崔宝秋
- 作品数：8 被引量：38H指数：5
- 供职机构：辽宁师范大学化学化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生更多>>
- 血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟被引量：11
- 2007年
- 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.
- 杨忠志崔宝秋
- 关键词：动力学模拟血红素咪唑基氢键
- ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究被引量：9
- 2008年
- 运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象.
- 崔宝秋管清梅宫利东赵东霞杨忠志
- 关键词：血红素构象能电荷分布
- 原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟被引量：8
- 2007年
- 利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小,即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性;计算得到的径向分布函数表明,ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化,并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大.
- 管清梅崔宝秋赵东霞宫利东杨忠志
- 关键词：ABEEM/MM径向分布函数
- 应用ABEEM模型研究Fe、Co、Ni金属簇状配合物电荷分布
- ＜正＞金属簇状配合物由于具有特殊的催化活性、生物活性等性质,已经引起化学、物理、生物以及材料科学的高度重视。但这些多电子体系的作用十分复杂,理论计算研究会花费大量时间。以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础建立和发展起来的...
- 崔宝秋杨忠志
- 文献传递
- 应用原子-键电负性均衡方法预测超氧化物歧化酶催化反应的活性部位被引量：13
- 2007年
- 应用原子-键电负性均衡方法计算了超氧化物歧化酶的电荷分布和Fukui函数.结果表明,超氧化物歧化酶活性中心与超氧阴离子自由基作用时,金属离子电荷转移在0.1e～0.3e之间,而配体原子等的电荷转移却很小;同时金属离子的Fukui函数大于配位原子的Fukui函数.超氧化物歧化酶活性中心与抑制剂作用失活后,金属离子的Fukui函数小于抑制剂中配位原子的Fukui函数.电荷转移和Fukui函数表明,Mn,Fe和Cu离子分别是含锰、铁和铜锌超氧化物歧化酶的活性中心部位,该预测不仅与量子化学理论计算一致,而且与实验现象相吻合.
- 崔宝秋赵东霞杨忠志
- 关键词：原子-键电负性均衡方法超氧化物歧化酶电荷分布反应活性
- 小分子配位对血红素活性影响的原子-键电负性均衡方法研究被引量：5
- 2008年
- 应用原子-键电负性均衡方法,计算了血红素与小分子的配位络合物的电荷分布和Fukui函数.血红素与氧、水、一氧化碳和一氧化氮结合时,铁离子电荷转移到配体原子上.活性中心铁离子的Fukui函数均大于氧和水配体中的配位氧原子,而小于一氧化碳和一氧化氮配体中的配位碳和配位氮原子的Fukui函数.从Fukui函数可以得出,一氧化碳和一氧化氮很难从它们与活性中心血红素结合的配位络合物中解离出来,而氧和水易于从它们与血红素结合的配位络合物中解离出来,进而,血红素可以再与其它配体结合.血红素与KCN和NaN3抑制剂作用时,铁离子的Fukui函数均小于与其配位的碳和氮原子,表明在过氧化氢酶中血红素的活性作用减弱或被抑制.
- 崔宝秋赵东霞宫利东
- 关键词：原子-键电负性均衡方法血红素电荷分布
- 微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟被引量：5
- 2008年
- 应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的,而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面.与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向,而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅起次要作用.
- 崔宝秋宫利东赵东霞
- 关键词：血红素构象分子动力学模拟
- 原子-键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型——应用于金属蛋白的研究
- 蛋白质是生命体的重要组成部分，其中1/3的蛋白质中含有金属。这些金属离子作为金属蛋白中最重要的辅因子，承担着活性中心或结构中心的作用。目前分子力场已经成为研究金属蛋白重要的工具之一。因为分子模拟技术不仅有助于了解蛋白质结...
- 崔宝秋
- 关键词：金属蛋白分子力场蛋白质功能分子动力学模拟原子-键电负性均衡方法
- 文献传递
