刘占江 作品数:5 被引量:41 H指数:3 供职机构: 奥本大学 更多>> 发文基金: 上海市教育委员会重点学科基金 国家自然科学基金 上海市基础研究重大(重点)项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 天文地球 更多>>
斑点叉尾鮰趋化因子SCYA126基因及其可变剪接 通过探针杂交筛选斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)BAC 基因组文库,利用引物步移的方法对阳性克隆 BAC 04712进行序列测定,得到2815bp 的 SCYA126基因组序列。序列分析表明, SCY... 鲍宝龙 李家乐 汪桂玲 刘占江文献传递 日本沼虾遗传多样性的ISSR分析(英文) 被引量:16 2010年 日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是中国分布范围广、经济价值较大的一种重要淡水虾类。随着养殖规模的不断扩大,如何保持养殖群体的遗传品质已引起了人们的重视。但迄今为止,养殖的日本沼虾均来自未经系统遗传选育的野生群体,而养殖病害的日趋严重和养成规格、品质的下降已严重影响到日本沼虾养殖产业的健康发展。研究野生群体的遗传结构和遗传分化,揭示其遗传多样性是制定合理有效的保护和管理策略的前提和基础。ISS(RInter-simple sequence repeats,简单重复序列中间区域)标记技术具有实验重复性好、信息量大、多态性高等优点,是一种理想的检测群体遗传变异的分子标记。因此,本研究应用ISSR标记技术对日本沼虾5个地理群体进行了初步的遗传分析,以期为合理开发和利用日本沼虾天然资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供理论依据。本研究对采自江苏苏州、江西南昌、云南西双版纳、湖北宜都和新疆博湖的5个地理群体进行了初步研究。从50个ISSR引物中筛选出9个条带清晰、稳定性和重复性好,且产生相对较多条带的引物用于全部DNA样品的PCR扩增。对日本沼虾5个地理群体的群体遗传分析表明,在所有检测到的清晰且可重复的142个有效位点中,多态位点有138个。物种水平上,多态位点百分率(PPL)、等位基因数(No)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为97.18%、1.972、0.312、0.120和0.323。而在群体水平上,5个地理群体的多态位点百分率为29.58%~61.97%;等位基因数(No)为1.296~1.620;有效等位基因数(Ne)为1.165~1.281;Nei’s基因多样性指数(H)为0.098~0.172;Shannon信息指数(I)为0.147~0.267。从各个地理群体看,江西南昌群体的遗传多样性最高(PPB:61.97%,No:1.620,Ne:1.281,H:0.172,I:0.267),而湖北宜都群体最低(PPB:29.58%,No:1.296,Ne: 杨频 陈立侨 王伟 禹娜 禹娜 宋大祥关键词:日本沼虾 ISSR 鮰鱼SCYA107基因序列的比较分析 被引量:1 2006年 筛选BAC基因组文库得到阳性克隆后,利用引物步移法测定斑点叉尾SCYA 107基因组序列。该基因由四个外显子和三个内含子组成;外显子拼接的序列与cDNA序列完全一致,编码96个氨基酸,在N端含有两个相邻的半胱氨酸(CC)和两个不相邻的半胱氨酸,为典型的CC趋化因子亚家族成员;其上游调控序列有一些与免疫相关的转录因子结合位点;斑点叉尾SCYA 107氨基酸的结构和功能与小鼠趋化因子CCL 20比较接近,而蓝叉尾则更接近人CCL 8,它们氨基酸序列的差别是由于斑点叉尾SCYA 107基因序列中多了ACAAA这5个核苷酸,导致读码框移位提前出现终止子TGA所造成的。 鲍宝龙 李建忠 李家乐 刘占江关键词:斑点叉尾鮰 趋化因子 斑点叉尾趋化因子SCYA126基因及其可变剪接 被引量:4 2007年 通过探针杂交筛选斑点叉尾(Ictalurus punctatus)BAC基因组文库,利用引物步移的方法对阳性克隆BAC047 K12进行序列测定,得到2 815 bp的SCYA126基因组序列。序列分析表明,SCYA126基因由2个外显子和1个内含子组成;外显子拼接的序列与SCYA126cDNA序列完全一致,编码92个氨基酸,在N端含有2个相邻的半胱氨酸(CC)和2个不相邻的半胱氨酸,为典型的CC趋化因子亚家族成员;其上游调控序列包含TATA框启动子序列和一些与免疫相关的转录因子结合位点。另外,根据与GenBank接收号为BM029630的EST序列的比较分析,发现SCYA126基因组中的内含子没有被剪接,导致翻译后可能产生N端部分缺失的SCYA126蛋白。在胰脏和肝脏中确认了高表达的包含内含子的mRNA的存在,而且其表达量要明显高于正常剪接的SCYA126mRNA。[中国水产科学,2007,14(1):1-7] 鲍宝龙 李家乐 汪桂玲 刘占江关键词:斑点叉尾鮰 趋化因子 斑点鲶鱼的基因图谱及遗传标记选育研究(英文) 被引量:21 2001年 本文主要总结斑点鲶鱼基因组学研究的最新动态。斑点鲶鱼和蓝色鲶鱼是杂交可育的两个近缘种 ,这一杂交体系不仅为数量性状的表型带来最大的变异 ,同时也为基因型的多样性提供了最大的可能性。利用 AF L P、RAPD、微卫星顺序标记、EST以及 DNA单体多样性标记 ,以建立遗传连锁图。旨在克隆抗病基因、生长基因、抗逆基因、以及控制食物转化率、产肉率、收获率数量性状的基因。另外还对于适合于鲶鱼基因组研究的 DN A指纹技术进行了评估。并通过极端表型、基因型的分析鉴定出了与生长速度、食物转化率及抗病性有连锁的遗传标记。使用基因型分析、辐射细胞溶合及 BA C基因库 ,以建立斑点鲶鱼的遗传连锁图及物理图 ,并用基因薄膜技术、基因芯片技术 。 刘占江 冯纪年关键词:基因组学 基因连锁 基因图谱 选育