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中国沿海鯻科鱼类DNA条形码研究及新记录种三线鯻分类地位探讨被引量：7: 2017年; 鯻科鱼类是广泛分布于印度-西太平洋常见经济鱼类,由于不同物种间外部形态较为相似,且种内有一定变化,物种鉴定存在一定困难。为明确中国鯻科鱼类的分类地位,对中国鯻科鱼类进行了详细的形态计测,并测定了3属共62 ind鱼类COI基因5’端652 bp COI序列,结合Gen Bank中三线鯻3个地点9条序列,发现我国除已报道的3属4种鯻科外,新发现目前仅见于广东的三线鯻,是中国鯻科鱼类的新纪录。在基于Kimura-2-paramter的邻接树上,5种鯻科鱼类均独立成支。种间遗传距离18.34%(15.9%~20.1%)约为种内遗传距离0.72%(0.1%~2.7%)的24.93倍,形成较为明显的条码间隙。三线鯻可按地理来源分为西太平洋和印度洋-地中海2个谱系,具有明显的谱系结构和地理结构;谱系间遗传距离为5%(0.2%~5.6%)为谱系内遗传距离0.85%[谱系A为0.6%(0~1.7%),谱系B为1.1%(0.2%~5.6%)]的5.88倍,谱系间与谱系内遗传距离倍数略低于大多数物种(种间是种内遗传距离10倍),但远高于其种内遗传距离一般小于2%的范围。同时,鯻科内种间在形态上存在诸如侧面体型细长扁平或肥厚、臀鳍是否带隐约散点斑纹、背鳍硬棘的Ⅲ–VI或Ⅶ-Ⅷ间是否有黑色斑点、头部至背鳍前端略带蓝灰或黄绿光泽、身体背部浅灰或浅棕色等区别。分子和形态差异表明,印度-西太平洋分布的三线鯻可能是2个亚种乃至2个种。由于本文分析的三线鯻的数量和地理范围有限,其准确的分类地位仍需要更多的形态计测和核基因数据等研究加以确定。; 陈璐黄伯炎薛丹吕金磊杨喜书章群; 关键词：DNA条形码

长江和闽江长体鳜遗传多样性的细胞色素b全序列分析被引量：1: 2014年; 对长江水系中江西都昌和闽江水系中福建建瓯2个群体23尾长体鳜细胞色素b全基因的1 141 bp序列进行分析,发现15个变异位点,其中简约信息位点7个,共有13个单倍型,总体单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(Pi)分别为0.933(±0.030)和0.00241(±0.030),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。中性检验结果显示Fu’s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明长体鳜在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代约为6万年前,为更新世晚期。在邻接树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,群体间的Fst和Nm值分别为0.06667和3.5。AMOVA分析表明,长体鳜群体内遗传差异(95.17%)大于群体间(4.83%)遗传差异,遗传变异主要是集中在群体内部,表明都昌和建瓯的长体鳜群体间没有出现明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。; 周文漪阮燕如邓春兴薛丹章群; 关键词：细胞色素B

中国近海细鳞鯻线粒体控制区的遗传多样性被引量：5: 2018年; 通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P>0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P<0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P>0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。; 杨喜书章群薛丹吕金磊黄镇宇卢丽锋; 关键词：线粒体控制区种群结构

基于细胞色素b的中国9个大银鱼群体遗传多样性研究: 大银鱼(Protosalanx hyalocranius)是东亚特有一年生小型鱼类,有河海洄游和淡水定居2种生态型,是我国重要的出口创汇鱼类。近年来受自然和人为因素影响,土著大银鱼资源枯竭,同时全国范围内广泛移植使很多水...; 薛丹; 关键词：大银鱼细胞色素B; 文献传递

基于线粒体控制区的云南澜沧江和海南岛主要水系宽额鳢遗传变异分析被引量：3: 2015年; 为了解中国宽额鳢的遗传背景以更好地保护和开发利用资源,测定了云南澜沧江和海南岛南渡江、万泉河与昌化江等4个水系9个群体74尾宽额鳢线粒体控制区411 bp序列,发现52个变异位点和20个单倍型;在系统树上可分为云南、海南毛阳群体和海南其他群体等3个分支。谱系间F_(st)为0.786—0.672(P<0.01),基因流Nm为0.153—0.244;74.352%的变异来自谱系间,谱系间分化时间为2.070—0.350 Ma。推测海南与云南宽额鳢分化可能受云贵高原隆起和海南岛与陆地分离等地质事件影响;海南2个谱系的形成则可能是受到了五指山山脉隆起的影响。云南组群与海南组群间F_(st)为0.765(P<0.01),基因流N_m为0.149,70.360%的变异来自不同地理组群间,表明云南组群和海南组群间高度分化。相比同区域分布的鱼类,宽额鳢总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H_d=0.903±0.016,π=0.036±0.003),其中海南琼中和石壁群体的核苷酸多样性(π)最高均为0.008;云南勐腊群体最低为0.000;但各个地理群体均比总体的遗传多样性低,可能是后者由多个谱系叠加所致。在简约性网络图中单倍型呈非典型星状分布,中性检验为非显著负值和核苷酸不配对分析呈现多峰分布,表明宽额鳢群体历史上较为稳定,没有出现显著种群扩张。; 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳; 关键词：线粒体控制区

