李正夫
- 作品数：11 被引量：5H指数：1
- 供职机构：大连东软信息学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金大连市科学技术基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生一般工业技术自然科学总论更多>>
- 局域网环境下的虚拟筛选网格平台搭建被引量：1
- 2012年
- 在计算机辅助药物设计中,虚拟筛选是非常重要的一种方法,但其需要的计算量非常巨大。虚拟筛选网格平台,是在局域网环境下使用普通的PC机进行搭建的,可以提供很强的计算能力。相比于并行机而言,它的成本非常低廉。使用的是各个计算节点的空闲资源,并不影响计算节点的自身实际工作。针对局域网的通信成本低的特点,通过适当地减小计算粒度,更好地平衡了计算节点的负载,提高了网格平台的处理能力。在平台上进行了分子筛选实验工作,并与传统计算方法进行时间上的对比分析,结果表明该网格平台在进行虚拟筛选时能够提供非常好的计算性能。
- 李正夫郭权邹翔王亮
- 关键词：网格药物筛选分子对接局域网
- CUDA下受体评分网格生成并行算法被引量：1
- 2013年
- 针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题,提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理,使得总生成时间得到了降低,提高了评分网格的生成效率。实验结果表明,借助于GPU的浮点计算能力,提出的并行算法对比传统的计算方法可以显著缩短评分网格的生成时间,为评分网格的生成提供一种新的方式。
- 李正夫王希诚郭权
- 关键词：统一计算设备架构分子对接
- 新药研发网格下的一种药物分子对接并行程序
- 对药物分子对接和药物分子对接软件和新药研发网格作了简单的介绍。然后介绍了当网格节点已经细化到某单个并行计算机上的时候,可以替代原网格实现方法的一种药物分子对接并行计算程序。通过减小粒度,此并行程序的负载情况得到改善。最后...
- 李正夫郭权王希诚
- 关键词：网格分子对接并行计算药物分子新药研发
- 文献传递
- 新药研发网格中药物分子的对接方法
- 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型，通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型。粗略对接只考虑配体的柔性信息，将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分，而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中...
- 李正夫康玲于坤千王希诚
- 关键词：新药研发网格网格计算药物分子设计
- 云环境下药物分子对接动态任务迁移的应用
- 2016年
- 基于传统动态任务迁移方法,针对药物分子对接任务,提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策略。通过分析各节点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出即时可靠性评价参数,从而选取最可靠的节点作为迁移目标。在源节点与可靠的目标节点之间实施增量数据预迁移,缩短了停机拷贝时间。最后的实例表明任务迁移策略能够在云环境下选择可靠目标节点,药物分子对接安全性得到了提高。
- 董悦丽郭权孙斌李正夫
- 关键词：云计算分子对接
- 基于Kriging模型的汽轮机基础优化方法被引量：3
- 2011年
- 本文以Kriging方法为基础,以ANSYS软件平台为构建汽轮机基础模型以及求解位移响应的依据,对汽轮机基础结构进行了常规动力优化.针对汽轮发电机基础动力优化问题,以汽轮机基础结构截面面积和几何位置为设计变量,以结构重量和最大动位移最小化为目标的多目标优化设计模型.采用分级优化的思想,截面面积优化与几何位置优化交替进行,通过多个汽轮机基础的算例结果表明:本方法适用性强,优化效果比较明显,具有一定的工程应用价值.
- 马晓光高月华李正夫李红霞王希诚
- 关键词：KRIGINGANSYS汽轮机基础动力优化
- 新药研发网格中药物分子的对接方法
- 2011年
- 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率.
- 李正夫康玲于坤千王希诚
- 关键词：网格计算药物分子设计受体配体
- 药物分子对接优化算法及在云平台中的应用
- 药物分子设计作为一种新的药物研究方法和手段，已经取得了很多理论与实际的研究发现。随着用于解释生物大分子的结构和功能的理论的不断发展和成熟，药物分子设计的理论和方法也在不断的深化与发展。计算机辅助药物设计是将药物分子设计与...
- 李正夫
- 关键词：分子对接云计算统一计算架构计算生物学药物分子设计
- 文献传递
- 基于新药研发网格的一种药物分子对接并行程序
- 首先对药物分子对接和新药研发网格作了简单的介绍;然后介绍了当网格节点细化到单个并行计算机上的时候,可以替代原网格实现方法的一种药物分子对接并行计算程序;最后对这个并行计算程序与原网格实现方法在时间上进行了简单的对比分析.
- 李正夫王希诚郭权李汶
- 关键词：网格分子对接并行计算
- 文献传递
- 药物设计的网格平台搭建
- 随着X射线衍射以及核磁共振等技术的发展，越来越多的生物大分子的三维结构被测定出来，计算机辅助药物设计呈现出了突飞猛进之势，药物分子虚拟筛选是其中的重要环节。计算机药物筛选可以显著地缩短新药的研发周期、降低研发费用。计算机...
- 李正夫
- 关键词：药物分子设计并行计算网格平台药物筛选计算机辅助药物设计
- 文献传递
