李旭鹏 作品数:26 被引量:61 H指数:5 供职机构: 中国水产科学研究院黄海水产研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家现代农业产业技术体系建设项目 山东省农业良种工程项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 文化科学 更多>>
不同盐度下凡纳滨对虾生长和存活性状遗传评估 被引量:12 2017年 为揭示不同盐度环境对凡纳滨对虾家系体质量和存活性状的影响,本研究标记来自72个家系的4348尾对虾,在盐度30(HS组)和盐度15(LS组)条件下混养60 d,分析体质量和存活性状的遗传参数以及基因型与环境互作效应。结果显示,HS组的凡纳滨对虾平均体质量和存活率均高于LS组。估算体质量、存活性状遗传参数,结果显示HS和LS组体质量的遗传力估计值分别为0.51±0.08和0.30±0.07,属高遗传力;转换后存活性状遗传力估计值分别为0.22和0.39,也表现为中高遗传力水平。综合HS和LS组的数据,估算的体质量和转换后存活性状遗传力分别为0.45±0.07和0.31,均表现为高遗传力水平。然而由于收敛原因,在估计模型中未能包括共同环境效应,上述遗传参数估计值偏高。估算基因型与环境互作效应(G×E),结果显示两个盐度间体质量和存活性状均表现为高度遗传相关(0.81~0.90),G×E方差组分与加性遗传方差组分比值均小于0.5,G×E效应均不显著。研究表明,尽管凡纳滨对虾的生长和存活性状在两个盐度下存在一定差异,然而基因型与盐度的互作效应并不显著,由此认为在盐度15~30的范围内,不需要针对不同的盐度建立不同的选育系。 孔杰 栾生 罗坤 李旭鹏 孟宪红 曹宝祥 刘宁关键词:凡纳滨对虾 盐度 体质量 遗传力 基因型与环境互作 基于454高通量转录组测序数据的中国对虾抗WSSV相关SNP筛选及基因克隆 采用Roche454GS FLX测序系统,对中国对虾'黄海2号'新品种进行了WSSV抗性和敏感个体(各3尾)转录组的高通量测序。共获得451,637条高质量序列,平均长度212bp。利用CAP3软件对序列进行拼装,共获得... 孟宪红 孔杰 逄锦菲 李旭鹏 史晓丽 罗坤 栾生关键词:中国对虾 SNP 基因克隆 WSSV人工感染量和饵料对中国明对虾存活时间的影响 被引量:5 2013年 为揭示不同白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)病毒量对于中国明对虾存活时间和存活率的影响,实验设计了逐尾、定量人工感染实验,在确保每尾中国明对虾进食特定量WSSV毒饵后进行观察、分析。结果显示,分别喂食含5.2×108copies、1.0×109copies、2.1×109copies WSSV的毒饵,对虾平均存活时间分别是389.3、323.3和187.3 h,差异极显著(P<0.01);对虾最终累计死亡率都为100%。研究表明,致死量范围内,WSSV的感染量越低,对虾的平均存活时间越长。为了揭示饵料对中国明对虾抗病性能的影响,对已感染WSSV的中国明对虾投喂不同饵料。结果显示,分别喂食活卤虫、鲜蛤肉和配合饲料,对虾平均存活时间分别是281.7、173.9和164.9 h;喂食活卤虫的实验组平均存活时间显著高于喂食配合饲料和鲜蛤肉的实验组(P<0.01);喂食配合饲料和鲜蛤肉的对虾平均存活时间无显著差异(P>0.05);3组累计死亡率都为100%,结果表明,与配合饲料和鲜蛤肉相比,喂食活卤虫更能增强对虾抗WSSV的能力。 李旭鹏 孟宪红 孔杰 曹宝祥 刘宁 罗坤 李伟亚关键词:中国明对虾 白斑综合征病毒 饵料 存活率 中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)抗白斑综合征病毒(WSSV)候选基因分析 中国对虾是我国主要的经济水产养殖品种,二十世纪九十年代白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)暴发以来其产业受到严重影响。近年来随着种苗和养殖水平整体的提高,我国对虾养殖业逐年发展。... 李旭鹏关键词:中国对虾 白斑综合征病毒 遗传多态性 文献传递 基于不同密度SNP面板的凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性分析 被引量:1 2023年 为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响,本实验对26个全同胞家系进行Vp_(AHPND)侵染,收集686尾个体的存活时间数据,对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0 K SNP)进行基因分型,基于A、G和H亲缘关系矩阵估计Vp_(AHPND)侵染后存活时间的遗传参数;采用随机和等距抽取方式,基于55.0K SNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K),利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测Vp_(AHPND)侵染后存活时间的基因组育种值,利用交叉验证方法计算其预测准确性,并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示,Vp_(AHPND)侵染后存活时间表现为高遗传力水平,估计值为0.68~0.79。