提供指导。
- 谢旭斌刘文平吴建华方颖
- 关键词：血管性血友病因子分子动力学模拟解折叠
- 力学信号介导的ERM蛋白激活
- 刘文平方颖吴建华
- 整合素αvβ3与纤连蛋白FN复合物的解离动力学模拟
- 整合素αvβ3(integrinαvβ3)与纤连蛋白FN(fibronectin)之间的相互作用,在多种肿瘤细胞的恶性转移过程中起到至关重要的作用。αvβ3和FN的键合和解离,受到血流剪应力环境的调制[1]。揭示其中的力...
- 李趣欢方颖刘广建刘文平吴建华
- 关键词：整合素肿瘤细胞转移解离过程
- 文献传递
- 分子动力模拟法识别GPVI和10B12界面上的关键氨基酸残基
- 2013年
- 血小板上免疫球蛋白样受体GPVI与血管内皮下胶原的结合是血小板激活和稳定粘附的中心环节,单克隆抗体10B12因能抑制GPVI与胶原的结合而受到关注。为识别GPVI/10B12上的关键残基,作者提出了一种结合同源模建、刚性对接和分子动力学模拟的计算方法,通过观察系统平衡和自由分子动力学模拟过程中GPVI/10B12复合物结合面上氢键和盐桥的形成和演化,分析计算它们的生存率,最后引入残基相互作用指数RII来度量参与相互作用残基的重要性。计算结果被突变实验证实有很高的准确度和特异性。说明RII的计算机策略能很好地检测和预报结合面的关键残基。
- 周慧云刘文平刘广建方颖吴建华
- 关键词：GPVI同源模建分子动力学模拟
- 力经PSGL-1介导ERM蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点的暴露被引量：1
- 2016年
- 炎症反应阶段,P-选择素糖蛋白配体1(PSGL-1)与埃兹蛋白/根蛋白/膜突蛋白(ERM)的结合在招募脾酪氨酸激酶(Syk)并促进白细胞激活中发挥了重要作用.文中通过晶体结构分析发现,位于ERM蛋白非传统的免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM-like)上的两个磷酸化位点(Y191和Y205)周围存在较大的空间位阻,这将阻碍其被Src家族激酶酪氨酸磷酸化继而招募Syk的过程.文中用拉伸分子动力学模拟的方法模拟力学环境下PSGL-1与根蛋白FERM结构域的相互作用,构象分析和残基溶剂可及表面积的变化都表明,经由PSGL-1传导的力学信号可以介导根蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点Y205的暴露.文中结果揭示了一条经由PSGL-1胞内域激活Syk的力学信号通路,并且在原子层面上对PSGL-1/ERM/Syk之间的相互作用给予了阐释.
- 吴建华邝晓敏刘文平方颖
- 关键词：SYK