基于线粒体控制区的粤闽三线矶鲈地理群体的遗传变异分析被引量：10: 2014年; 对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈（Parapristipoma trilineatus）线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型.3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高（H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4）,其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性（π=0.004 9±0.000 5和0.0066±0.0009）.3个群体间的Fst值为0.056 6～0.105 3,Nm值为4.248 3 ～8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先保护汕头群体.在简约性网络图中单倍型呈星状分布,中性检验Fu＇s Fs为显著负值和核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明三线矶鲈在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代约为晚更新世的9.81～2.45万年前.; 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳; 关键词：东南沿海线粒体控制区

基于鱼类生物完整性指数的广东鉴江流域环境质量评估被引量：18: 2015年; 根据鉴江流域21个观测点鱼类调查所收集的数据,结合历史资料的记录,初步构建基于鱼类生物完整性评价的26个初选指标,并根据指标属性分类进行初筛,对10个通过的候选指标进行分布范围、判别能力和Pearson相关性分析,确定了由总的种类数占期望值的百分比、鲤科鱼类占总种类数的百分比、鳑鲏亚科鱼类占总种类数的百分比、耐受性强鱼类占总种类数的百分比和产漂流性卵鱼类占总种类数的百分比共5个主评指标组成的生物完整性指数体系,并用于鉴江流域部分河段的生态健康评价.结果表明,凌江鱼类完整性相对较好,罗江一般,平定水、袂花江和鉴江干流较差,小东江最差;鉴江流域大多数河段的综合健康状态处于较差状态,需要对鉴江流域进行生态修复以达到相对健康状态.评价结果与河流受人为干扰的实际情况相吻合,研究构建的评价体系可供周边地区使用和借鉴.; 郜星晨章群韩博平薛丹宫亚运曹艳; 关键词：鱼类指标体系鉴江流域

基于线粒体控制区部分序列的南海大斑石鲈遗传多样性分析被引量：7: 2016年; 为了研究南海大斑石鲈（Pomadasys maculatus）不同地理群体的遗传多样性情况,作者测定了东兴、乌石、潭门、闸坡4个群体共计61尾大斑石鲈控制区的993 bp序列。检测出变异位点35个,单倍型47种,平均单倍型多样性指数为0.9884,核苷酸多样性指数为0.0076,总体表现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,其中潭门群体核苷酸多样性相对较高（0.00879）。中性检验结果显示 Fu’s Fs值均为显著负值–5.34（P=0.03）,核苷酸不配对分布没有显著偏离群体扩张模型呈现出单峰（SSD值和Rg指数较小）,表明大斑石鲈在历史上经历过种群扩张,推测扩张时间约4.74万-1.18万年间。群体间（0.0065-0.0089）与群体内遗传距离（0.0066-0.0089）处于同一水平,总遗传分化指数Fst为–0.0057（P〉0.05）,群体间基因流Nm=33.76。不同组群划分方式的分子方差分析均表明群体内遗传差异显著大于群体间,遗传变异主要来源于群体内部。南海海域大斑石鲈群体遗传多样性匮乏,群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理保护单元,潭门群体建议优先给予保护。; 郜星晨章群薛丹宫亚运曹艳韩博平; 关键词：控制区

基于线粒体控制区序列的南海北部近岸鯻的遗传多样性被引量：7: 2015年; 80鯻尾（Therapon theraps）样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性（0.986±0.007）和核苷酸多样性相对较低（0.009±0.000）,其中陵水群体核苷酸多样性最高（0.010）,碣石、阳江、东兴群体最低（0.008）。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数（Fst）为–0.0175～0.0089（P〉0.05）,基因流（Nm）值为–14.54～27.84；海南岛临高和陵水群体间Fst为–0.0460（P〉0.05）, Nm为–5.68,表明大陆沿岸群体内部和海南岛群体内部都无明显分化；但海南岛与大陆群体间的 Fst 为0.0616～0.1353（P〈0.05）, Nm 为1.87～3.81。分子方差分析显示,大陆沿岸群体和海南岛群体间分化极显著（FCT=0.1007, P=0.0000）,可能是受大陆与海南岛分离形成的琼州海峡,全年余流方向总趋势是由东向西,且强度较高的影响。南海北部近岸鯻可作为2个管理单位进行保护,建议优先保护陵水群体。单倍型简约性网络图呈非典型的星状分布,中性检验 Fu’s Fs 为显著负值且核苷酸不配对分析为单峰分布,表明历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代为晚更新世（3.62万年前）,扩张后的有效群体大小约为扩张前的8.7×10^6倍,可能是受到海退缩减和海侵扩张的影响。; 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳; 关键词：线粒体控制区

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薛丹

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