在55.0 K SNP密度下,针对242尾基因分型个体数据集(G242),利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452,GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%;针对686尾表型测定个体数据集(P686),利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535,后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板,当SNP密度≥10.0 K时,基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%~1.8%);随着SNP密度自10.0 K不断降低,基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低,其中5.0 K密度降幅为0.6%~2.6%、1.0 K密度降幅为5.8%~11.0%、0.5 K密度降幅为11.4%~17.2%、0.1 K密度降幅为38.8%~41.6%。10.0 K与55.0 K SNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99,表明利用10.0 K SNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明,使用10.0 K SNP面板对Vp_(AHPND)侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0 K SNP芯片近似的预测准确性,为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。 刘杨 栾生 刘绵宇 李旭鹏 孟宪红 罗坤 隋娟 谭建 代平 曹家旺 陈宝龙 孔杰关键词:凡纳滨对虾 中国明对虾BMP-7基因的克隆及表达模式分析 被引量:2 2023年 为探明转化生长因子-β (TGF-β)超蛋白家族的成员之一骨形态发生蛋白7 (BMP-7)基因在中国明对虾肌肉发生和生长过程中的表达模式,通过cDNA末端快速扩增技术得到了中国明对虾BMP-7基因(FcBMP-7基因)2003 bp的全长cDNA,包含466 bp的5′非翻译区和295 bp的3′非翻译区,1242 bp的开放阅读框共编码413个氨基酸。利用实时荧光定量PCR技术分析FcBMP-7基因在中国明对虾幼体原肠期、无节幼体期、溞状幼体期、糠虾幼体期、仔虾期5个不同发育时期肌肉组织中的表达规律,结果显示,该基因在幼体发育的各时期均有表达,原肠期表达量最低,从无节幼体期开始表达量显著增加(P<0.05),糠虾期表达水平最高,表明FcBMP-7基因参与了幼体肌肉的发生过程。此外,进一步分析FcBMP-7基因在中国明对虾2种规格幼虾[(3.95±0.08) g和(1.55±0.12) g]的8种组织中的表达模式,结果显示,FcBMP-7基因具有组织表达广泛性,且两组间的大部分组织的表达量均存在显著差异(P<0.05)。试验结果表明,FcBMP-7基因可能作为调节因子参与了中国明对虾幼体肌肉发生和幼虾肌肉生长过程,研究结果可为进一步解析中国明对虾肌肉发生发育的分子机制提供重要的理论资料。 高娜 卢霞 闫允君 孔杰 孟宪红 孟宪红 隋娟 李旭鹏 曹宝祥 隋娟 栾生关键词:中国明对虾 克隆 温度渐变和骤变下凡纳滨对虾ddit4l基因的表达分析 被引量:1 2023年 为探索凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)DNA损伤诱导因子-4(DNAdamageinducible transcript 4-like, ddit4l)的结构及功能,以转录组测序获得的unigene序列为基础,采用直接PCR扩增方法,获得ddit4l完整的ORF序列(Lv-ddit4l)。该基因的ORF长495 bp,编码164个氨基酸,分子量为18.51 kDa,理论等电点为5.35,包含1个RTP801C超基因家族功能结构域。多序列比对结果和系统进化树显示,Lv-ddit4l与北太平洋雪蟹(Chionoecetes opilio)的同源性最高,为59.76%,且与北太平洋雪蟹先聚为一支。组织表达结果显示,Lv-ddit4l在眼柄、鳃、肝胰腺、神经、肌肉5种组织中均表达,且表达量基本相同。在温度渐变和温度骤变条件下,Lv-ddit4l在不同组织中表达变化模式有较大差别。与26℃水温(对照组)相比,水温渐变至32℃时,眼柄中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05)。之后水温缓慢升至最高温38℃再以同样的速度回温。回温至32℃时,鳃、肝胰腺中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05)。在环境水温从26℃骤变至36℃后10min时,鳃、肝胰腺、神经中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05);24 h时,肌肉中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05)。当环境温度分别从38℃、36℃恢复回26℃后,凡纳滨对虾体内原先上调表达的Lv-ddit4l表达量呈下调恢复趋势。研究表明,Lv-ddit4l可能与凡纳滨对虾响应高温胁迫过程相关。 程琳 李旭鹏 李旭鹏 盖超伟 曹宝祥 孔杰 孟宪红关键词:凡纳滨对虾 高温 基因表达 凡纳滨对虾6个国内群体的遗传背景分析 被引量:3 2020年 本研究选取了来自国内6个不同育苗场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体,对8个SSR位点的基因型信息进行分析。