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李俊兵: 作品数：11 被引量：81H指数：5; 供职机构：中国科学院水生生物研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>; 相关领域：生物学农业科学自然科学总论更多>>

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基于S6K1基因部分序列的鲤科鱼类系统发育关系及内含子1Indel位点分析被引量：2: 2007年; 鲤科鱼类在东亚分布广泛且数量丰富,在物种演化上具有重要的系统发育地位.本研究基于S6K1基因5′端功能调控序列,通过PCR扩增、克隆和测序,共获得30种鱼类S6K1前端部分DNA序列(外显子1,外显子2及内含子1),对序列变异进行分析,并采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)重建鲤科鱼类系统发育关系.亚口鱼科的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)作为外类群,通过4种方法所得系统发育分支图大致相同,均以较高的节点支持率支持雅罗鱼系和鲃系的划分,雅罗鱼系包括雅罗鱼亚科东亚类群(East Asian group in Leuciscinae)、鲢亚科(Hypophthalmichthyinae)、鲴亚科(Xenocyprinae)、鲌亚科(Cultrinae)、亚科(Gobioninae)、鳑鲏亚科(Acheilognathinae)和亚科(Danioninae)部分种类;系统分支图也以较高的节点支持率支持鲤科鱼类东亚类群形成单系群.鲃系包括裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)、鲃亚科(Barbinae)、鲤亚科(Cyprininae)和野鲮亚科(Labeoninae);另外,亚科中的斑马鱼(Danio rerio),麦氏(Danio myersi)和三线波鱼(Rasbora trilineata)形成一个单系群,位于系统树基部.以内含子1中大片段的插入或缺失(Indel)对物种分化及亲缘关系进行分析,以帮助理解鲤科鱼类系统发育关系或争议物种之间的亲缘关系.结果显示,内含子1中大片段的插入或缺失与物种分化具有一定的相关性,对于理解系统发育关系具有补充作用;内含子1中有许多区域较为保守,可能与功能调控有关,但本研究中并未发现S6K1序列变异与鱼类物种特征尺寸之间具有对应关系.; 孔祥会王绪祯甘小妮李俊兵何舜平; 关键词：系统发育内含子

一种四倍体鲤科鱼Sox基因的克隆和序列分析被引量：2: 2008年; 为了研究重要功能基因在多倍体基因组中的演化情况,通过分子克隆的方法从四倍体大鳞结鱼(Tordouronensis)中获得13条Sox基因序列,分别为SoxB,SoxC和SoxE组成员.对大鳞结鱼Sox基因系统进化分析的结果支持鱼类特异的基因组重复的假说,同时表明,基因Sox19可能为真骨鱼特有的Sox基因家族成员.序列分析显示,与其他物种相比大鳞结鱼中Sox基因的碱基替代,绝大多数为同义替代.结果表明,所得到的Sox基因序列均受到净化选择,同时由多倍化所造成的重复基因对Sox4a,Sox9a和Sox9b受到相同的净化选择压力.根据基因Sox9a和Sox9b重复基因对间内含子序列长度和相似性的差异推测大鳞结鱼可能为异源四倍体.; 郭宝成李俊兵童超波何舜平; 关键词：SOX基因四倍体

贝叶斯联合模型与中国洞穴鱼类分化时间的估算(鲤科：金线鲃属)被引量：7: 2008年; 金线鲃属分布于中国云贵高原及周边地区,包括10多种适应于洞穴生活、具有不同程度眼睛和色素退化的典型洞穴鱼类.迄今为止,金线鲃属的系统发育关系还存在很大争议.我们获得了34种金线鲃属鱼类及外类群的细胞色素b和ND4基因序列,用贝叶斯联合模型分析数据,重建了金线鲃属的系统发育关系;并用松散分子钟估算了本属及内部分支的起源时间.金线鲃属的单系性得到强烈的支持,本属可分为6个分支.此外,本研究结果还支持洞穴物种的多系起源假说以及季氏金线鲃(Sinocyclocheilus jii)的基部位置.松散分子钟估算表明,金线鲃属起源于晚中新世,在11百万年前(million years ago,Ma)左右,比以前设想的要古老.; 李志强郭宝成李俊兵何舜平陈宜瑜; 关键词：金线鲃属系统发育

