马文财
- 作品数：6 被引量：4H指数：2
- 供职机构：北京理工大学机械与车辆学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生机械工程更多>>
- 利用癌功能类从癌基因组突变谱中识别癌基因
- 2008年
- 从大规模癌样本基因突变扫查数据中识别癌基因具有重要的意义.一些重要功能的改变对于癌的发生发展是必需的,因此将它们定义为癌功能类,并从GO(Gene Ontology)中选择一组显著富集已知癌基因的细致功能类来代表它们.为了评价以癌相关功能类作为特征识别癌基因的效果,将已知的蛋白激酶癌基因定义为阳性金标准,而将其他的蛋白激酶基因定义为阴性金标准.结果表明,与利用选择压力作为特征的方法比较,利用癌相关功能类作为特征的方法可以更有效地识别癌基因.进一步结合癌相关功能类与基因非同义突变个数可以产生更可靠的预测结果.最后,将46个注释到癌相关功能类并且其非同义突变个数至少为3的蛋白激酶基因预测为癌基因,预测精确率达到0.42.
- 李彦辉郭政彭春芳刘庆马文财王靖姚晨张敏朱晶
- 关键词：突变谱癌基因GENEONTOLOGY蛋白质功能
- 根据蛋白质互作网络预测前列腺癌相关蛋白质的细致功能
- 2008年
- 对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质,提出了一种基于Gene Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究前列腺癌的分子机制具有重要的价值。
- 李彦辉马文财郭政龚雪张敏姚晨王靖
- 关键词：前列腺癌蛋白质功能蛋白质互作网络GENEONTOLOGY
- 调节片关键特征尺寸偏差的分析与预测
- 2016年
- 为了分析加工过程中误差对调节片质量的影响,基于调节片设计和工艺要求,以关键特征为载体,提出了分析和预测调节片误差的方法和流程。在定义误差源的基础上,确定了静态误差源与尺寸偏差的关系,建立了误差模型。在此基础上,定义了调节片关键特征,并分析了关键特征随工序的变化过程。采用旋转平移等变换方法,在UG中实现了调节片尺寸偏差的定量预测。最后,给出了尺寸偏差分析与预测的流程,对零件加工过程中质量控制具有指导意义。
- 马文财卢继平樊红丽何美琪
- 关键词：尺寸偏差
- 通过多功能基因研究疾病的功能协同机制
- 复杂疾病的产生往往是多个功能协同失调造成的，而并非仅仅涉及到单个功能或者孤立的几个功能。通过研究功能的协同在疾病发生发展中的作用，可以极大地帮助我们理解疾病的机制。随着大量疾病基因及其功能被鉴定出来，人们能够从功能组学的...
- 马文财
- 关键词：基因本体论疾病基因癌症
- 根据蛋白质互作网络预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能被引量：2
- 2007年
- 乳腺癌是最为常见的恶性肿瘤之一。已有的关于乳腺癌相关蛋白质的功能注释比较宽泛,制约了乳腺癌的后续研究工作。对于已知部分功能的乳腺癌相关蛋白质,提出了一种结合Gene Ontology功能先验知识和蛋白质互作的方法,通过构建功能特异的局部相互作用网络来预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能。结果显示该方法能够以很高的精确率为乳腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究乳腺癌的分子机制具有重要的价值。
- 王靖李彦辉郭政朱晶马文财彭春方刘庆
- 关键词：乳腺癌蛋白质功能基因本体
- 通过蛋白质互作网络预测已知部分功能的蛋白质的精细功能被引量：2
- 2007年
- 基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括:(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.
- 李彦辉郭政马文财杨达王栋张敏朱晶钟国才李永进姚晨王靖
- 关键词：GENEONTOLOGY基因功能