结果显示,观察等位基因数(Na)平均值为3.67~9.33,有效等位基因数(Ne)平均值为2.20~5.67,观察杂合度(Ho)平均值为0.12~0.71,期望杂合度(He)平均值为0.41~0.81,多态性信息含量(PIC)平均值为0.36~0.76。聚类分析结果显示,来自于同一个育苗场的对虾聚在一个分支。不同品牌来源的对虾分别聚在几个不同分支。6个群体间的遗传一致度为0.4229~0.8265,遗传距离为0.1905~0.8607。遗传分化系数(FST)是0.1837,群体内近交系数(FIS)是0.2514,Ho 李旭鹏 栾生 栾生 罗坤 曹宝祥 罗坤 孟宪红 孔杰关键词:凡纳滨对虾 遗传多态性 SSR 不同温度下凡纳滨对虾和中国明对虾对白斑综合征病毒(WSSV)耐受性比较 被引量:3 2018年 本研究分别对凡纳滨对虾"壬海1号"(Litopenaeus vannamei"Renhai No.1")和中国明对虾"黄海2号"(Fenneropenaeus chinensis"Huanghai No.2")在3种温度条件下(24℃、28℃和32℃),采用单尾定量口饲感染白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的方法进行感染实验,比较2种对虾在不同温度情况下对WSSV的耐受性差异(L代表凡纳滨对虾,F代表中国明对虾)。结果显示,L-24℃和F-24℃组的平均存活时间分为(184.05±69.56)h和(101.68±38.45)h;L-28℃和F-28℃组的平均存活时间分别为(100.25±26.79)h和(73.38±22.22)h,相同温度组内均存在显著性差异(P<0.05);截至第15天,L-32℃和F-32℃组的存活率分别为45.74%和23.47%。3个温度组对虾在50%的死亡率时的存活时间分别为178 h和98 h、98 h和74 h、292 h和78 h;死亡高峰时间分别为第5天和第4天、第5天和第4天、第10天和第4天。另外,分别在感染后的12 h、1 d、2 d、3 d、4 d、5 d、6 d、7 d、15 d共9个时间点对每组对虾进行活体取样,利用实时荧光定量RT-PCR技术对其进行病毒载量检测,从对虾体内肌肉组织病毒载量的角度探寻不同对虾抗病性能的差异。6 d时,L-24℃和F-24℃组对虾肌肉内病毒载量分别达到(2.97×10~6±7.44×10~6)和(8.08×10~6±3.22×10~6)copies/ng DNA,差异极显著(P<0.01),L-28℃和F-28℃组分别达到(6.73×10~6±1.49×10~6)和(1.20×10~7±6.15×10~5)copies/ng DNA,差异极显著(P<0.01);15 d,L-32℃和F-32℃组分别达到(5.18×10~4±4.32×10~4)和(3.78×10~4±8.97×10~4)copies/ng DNA,差异显著(P<0.05)。研究表明,2种对虾在3种温度环境下感染WSSV后,凡纳滨对虾耐受WSSV能力要高于中国明对虾;不同温度下同种对虾肌肉体内WSSV的增殖能力从强到弱依次为28℃组、24℃组和32℃组。 冯亚萍 孔杰 孔杰 栾生 罗坤 史晓丽 栾生 王明珠 李旭鹏 董丽君 史晓丽关键词:凡纳滨对虾 中国明对虾 不同温度 耐受性 凡纳滨对虾6-磷酸海藻糖合成酶在抗高温胁迫中的表达特征 被引量:2 2020年 6-磷酸海藻糖合成酶(Trehalose-6-phosphate synthase,TPS)是海藻糖合成的关键酶,在生物体逆境胁迫应答中发挥着重要的作用。本研究以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)高温胁迫转录组测序的Unigene序列为基础,采用直接PCR扩增的方法,获得了TPS部分cDNA(完整的ORF和部分UTR)序列(LvTPS)。序列分析结果显示,LvTPS序列包含1个2529 bp的开放阅读框,可编码842个氨基酸,分子量为95.4 kDa,等电点为6.17。LvTPS具有Glyco-transf-20和Trehalose PPase 2个功能结构域。多序列比对结果显示,LvTPS与中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)的相似性最高,为63.73%;系统进化树显示,凡纳滨对虾与中国对虾亲缘关系最近,并与蓝蟹(Callinectes sapidus)、脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)、克氏原螯虾(Procambarus clarkia)等无脊椎动物聚为一支,脊椎动物单独聚为一支。基因表达水平的定量分析结果显示,LvTPS在鳃、肝胰腺、眼柄、心脏、神经和肌肉6种组织中均表达。鳃和肌肉表达量基本相同,为最高;眼柄、心脏和神经表达量次之,显著低于鳃和肌肉中的表达量(P<0.05);肝胰腺中表达量为最低,显著低于其他5种组织中的表达量(P<0.05)。与26℃温度下的凡纳滨对虾相比,水温升至32℃时,眼柄和心脏中的LvTPS显著上调表达(P<0.05);水温升至38℃时,鳃、肝胰腺、眼柄和心脏中LvTPS显著上调表达(P<0.05)。其中,在肝胰腺中表达量变化较显著。之后,随着温度的下降,其表达量总体呈下调趋势。回温至32℃和26℃时,6种组织中LvTPS基因表达量与对照组均无显著性差异。在神经和肌肉中,不同温度胁迫下的LvTPS基因表达量没有显著变化。上述研究结果表明,LvTPS与凡纳滨对虾应对高温胁迫过程密切相关。本研究可为解析凡纳滨对虾应答高温胁迫机制提供一些基础数据。 胡利杰 李旭鹏 李旭鹏 栾生 孟宪红 隋娟 栾生 曹宝祥 罗坤 孔杰关键词:凡纳滨对虾 高温胁迫 基因表达