广义鲤亚科鱼类分子系统发育研究以及多倍体进化: 目前国际上认为，广义鲤亚科是鲤科鱼类中最大的一个亚科，约100个属1300余种。该类群具有广泛的地理分布，主要分布欧亚大陆的南部、东印度群岛的多数岛屿和非洲的南部地区以及埃塞俄比亚等。由于物种强烈分化且分布区域广泛以及在...; 李俊兵; 关键词：分子系统发育线粒体基因组

16SrRNA基因序列变异和中国鲃系鱼类系统发育关系研究: 鲤科鲃系是包括鲃亚科,裂腹鱼亚科,野鲮亚科以及鲤亚科在内的一大类群,迄今为止已被描述的中国鲃系鱼类约53个属268余种和亚种。形态和分子系统学的研究结果均表明,鲃系是鲤科中的一个单系类群,但这些亚科的单系性及其所包括分类...; 李俊兵王绪桢何舜平; 关键词：系统发育关系基因序列变异; 文献传递

青海湖及其相邻水系特有裸鲤属鱼类的分子系统发育被引量：25: 2005年; 对来自青海湖、黄河和柴达木水系特有的青海湖裸鲤、花斑裸鲤和斜口裸鲤149个个体的Cyt b基因全序列进行了测定和分析. 一致的系统进化树显示, 以上3个物种并未形成3个独立的单系群; 而是分为3个谱系: 谱系A包括青海湖裸鲤、斜口裸鲤和黄河花斑裸鲤的一部分; 谱系B由黄河花斑裸鲤的另一部分组成; 谱系C则由来自柴达木盆地格尔木河的花斑裸鲤形成单系群. AMOVA分析显示, 大部分的遗传变异来自于谱系间(93.12%), 提出该地区裸鲤属鱼类存在3个多样化谱系. 青海湖裸鲤与其甘子河亚种在Cyt b水平没有形成分化, 不支持青海湖裸鲤为多型种, 也不支持斜口裸鲤作为独立的种或作为花斑裸鲤的一个亚种. 黄河花斑裸鲤有2个谱系来源, 群体内的遗传分化表明, 黄河上游峡谷对裸鲤的基因交流有一定的限制. 黄河花斑裸鲤的另一谱系(谱系B)很可能是黄河在最近一次溯源过程中, 融合了当地的土著裂腹鱼类而在遗传上留下了族源印迹. 柴达木盆地花斑裸鲤形成单系群(谱系C), 与黄河花斑裸鲤间高于0.98的Fst值表明基因交流在它们之间长期被阻断, 暗示生态隔离可能已经使柴达木裸鲤独立进化成相当于不同的种. 形态分类的鳃耙数与群体遗传变异间没有显著的相关性. 种群的遗传多样性普遍较低(π = 0.00096～0.00485), 柴达木裸鲤很可能在历史上遭受过严重的'瓶颈效应', 提议当前应对柴达木的裸鲤给予优先保护.; 赵凯李俊兵杨公社段子渊何舜平陈宜瑜; 关键词：分子系统发育鱼类鲤属水系群体遗传变异

鲤亚科多倍体物种独立起源及其与第三纪青藏高原隆升的关系被引量：6: 2016年; 青藏高原特有鲤科多倍体鱼类(裂腹鱼类)的起源和物种分化研究有助于探讨鲤科鱼类物种分化和青藏高原隆升之间的关系.本研究利用线粒体和核基因DNA序列构建系统发育关系,并以此来追溯裂腹鱼类多倍体的起源及其物种分化.倍性水平的祖先状态重建结果显示,鲤亚科是二倍体起源的,而裂腹鱼类是四倍体起源.研究还发现,在适应青藏高原隆升过程中,鲤亚科鱼类物种分化速率发生了两次明显改变,而且这些分化速率变化都发生在青藏高原特有鱼类的分支中.本研究表明,青藏高原特有的多倍体化裂腹鱼类包含了两个独立起源的类群.裂腹鱼类的物种分化与晚第三纪以来的青藏高原隆升密切相关,其中,渐新世晚期至中新世中期的裂腹鱼类适应性分化与青藏高原南部地区以及喜马拉雅山脉的隆升相关;中新世中期到更新世早期的物种分化基本同晚第三纪青藏高原隆升的主要阶段相一致;而更新世以来裂腹鱼属(Schizothorax)的物种分化则和青藏高原快速隆升过程中的昆仑-黄河运动及共和运动密切相关.; 王绪祯甘小妮李俊兵陈宜瑜何舜平; 关键词：鲤亚科多倍体裂腹鱼类青藏高原物种分化

青海湖裸鲤的种群结构和线粒体DNA变异被引量：17: 2006年; 对青海湖裸鲤55个个体Cytb基因全序列进行了测定和分析,探讨了种群结构和群体遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以黄河花斑裸鲤为外群,构建了单倍型的NJ树;用Arlequin Ver.2 000程序计算了群体内遗传变异值(Fst)。结果显示,青海湖裸鲤群体没有显著的种群结构,提示青海湖裸鲤群体内存在广泛的基因交流;种群的遗传多样性较低(π=0.7828±0.0532),青海湖裸鲤种群很可能在历史上遭受过严重的“瓶颈效应”。; 赵凯何舜平彭作刚李俊兵; 关键词：青海湖裸鲤线粒体DNA 种群结构

16SrRNA基因序列变异和中国野鲮亚科鱼类单系性研究被引量：5: 2005年; 形态和分子系统学的研究结果均表明,鲤科中的鲃系是一个单系类群,由鲃亚科、鲤亚科、裂腹鱼亚科和野鲮亚科组成,但它们各自的单系性及相互关系还没有系统发育证据.采用PCR方法获得了27种鱼类的16SrRNA基因序列,其中包括18种野鲮亚科鱼类,代表了中国野鲮亚科13个属.应用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian法分别构建其分支系统图.结果表明,野鲮亚科鱼类形成了一个单系类群,并且包括两个主要分支类群:其中一支包含鲮属、缨鱼属和墨头鱼属;另一个支系包括野鲮属、拟缨鱼属、异华鲮属、卷口鱼属、唇鲮鱼属、泉水鱼属、直口鲮属、盘鮈属、纹唇鱼属和华鲮属.分子系统学的研究表明,传统分类学中使用的一些形态特征,如口唇及其相关结构等,可能是趋同进化的结果,并不完全与其系统发育进化相一致.; 李俊兵王绪桢何舜平陈宜瑜; 关键词：亚科 16SRRNA基因趋同进化鱼类

鲤科鱼类结缔组织生长因子基因变异和分子进化被引量：1: 2008年; 结缔组织生长因子(CTGF)在细胞生长、分化和凋亡及个体生长发育中具有重要的调控作用.研究CTGF基因在不同鱼类中的变异及进化,对于理解物种分化和基因差异具有重要意义.文中通过PCR扩增、克隆和测序,获得了19种鲤科鱼类(Cyprinidae)CTGF基因序列,并重建了鲤科鱼类系统发育关系,用于估计各分支的进化速率.以鳉科(Cyprinodontidae)的青鳉(Oryzias latipes)作为外类群,系统树均以较高的节点支持率支持鲤科鱼类中雅罗鱼系(Leuciscini)和鲃系(Barbini)的划分.对雅罗鱼系和鲃系的进化速率进行估算,表明雅罗鱼系进化速率小于鲃系,说明鲃系鱼类具有相对较小的选择压力,在较为宽松的环境中进化.鲤科鱼类CTGF基因5′端编码区具有一个6bp的插入或缺失(Indel)位点.雅罗鱼系均缺失这6个碱基,成为雅罗鱼系特有的序列特征,为进一步证实雅罗鱼系的单系性提供了Indel证据.鲤科鱼类CTGF蛋白质的氨基酸序列中,具简约信息的变异位点和Indel位点大多位于CTGF蛋白的信号区和IGFBP区,推测这可能与CTGF基因表达调控和蛋白质活性有关.; 孔祥会王绪祯甘小妮李俊兵何舜平; 关键词：结缔组织生长因子鲤科分子进化

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